使用matplotlib Polycollection从csv文件绘制数据 [英] Using matplotlib Polycollection to plot data from csv files

问题描述

我一直在试图使用PolyCollection非常类似于这一个图：
http://matplotlib.org/examples/mplot3d/polys3d_demo.html

不同之处在于，我希望我的代码从文件夹并绘制数据（不是随机数）。每个CSV文件包含一个光谱，即两列和一定数量的行。我想要第一行是我的x值，第二行是相应的z值。

我试过这样：

  import os 
 import numpy as np 
 import matplotlib.pyplot as plt 
来自matplotlib.collections import PolyCollection 
 
 fig = plt.figure（）
 ax = fig.gca（projection ='3d'）
 
 input_path ='input'
 spectrumfiles = [] 
对于root，dirs，os.walk中的文件（input_path）：
文件中的名称：
如果os.path.splitext（name）[1] ] =='.CSV'or os.path.splitext（name）[1] =='.csv'：
 spectrumfiles.append（os.path.join（root，name））
 
 zs = np.arange（len（files））
 
在谱文件中的名称：
 spectrum = np.loadtxt（name，delimiter ='，'）
＃ xs = spectrum [：，0]＃我试过这个，但后来意识到频谱
 #ys = spectrum [：，1] #already有所需的形状
＃verts.append（list （xs，ys）））
 
 verts.append（spectrum）
 
 
 
 poly = PolyCollection（verts，facecolors = np.ones （verts）））＃我不用太费心了
 poly.set_alpha（0.7）#colours在这一刻
 ax.add_collection3d（poly，zs = zs，zdir ='y'）
 
 plt.show（）
  

现在，我得到的图是空的。 / p>

编辑：
这里有4个示例文件

EDIT2：
这里有一些链接到stackoverflow的相关问题。
- Matplotlib在3d中绘制脉搏传播
- 瀑布图python？

解决方案

好的，很容易解决 - 你唯一的问题是，因为你自己添加了PolyCollection到你的轴，它不会自动缩放x / y / z限制到适当的值（仍然显示0和1 ）。对于您拥有的数据，如果添加以下行：

  ax.set_xlim（0,5000）
 .set_ylim（0，len（spectrumfiles））
  

那么你的数据会神奇地出现。

>

I've been trying to make a diagram using PolyCollection very similar to this one: http://matplotlib.org/examples/mplot3d/polys3d_demo.html

The difference is, I want my code to read all CSV files from a folder and plot the data in them (not random numbers). Each CSV file contains a spectrum, i.e. two columns and a certain number of rows. I want the first row to be my x-values and the second row the corresponding z-values.

I tried this:

import os
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.collections import PolyCollection

fig=plt.figure()
ax = fig.gca(projection='3d')

input_path = 'input'         
spectrumfiles = []
verts=[]

for root, dirs, files in os.walk(input_path):    
    for name in files:
        if os.path.splitext(name)[1] == '.CSV' or os.path.splitext(name)[1] == '.csv':
            spectrumfiles.append(os.path.join(root,name)) 

zs = np.arange(len(files))                            

for name in spectrumfiles:
    spectrum = np.loadtxt(name, delimiter=',')
    #xs = spectrum[:,0]                   #I tried this first but then realised that "spectrum
    #ys = spectrum[:,1]                   #already has the needed shape               
    #verts.append(list(zip(xs,ys)))

    verts.append(spectrum)



poly = PolyCollection(verts, facecolors=np.ones(len(verts)))      #I'm not too bothered with
poly.set_alpha(0.7)                                               #colours at the moment
ax.add_collection3d(poly, zs=zs, zdir='y')

plt.show()

Now, the diagram I get is empty.

EDIT: here are 4 sample FILES

EDIT2: here are some links to related questions on stackoverflow. - Matplotlib plot pulse propagation in 3d - Waterfall plot python?

解决方案

Okay, easy fix - your only problem is that because you added the PolyCollection to your axes yourself, it doesn't automatically scale the x/y/z limits to appropriate values (still shows between 0 and 1). For the data you have, if you add the following lines:

ax.set_xlim(0,5000)
ax.set_ylim(0,len(spectrumfiles))

then your data will magically appear.

这篇关于使用matplotlib Polycollection从csv文件绘制数据的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！