forceNetwork不显示，没有返回代码错误 [英] forceNetwork not displaying, no code errors returned

问题描述

我创建一个networkD3 forceNetwork（），但在我清除我的env vars在RStudio网络将不会显示在我的浏览器，当我第二次运行代码。任何想法为什么？无代码错误。 Var输出低于

 库（networkD3）
库\\Users\\King\\Desktop\\SNA_Rcode）
 csv <-read.csv（C：\\Users\\King\\ Desktop $\Analysis\\mc_with_0_and_MI.csv）
 
 df< -data.frame（csv $ stat.deaths，csv [，4]，csv $ stat.mob）#damage delt死亡，暴徒杀死（是颜色）
＃2模式。交互模型
＃g1<  -  simpleNetwork（df）; htmltools :: html_print（g1，viewer = utils :: browseURL）#DISPLAYS CORRECTLY 
 df<  -  df [！duplicate（df [，2]），] 
 df [，2] paste（，df [，2]，sep =）
 #setup 
g < -  graph.data.frame（df，directed = F）
 links< data.frame（get.edgelist（g））#set名称到数字，以便正确计算链接
 links $ V1&-11.numeric（as.character（links $ V1））
 links $ V2& -as.numeric（as.character（links $ V2））
 colnames（links）< -c（source，target）
 link_list< ;-( links-1）
 ####################### DOESNT WORK LIKE EXPECTED ......用2而不是999替换NA 
 color_groups <-df [ ，3]＃基于暴动杀死的颜色
 color_groups  ifelse（as.numeric（color_groups）> = 30， 2））
 color_groups [is.na（color_groups）]< -999 #replace NA with 999 
 
 names< -0：（length（color_groups）-1）
 node_list <-data.frame（name = names，group = color_groups）
 
 profanity< -forceNetwork（Links = link_list，Nodes = node_list，Source =source，Target =target =name，Group =group，opacity = 0.8，colourScale =d3.scale.category10（），charge = -100）
 htmltools :: html_print（profanity，viewer = utils :: browseURL） 
  

运行所有上述代码后（使用clear env）：

 > head（link_list，20）
源目标
 1 6 1169 
 2 1 839 
 3 1 2594 
 4 7 5409 
 5 11 2719 
 6 5 1719 
 7 7 179 
 8 2 1989 
 9 4 3444 
 10 0 2249 
 11 1 1964 
 12 0 3344 
 13 6 4479 
 14 6 2224 
 15 7 3869 
 16 5 2459 
 17 3 1704 
 18 -1 2479 
 19 5 3494 
 20 4 1869 
 
> head（node_list，20）
名称组
 1 0 2 
 2 1 1 
 3 2 2 
 4 3 3 
 5 4 1 
 6 5 2 
 7 6 1 
 8 7 2 
 9 8 2 
 10 9 2 
 11 10 1 
 12 11 2 
 13 12 2 
 14 13 2 
 15 14 2 
 16 15 2 
 17 16 2 
 18 17 2 
 19 18 2 
 20 19 2 
  

解决方案

我需要设置顶点的名称使用：

  V（g）$ name <-1：104 
  pre> 
 
 
初始化图形（g）
 
I am creating a networkD3 forceNetwork(), but after I cleared my env vars in RStudio the network would not display in my browser when I ran the code a second time. Any idea why? No code errors. Var output is below.
library(networkD3)
library(igraph)
setwd("C:\\Users\\King\\Desktop\\SNA_Rcode")
csv<-read.csv("C:\\Users\\King\\Desktop\\Analysis\\mc_with_0_and_MI.csv")

df<-data.frame(csv$stat.deaths,csv[,4],csv$stat.mob)#damage delt on deaths, mob kills (is color)
#2 mode. interactive model
#g1 <- simpleNetwork(df) ; htmltools::html_print(g1, viewer = utils::browseURL)#DISPLAYS CORRECTLY
df <- df[!duplicated(df[,2]),]
df[,2] <- paste("", df[,2], sep="")
#setup
g <- graph.data.frame(df,directed=F)
links<-as.data.frame(get.edgelist(g)) #set name to number so calculate link correctly
links$V1<-as.numeric(as.character(links$V1))
links$V2<-as.numeric(as.character(links$V2))
colnames(links)<-c("source","target")
link_list<-(links-1)
#######################DOESNT WORK LIKE EXPECTED......replaces NA with 2 instead of 999
color_groups<-df[,3]# color based on mob kills
color_groups <- ifelse(as.numeric(color_groups) < 10, 1, 
                       ifelse(as.numeric(color_groups) >= 30, 3, 2))
color_groups[is.na(color_groups)]<-999 #replace NA with 999

names<-0:(length(color_groups)-1)
node_list <- data.frame(name=names, group=color_groups)

profanity<-forceNetwork(Links = link_list, Nodes = node_list,Source = "source", Target = "target", NodeID = "name",Group = "group", opacity = 0.8, colourScale = "d3.scale.category10()",charge=-100)
htmltools::html_print(profanity, viewer = utils::browseURL)
After running all the above code (with a clear env):
    > head(link_list,20)
       source target
    1       6   1169
    2       1    839
    3       1   2594
    4       7   5409
    5      11   2719
    6       5   1719
    7       7    179
    8       2   1989
    9       4   3444
    10      0   2249
    11      1   1964
    12      0   3344
    13      6   4479
    14      6   2224
    15      7   3869
    16      5   2459
    17      3   1704
    18     -1   2479
    19      5   3494
    20      4   1869

> head(node_list,20)
   name group
1     0     2
2     1     1
3     2     2
4     3     3
5     4     1
6     5     2
7     6     1
8     7     2
9     8     2
10    9     2
11   10     1
12   11     2
13   12     2
14   13     2
15   14     2
16   15     2
17   16     2
18   17     2
19   18     2
20   19     2

解决方案
I needed to set the names for the vertices using:
V(g)$name<-1:104
after I initialized the graph (g)

                        
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