R将栅格函数应用于字符列表 [英] R apply raster function to a list of characters

问题描述

我最近开始与R合作，所以这个问题可能有一个简单的解决方案。
我有一些来自不同场景的.tif卫星图像。我可以用它创建一个测试栅格砖，但由于文件数量巨大，需要自动完成该过程。因此，我一直在尝试创建一个函数来读取.tif文件列表并输出一个栅格列表。
您可以在下面找到我已经使用的代码：

 ＃描述：准备一个有序采集的栅格砖
＃从学习区域的所有场景中
 
库（栅格）
库（rgdal）
库（sp）
库（rtiff）
 
 rm（list = ls（））
 
 setwd = getwd（）
 
＃如果你想下载2个场景的.tif文件from dropbox：
 dl_from_dropbox<  -  function（x，key）{
 require（RCurl）
 bin<  -  getBinaryURL（paste0（https://dl.dropboxusercontent.com/s / bin，/，键，/，x），
 ssl.verifypeer = FALSE）
 con<  -  file（x，open =wb）
 writeBin 
 close（con）
 message（noquote（paste（x，read into，getwd（））））
} 
 
 dl_from_dropbox（lndsr.LT52210611985245CUB00 -vi.NDVI.tif，qb1bap9rghwivwy）
 dl_from_dropbox（lndsr.LT52210611985309CUB00-vi.NDVI.tif，sbhcffotirwnnc6）
 dl_from_dropbox（lndsr.LT5221061 1987283CUB00-vi.NDVI.tif，2zrkoo00ngigfzm）
 
 dl_from_dropbox（lndsr.LT42240631992198XXX02-vi.NDVI.tif，gx0ctxn2mca3u5v）
 dl_from_dropbox（lndsr.LT42240631992214XXX02- vi.NDVI.tif，pqnjw2dpz9beeo5）
 dl_from_dropbox（lndsr.LT52240631986157CUB02-vi.NDVI.tif，rrka10yaktv8la8）
 
 
＃1-创建一个.tif文件的名称按时间顺序排列（用于时间序列分析）
 pathdir =＃change 
＃列出该文件夹中任何场景的所有图像，以及
＃将数据帧与日期的列
a < -  list.files（path = pathdir，pattern =lndsr.LT，all.files = FALSE，full.names = FALSE）
 a1 < -  as。 data.frame（a，row.names = NULL，optional = FALSE，stringsAsFactors = FALSE）＃class（a1 $ a）＃character 
＃创建包含julean日期的日期列并以升序排列
 a1 $ date<  -  substr（a1 $ a，16,22）＃class（a1 $ date）=字符
 a1 < -  a1 [order（a1 $ date），] 
＃仅保留具有场景名称的列
 a1<  -  subset（a1，select = 1）＃class（a1 $ a）：character 
＃从数据框中检索一个有序列表
 ord_dates<  -  as.list（as .data.frame（t（a1 $ a）））＃length（ord_dates）：4（correct）
＃class（odd_dates）＃list 
 
＃2-根据元素创建栅格列表
 for（i in 1：（length（ord_dates）））{
＃指向每个单独的.tif文件
 tif_file<  -  ord_dates [i]＃问题：仅访问ord_dates的第一项
＃使光栅出来
r<  - 光栅（tif_file）＃我们不能在这里使用列表作为输入。给出错误：
＃.local（x，...）中的错误：list没有x
＃给它一个标准名称（r1，r2，r3等）
 name <  -  paste（r，1：length（ord_dates），sep =）
＃将光栅写入文件
 writeRaster（r，filename = name，format =GTiff，覆盖= T）
} 
  

我也尝试过使用lapply（），但没有取得太大的成功。

  r = lapply（ord_dates，raster）
  

你可以给我一个关于遵循什么概念的建议吗？我猜我应该使用矩阵，但我不明白哪里是他们的优点，或者他们需要什么步骤。

任何帮助真的很感谢！
在此先感谢

解决方案

假设 ord_dates 的文件名（包含完整路径或位于 getwd（））中，您可以使用 lapply 。

  convertAllToRaster<  -  function（tif_file）{
r<  -  raster （tif_file）
＃给它一个标准名称（r1，r2，r3等）
名称<  -  paste（r，1：length（ord_dates），sep =）
＃将光栅写入文件
 writeRaster（r，filename = name，format =GTiff，overwrite = T）
消息（Eeee，也许它写成功了。）
} 
 
 lapply（ord_dates，FUN = convertAllToRaster）
  

I started recently to work with R so this question has probably a simple solution. I have some .tif satellite images from different scenes. I can create a test raster brick with it but the process needs to be automatised because of the huge amount of files. Therefore I have been trying to create a function to read the list of .tif files and to output a list of rasters. You can find here below the code I have been using:

# Description: Prepare a raster brick with ordered acquisitions 
# from all the scenes of the study area

library(raster)
library(rgdal)
library(sp)
library(rtiff)

rm(list = ls())

setwd=getwd()

# If you want to download the .tif files of the 2 scenes from dropbox:
dl_from_dropbox <- function(x, key) {
  require(RCurl)
  bin <- getBinaryURL(paste0("https://dl.dropboxusercontent.com/s/", key, "/", x),
                      ssl.verifypeer = FALSE)
  con <- file(x, open = "wb")
  writeBin(bin, con)
  close(con)
  message(noquote(paste(x, "read into", getwd())))                        
}

dl_from_dropbox("lndsr.LT52210611985245CUB00-vi.NDVI.tif", "qb1bap9rghwivwy")
dl_from_dropbox("lndsr.LT52210611985309CUB00-vi.NDVI.tif", "sbhcffotirwnnc6")
dl_from_dropbox("lndsr.LT52210611987283CUB00-vi.NDVI.tif", "2zrkoo00ngigfzm")

dl_from_dropbox("lndsr.LT42240631992198XXX02-vi.NDVI.tif", "gx0ctxn2mca3u5v")
dl_from_dropbox("lndsr.LT42240631992214XXX02-vi.NDVI.tif", "pqnjw2dpz9beeo5")
dl_from_dropbox("lndsr.LT52240631986157CUB02-vi.NDVI.tif", "rrka10yaktv8la8")


# 1- Create a list of .tif files with names ordered chronologically (for time series analysis later on)
 pathdir=  # change
# List all the images from any scene in that folder and
# make a dataframe with a column for the date
a <- list.files(path=pathdir,pattern="lndsr.LT", all.files=FALSE,full.names=FALSE)
a1 <- as.data.frame(a, row.names=NULL, optional=FALSE, stringsAsFactors=FALSE) # class(a1$a)  #   character
# Create date column with julean date and order it in ascending order
a1$date <- substr(a1$a, 16, 22) # class(a1$date) = character
a1 <- a1[order(a1$date),] 
# Keep only the column with the name of the scene
a1 <- subset(a1, select=1) # class(a1$a): character
# retrieve an ordered list from the dataframe
ord_dates <- as.list(as.data.frame(t(a1$a)))  # length(ord_dates): 4 (correct)
# class(odd_dates) # list

# 2- Create rasters from elements of a list
for (i in 1:(length(ord_dates))){
  # Point to each individual .tif file
  tif_file <- ord_dates[i]  # Problem: accesses only the first item of ord_dates
  # Make a raster out of it
  r <- raster(tif_file)  # we cant use here a list as an input. Gives error:
      # Error in .local(x, ...) : list has no "x"
  # Give it a standardised name (r1,r2,r3, etc)
  name <- paste("r", 1:length(ord_dates),sep = "")
  # Write the raster to file
  writeRaster (r , filename = name,format = "GTiff", overwrite =T )
}

I have also tried to use lapply() without much success.

r = lapply(ord_dates, raster)

Can you give me an advice on what concept to follow? I am guessing I should be using matrices but I don't really understand which are their advantages here or in what step they are required.

Any help is really appreciated! Thanks in advance

解决方案

Assuming ord_dates is a list of file names (that have full path or are in your getwd()), you can apply a (any) function to this list using lapply. I haven't tested this, unfortunately.

convertAllToRaster <- function(tif_file) {
  r <- raster(tif_file)
  # Give it a standardised name (r1,r2,r3, etc)
  name <- paste("r", 1:length(ord_dates),sep = "")
  # Write the raster to file
  writeRaster (r , filename = name,format = "GTiff", overwrite =T )
  message("Eeee, maybe it was written successfully.")
}

lapply(ord_dates, FUN = convertAllToRaster)

这篇关于R将栅格函数应用于字符列表的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！