将networkx图转换为Gephi [英] Converting networkx graph to Gephi

问题描述

我正在尝试将一个Pythonnetworkx图形转换为一个与Gephi兼容的文件。然而，我遇到了一些我不知道如何解决的问题：

问题：

1. 如何将节点特征向量合并到gexf文件中？我一直收到错误："；TypeError：不允许属性值类型：<；class‘numpy.ndarray’>；"；。如果我删除下面的节点功能代码，则它可以工作，但理想情况下，我希望包括节点功能。

2. 当我将.gexf文件加载到Gephi中时，由于某种原因没有显示任何内容-为什么会发生这种情况？当我删除以下代码的节点功能部分时，我设法获得了一个gexf文件。(应用程序启动后，我可以可视化其他测试数据集，但当我加载下面的文件时，它会在右上角显示节点和边计数器，但实际的图形没有显示出来……我还需要按点别的吗？我看了一些YouTube教程，图表总是为这些人加载)

我知道有很多帖子，但在看了相当多的帖子并尝试了这些解决方案后，我决定发表一篇帖子。

示例代码： 我制作了一些模拟代码来展示我正在做的事情：

import pandas as pd
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import networkx as nx
%matplotlib inline

# Make the networkx graph
G = nx.Graph()

# Add some cars (just do 4 for now)
G.add_nodes_from([
      (1, {'y': 0}),
      (2, {'y': 1}),
      (3, {'y': 2}),
      (4, {'y': 3}),
      (5, {'y': 4}),
])

# Add some edges --> A = [(0, 1, 0, 1, 1), (1, 0, 1, 1, 0), (0, 1, 0, 0, 1), (1, 1, 0, 0, 0), (1, 0, 1, 0, 0)]
G.add_edges_from([
                  (1, 2), (1, 4), (1, 5),
                  (2, 3), (2, 4),
                  (3, 2), (3, 5), 
                  (4, 1), (4, 2),
                  (5, 1), (5, 3)
])

# add the price data to the graph as node features
for node in G.nodes():
  G.nodes[node]['x'] = np.random.rand(5) * 5

# This code mounts the google drive
from google.colab import drive
drive.mount('/content/drive')

# convert the graph to Gephi
nx.write_gexf(G, '/content/drive/MyDrive/cars_test.gexf', version="1.2draft")

然后我收到错误："；TypeError：不允许属性值类型：<；class‘numpy.ndarray’>；

如有任何帮助，我们将不胜感激。

推荐答案

目前似乎没有numpy支持，因此一种解决方法是将数据存储为lists：

# add the price data to the graph as node features
for node in G.nodes():
    G.nodes[node]["x"] = {"price": list(np.random.rand(5) * 5)}

请注意，节点属性存储为词典。

这篇关于将networkx图转换为Gephi的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！