通过 subprocess.Popen 在 python 中执行 R 脚本 [英] Executing an R script in python via subprocess.Popen
本文介绍了通过 subprocess.Popen 在 python 中执行 R 脚本的处理方法,对大家解决问题具有一定的参考价值,需要的朋友们下面随着小编来一起学习吧!
问题描述
当我在 R 中执行脚本时,它是:
When I execute the script in R, it is:
$ R --vanilla --args test_matrix.csv < hierarchical_clustering.R > out.txt
在 Python 中,如果我使用:
In Python, it works if I use:
process = subprocess.call("R --vanilla --args "+output_filename+"_DM_Instances_R.csv < /home/kevin/AV-labels/Results/R/hierarchical_clustering.R > "+output_filename+"_out.txt", shell=True)
但是这个方法没有提供process.wait()
函数.
But this method doesn't provide the process.wait()
function.
所以,我想使用subprocess.Popen
,我试过:
So, I would like to use the subprocess.Popen
, I tried:
process = subprocess.Popen(['R', '--vanilla', '--args', "\'"+output_filename+"_DM_Instances_R.csv\'", '<', '/home/kevin/AV-labels/Results/R/hierarchical_clustering.R'])
但是没有用,Python只是打开了R但是没有执行我的脚本.
But it didn't work, Python just opened R but didn't execute my script.
推荐答案
给它 Rscript 的路径而不是 'R'.我有同样的问题.打开 R 但不执行我的脚本.您需要调用 Rscript(而不是 R)来实际执行脚本.
Instead of 'R', give it the path to Rscript. I had the same problem. Opens up R but doesn't execute my script. You need to call Rscript (instead of R) to actually execute the script.
retcode = subprocess.call("/Pathto/Rscript --vanilla /Pathto/test.R", shell=True)
这对我有用.
干杯!
这篇关于通过 subprocess.Popen 在 python 中执行 R 脚本的文章就介绍到这了,希望我们推荐的答案对大家有所帮助,也希望大家多多支持IT屋!
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