在Giggraph(R)中提取社区检测后的社区成员 [英] extract community membership after community detection in igraph (R)

问题描述

在igraph中运行社区检测算法后，提取社区成员身份时遇到一些问题。存储的membership向量似乎与算法找到的社区成员身份不对应。我怀疑我遗漏了什么，但文档很少，感谢您的帮助。

我的例子：

创建包含三个社区和两个组件的加权图：

v1 <- c(1,1,2,3,4,4,6,7,8,9)
v2 <- c(2,3,3,4,5,6,5,8,9,7)
weight <- c(3,3,2,1,3,3,2,2,2,3)

graph <- data.frame(v1,v2)
g <- graph.data.frame(graph, directed=FALSE)

上图中的社区是顶点(1，2，3)、(4，5，6)和(7，8，9)。事实上，当我们运行社区检测算法时，它会发现：

cd <- fastgreedy.community(g)
plot(cd,g, edge.width=weight)
str(cd)

给出输出：

IGRAPH clustering fast greedy, groups: 3, mod: 0.56
 groups:
  1
  [1] "7" "8" "9"

  2
  [1] "4" "6" "5"

  3
  [1] "1" "2" "3"`

and this nice picture of the graph split up into communities.

但是，当我尝试访问cd$membership或cutat()时，情况就不同了：

cd$membership
cutat(cd, steps=which.max(cd$modularity)-1)

两者都给

[1] 3 3 3 2 2 1 1 1 2

将上述解释为指示每个顶点的社区成员身份是错误的吗？它似乎(正确地)将(1，2，3)分配给社区3，但错误地将(4，5，9)和(6，7，8)分组在一起。

推荐答案

看似不匹配源于igraph读取和分配顶点ID的顺序(有关参考，请参阅this answer)。

让我们看一下graph-Object：

提供的顶点顺序

> unlist(graph, use.names = F)               # identical to c(v1, v2)
 [1] 1 1 2 3 4 4 6 7 8 9 2 3 3 4 5 6 5 8 9 7

在此序列中，5仅在1,2,3,4,6,7,8,9之后出现。这是删除重复条目后得到的顶点序列：

> unique(unlist(graph, use.names = F))
[1] 1 2 3 4 6 7 8 9 5

或使用igraph：

> V(g)
+ 9/9 vertices, named, from 3bae324:
[1] 1 2 3 4 6 7 8 9 5

这与您的示例中找到的社区非常吻合：

> sort(membership(cd))
7 8 9 4 6 5 1 2 3         # vertex name
1 1 1 2 2 2 3 3 3         # community

由于序列匹配，您可以将成员分配为顶点属性，如下所示(由@chinsoon12建议)：

V(g)$community <- membership(cd)

这篇关于在Giggraph(R)中提取社区检测后的社区成员的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！