ExpressionSet子集 [英] ExpressionSet subsetting

问题描述

我有一个我想要子集的 ExpressionSet 对象。例如，

I have an ExpressionSet object that I want to subset. For example,

> str(ESet)
Formal class 'ExpressionSet' [package "Biobase"] ..
  ..@ assayData        :..         
  ..@ phenoData        :
  .. .. .. ..$ STATUS  : num [1:210] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
  ....

我想提取一个子集，其中 STATUS == 0 。我试过：

I want to extract a subset where STATUS==0. I've tried:

exprs(ESet@phenoData$STATUS==0)

但它不起作用。

推荐答案

你几乎在那里猜测你的数据结构，我认为以下几点应该是有效的：

You are almost there. Guessing at your data structure, I think the following should work:

exprs(ESet)[ESet@phenoData$STATUS==0,]

如果你看这个纸，有很多例子根据应变和时间对数据进行子设置。我应该承认我是本文的作者。

If you look at this paper, there are lots of examples of sub-setting the data depending on strain and time. I should admit that I'm an author on this paper.

这篇关于ExpressionSet子集的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！