AWK比较两个文件，如果匹配，则将第二个文件的新列添加到第一个文件 [英] AWK Compare two files and add new column from second file to first file if match

问题描述

我有问题我想比较两个文件.第一个文件是参考:

I have problem I would like to compare two files. First files is reference:

ABCA4 INHR
AMT   INHR
BTK   ONKO1
PAP   ONKO2

第二个文件用于比较:

3  1:2 T ENG1  ABCA4 ff
3  1:2 T ENG1  ABCA4 gg
5  1:4 A ENG20 AMT   ll
6  1:5 G ENG12 BRB   ds
7  1:6 T ENG8  PAP   rg 
7  1:6 T ENG8  PAP   tt

我想比较第一个文件中的 $1 和第二个文件中的 $5，如果第二个文件中的 $5 和 $6 之间存在匹配打印，则第一个文件中的 $2:

And I want compare $1 from first file with $5 from second file and if there is match print between $5 and $6 in second file the $2 from first file:

    3  1:2 T ENG1  ABCA4 INHR  ff
    3  1:2 T ENG1  ABCA4 INHR  gg
    5  1:4 A ENG20 AMT   INHR  ll
    6  1:5 G ENG12 BRB     -   ds
    7  1:6 T ENG8  PAP   ONKO2 rg 
    7  1:6 T ENG8  PAP   ONKO2 tt

所有列都是制表符分隔的.谢谢

all columns are tab separated. Thanks

推荐答案

你可以这样做:

awk 'NR==FNR{a[$1]=$2;next}{$5=$5 "	" (a[$5]?a[$5]:"-")}1' file1 file2

详情:

NR==FNR {     # when the first file is processed
    a[$1]=$2  # store the second field in an array with the first field as key
    next      # jump to the next record
}
{
    $5=$5 "	" (a[$5]?a[$5]:"-") # append a tab and the corresponding second
                                 # field from the first file if it exists or -
}
1 # true, display the line

这篇关于AWK比较两个文件，如果匹配，则将第二个文件的新列添加到第一个文件的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！