使用R处理日期时格式化直方图x轴 [英] Formatting histogram x-axis when working with dates using R

问题描述

我正在使用R创建一个流行曲线（每天的疾病数量的直方图），并且在使用x轴格式化的同时，还在努力。

I am in the process of creating an epidemic curve (histogram of number of cases of a disease per day) using R, and am struggling a little with formatting the x-axis.

我知道ggplot给出了非常好的图形和易于操作的轴（了解日期并在R中绘制ggplot2的直方图），但在这种情况下，我更喜欢使用 hist（）命令，因为我在同一时间描述2种不同的模式，如下（我不认为你可以在ggplot中做类似的事情）：

I am aware that ggplot gives very nice graphs and easily manipulatable axes ( Understanding dates and plotting a histogram with ggplot2 in R ), but in this case I prefer to use the hist() command, because I am describing 2 different patterns at the same time, as below (I don't think you can do something similar in ggplot):

这里的问题是x轴不从第一种情况开始，有太多的刻度线，我想要有一个系统的日期标记，例如。每7天，或每月1日。

The problem here is that the x-axis does not begin at the first case, has too many tick marks, and I'd like to be able to have a systematic date marker, eg. every 7 days, or every 1st of the month.

数据存储在数据库（dat.geo）中，作为每个疑似病例的一行，其发生日期和郊区的信息（无论是直方图是黑色还是白色） ，如下所示：

The data are stored in a database (dat.geo) as one row per suspected case, with info on date of onset and suburb (whether black or white in histogram), as below:

> head(dat.geo)
  number age sex       suburb Date_of_Onset
1      1  12   F            x    2011-10-11
2      2  28   M            x    2011-10-10
3      3  15   F            x    2011-10-12
4      4  12   M            y    2011-10-25
5      5  10   F            x    2011-10-15
6      6   9   M            y    2011-10-20

这是我的代码：

pdf(file='1.epi.curve.pdf')
hist(dat.geo$Date_of_Onset[(dat.geo$suburb=="x")], "days", 
 format = "%d %b %y", freq=T, col=rgb(0,0,0,1), axes=T, main="", add=T)
hist(dat.geo$Date_of_Onset[(dat.geo$suburb=="y")], "days", 
 format = "%d %b %y", freq=T, main="", col=rgb(1,1,1,.6), add=T, axes=F)
dev.off()

我已经尝试使用这个代码来抑制轴并添加一个被操纵的

I have tried suppressing the axis and adding a manipulated one later using this code

axis(1, labels=T)
axis(2)

但这是我得到的（我不知道如何操纵）：

but this is what I get (and I have no idea how to manipulate that):

您的帮助非常感谢！

谢谢

推荐答案

由于您有效地挑战我们提供 ggplot 解决方案，这里是：

Since you effectively challenged us to provide a ggplot solution, here it is:

dates <- seq(as.Date("2011-10-01"), length.out=60, by="+1 day")

set.seed(1)
dat <- data.frame(
  suburb <- rep(LETTERS[24:26], times=c(100, 200, 300)),
  Date_of_Onset <- c(
    sample(dates-30, 100, replace=TRUE),
    sample(dates,    200, replace=TRUE),
    sample(dates+30, 300, replace=TRUE)
  )
)

library(scales)
library(ggplot2)
ggplot(dat, aes(x=Date_of_Onset, fill=suburb)) + 
  stat_bin(binwidth=1, position="identity") + 
  scale_x_date(breaks=date_breaks(width="1 month"))

请注意，使用 position =identity强制每个条形图发生在轴上，否则默认情况下会获得堆叠图表。

Note the use of position="identity" to force each bar to originate on the axis, otherwise you get a stacked chart by default.

这篇关于使用R处理日期时格式化直方图x轴的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！