Python：threading + curve_fit：内部例程的null参数 [英] Python: threading + curve_fit: null argument to internal routine

问题描述

我有一些问题，使用下面的代码，它应该使用线程做高斯拟合：

  
 
来自PIL import Image 
 import numpy as np 
来自scipy.optimize import curve_fit 
 import threading 
 
 class myThread（threading.Thread）：
 def __init __（self，index）：
 threading.Thread .__ init __（self）
 self.index = index 
 def run（self）：
 for i in np .arange（n_Bild.shape [1]）：
 curve_fit（self.gauss，x_x，Intensitaet [self.index，...]，p0 =（Intensitaet [self.index，i]，i， 0））
 def gauss（self，x，a，b，c，d）：
 return a * np.exp（ - （xb）** 2 /（2 * c ** 2） ）+ d 
 
 Bild = Image.open（test.bmp）
 n_Bild = np.asarray（Bild）
 Intensitaet = np.zeros（（n_Bild.shape [ 0]，n_Bild.shape [1]），dtype = np.uint32）
 Intensitaet + = n_Bild [...，...，0] 
 Intensitaet + = n_Bild [...， ..，1] 
 Intensitaet + = n_Bild [...，...，2] 
 x_x = np.arange（n_Bild.shape [1]）#Pixel aufx-Achse 
 
 threads = [] 
＃创建新线程
 thread0 = myThread（0）
 thread1 = myThread（1）
＃将线程添加到线程列表
 threads.append（thread0）
 threads.append（thread1）
＃开始新线程
 thread0.start（）
 thread1.start（）
 
＃等待所有线程在线程中完成
 t：
 t.join（）
 printfinished
 
  
 
 
 
如果我运行我的程序，我得到一个错误：
  
 SystemError：内部例程的空参数
线程中的异常Thread-2：
回溯（最近调用最后一次）：
文件C：\Anaconda\ lib \threading.py，行808，在__bootstrap_inner 
 self.run（）
文件G：/DropBox/Daten/Dropbox/Uni/Bachelorarbeit/Python/ThreadTest.py，第12行，in run 
 curve_fit（self.gauss，x_x，Intensitaet [self.index，...]，p0 =（Intensitaet [self.index，i]，i，1，0））
文件func，p0，args = args，full_output =C：\Anaconda\lib\site-packages\scipy\optimize\minpack.py，line 533 in curve_fit 
 res = 1，** kw）
文件C：\Anaconda\lib\site-packages\scipy\optimize\minpack.py，第378行，至少为ss 
 gtol，maxfev ，epsfcn，factor，diag）
错误：构造参数列表的内部错误＃
  
我只运行一个线程而不是两个，程序工作正常，但我不知道我做错了什么。 
感谢您的帮助。
解决方案
我相信leastsq（）不是线程安全的，一个threading.Lock（）围绕你的调用curve_fit（）（这可能会打败你的目的）或使用多处理。 
 
I have got some problems using the following code, which is supposed to do gaussian fits using threads:


    from PIL import Image
    import numpy as np
    from scipy.optimize import curve_fit
    import threading

    class myThread (threading.Thread):
        def __init__(self, index):
            threading.Thread.__init__(self)
            self.index = index
        def run(self):
            for i in np.arange(n_Bild.shape[1]):
                curve_fit(self.gauss, x_x, Intensitaet[self.index, ...], p0=(Intensitaet[self.index, i], i, 1, 0))
        def gauss(self, x, a, b, c, d):
            return a * np.exp(-(x-b) ** 2 / (2 * c ** 2)) + d

    Bild = Image.open("test.bmp")
    n_Bild = np.asarray(Bild)
    Intensitaet = np.zeros((n_Bild.shape[0], n_Bild.shape[1]), dtype=np.uint32)
    Intensitaet += n_Bild[..., ..., 0]
    Intensitaet += n_Bild[..., ..., 1]
    Intensitaet += n_Bild[..., ..., 2]
    x_x = np.arange(n_Bild.shape[1]) #Pixel auf "x"-Achse

    threads = []
    # Create new threads
    thread0 = myThread(0)
    thread1 = myThread(1)
    # Add threads to thread list
    threads.append(thread0)
    threads.append(thread1)
    # Start new Threads
    thread0.start()
    thread1.start()

    # Wait for all threads to complete
    for t in threads:
        t.join()
    print "finished"

If I run my programm I get an error:

SystemError: null argument to internal routine
Exception in thread Thread-2:
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Anaconda\lib\threading.py", line 808, in __bootstrap_inner
    self.run()
  File "G:/DropBox/Daten/Dropbox/Uni/Bachelorarbeit/Python/ThreadTest.py", line 12, in run
    curve_fit(self.gauss, x_x, Intensitaet[self.index, ...], p0=(Intensitaet[self.index, i], i, 1, 0))
  File "C:\Anaconda\lib\site-packages\scipy\optimize\minpack.py", line 533, in curve_fit
    res = leastsq(func, p0, args=args, full_output=1, **kw)
  File "C:\Anaconda\lib\site-packages\scipy\optimize\minpack.py", line 378, in leastsq
    gtol, maxfev, epsfcn, factor, diag)
error: Internal error constructing argument list.#
If I only run one thread instead of two, the programm works fine, but I have no idea what i'm doing wrong.
Thanks for your help.
解决方案
I believe that leastsq() is not threadsafe, and you need to either use a threading.Lock() around your calls to curve_fit() (which might defeat your purpose) or use multiprocessing. 

                        
这篇关于Python：threading + curve_fit：内部例程的null参数的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！