如何在使用“foreach（）”时创建一个进度条。函数在R？ [英] How do you create a progress bar when using the "foreach()" function in R?

问题描述

有一些关于如何在R程序中创建循环计数器的信息。但是，如何在使用foreach（）的并行化版本时创建类似的函数？解析方案

编辑：在更新到doSNOW包后在使用％dopar％时它显示出一个很好的进度条，并且它可以在Linux，Windows和OS X上运行

doSNOW 现在通过 .options.snow 参数正式支持进度条。 （b）>

  library（doSNOW）
 cl < -  makeCluster（2）
 registerDoSNOW（cl）
迭代< -100 
 pb<  -  txtProgressBar（max =迭代，样式= 3）
进度<  - 函数（n）setTxtProgressBar（pb，n）
 opts<  -  list （progress = progress）
 result<  -  foreach（i = 1：iterations，.combine = rbind，
 .options.snow = opts）％dopar％
 {
s< ;  - 总结（rnorm（1e6））[3] 
 return（s）
} 
 close（pb）
 stopCluster（cl）
  

跟踪进度的另一种方法是，如果记住迭代总数，则设置 .verbose = T ，因为这会打印到控制台已经完成的迭代。

以前的Linux和OS X解决方案

在Ubuntu 14.04（64位）和OS X（El Capitan）上，即使使用％dopar％如果在 makeCluster 函数中设置了 oufile =它似乎不能在Windows下工作。从 makeCluster 的帮助：

$ b outfile：在哪里指定stdout和stderr连接输出工人。 表示没有重定向（这只对本地机器上的工作人员有用）。默认是'/ dev / null'（在Windows上是'nul：'）。
$ b

示例代码：

  library（foreach）
 library（doSNOW）
 cl < -  makeCluster（4，outfile =）＃核心数量。注意'outfile'
 registerDoSNOW（c1）
迭代< -  100 
 pb < -  txtProgressBar（min = 1，max = iterations，style = 3）
 result< -  foreach（i = 1：iterations，.combine = rbind）％dopar％
 {
s < -  summary（rnorm（1e6））[3] 
 setTxtProgressBar（pb，i）
 return $ s 
 $ b close（pb）
 stopCluster（cl）
  

这是进度条的外观。这看起来有点奇怪，因为每一个酒吧的每一个进程打印一个新的酒吧，因为一个工人可能会滞后一点，导致进度条偶尔来回。

there are some informative posts on how to create a counter for loops in an R program. However, how do you create a similar function when using the parallelized version with "foreach()"?

解决方案

Edit: After an update to the doSNOW package it has become quite simple to display a nice progress bar when using %dopar% and it works on Linux, Windows and OS X

doSNOW now officially supports progress bars via the .options.snow argument.

library(doSNOW)
cl <- makeCluster(2)
registerDoSNOW(cl)
iterations <- 100
pb <- txtProgressBar(max = iterations, style = 3)
progress <- function(n) setTxtProgressBar(pb, n)
opts <- list(progress = progress)
result <- foreach(i = 1:iterations, .combine = rbind, 
                  .options.snow = opts) %dopar%
{
    s <- summary(rnorm(1e6))[3]
    return(s)
}
close(pb)
stopCluster(cl) 

Yet another way of tracking progress, if you keep in mind the total number of iterations, is to set .verbose = T as this will print to the console which iterations have been finished.

Previous solution for Linux and OS X

On Ubuntu 14.04 (64 bit) and OS X (El Capitan) the progress bar is displayed even when using %dopar% if in the makeCluster function oufile = "" is set. It does not seem to work under Windows. From the help on makeCluster:

outfile: Where to direct the stdout and stderr connection output from the workers. "" indicates no redirection (which may only be useful for workers on the local machine). Defaults to ‘/dev/null’ (‘nul:’ on Windows).

Example code:

library(foreach)
library(doSNOW)
cl <- makeCluster(4, outfile="") # number of cores. Notice 'outfile'
registerDoSNOW(cl)
iterations <- 100
pb <- txtProgressBar(min = 1, max = iterations, style = 3)
result <- foreach(i = 1:iterations, .combine = rbind) %dopar% 
{
      s <- summary(rnorm(1e6))[3]
      setTxtProgressBar(pb, i) 
      return(s)
}
close(pb)
stopCluster(cl) 

This is what the progress bar looks like. It looks a little odd since a new bar is printed for every progression of the bar and because a worker may lag a bit which causes the progress bar to go back and forth occasionally.

这篇关于如何在使用“foreach（）”时创建一个进度条。函数在R？的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！