数据椭圆如何叠加在ggplot2散点图上？ [英] How can a data ellipse be superimposed on a ggplot2 scatterplot?

问题描述

我有一个R函数为散点图产生95％的置信椭圆。输出看起来像这样，每个椭圆（50行）的默认值为50分：

  [，1] [， 2] 
 [1，] 0.097733810 0.044957994 
 [2，] 0.084433494 0.050337990 
 [3，] 0.069746783 0.054891438 
 

我想在 ggplot2 散点图上为称为'site'的因子的每个级别叠加一些这样的省略号，从这个命令：



 > plat1<  -  ggplot（mapping = aes（shape = site，size = geom），shape = factor（site））; plat1 + geom_point（aes（x = PC1.1，y = PC2.1））
  

这是运行一个名为 dflat 的数据集，如下所示：



  site geom PC1.1 PC2.1 PC3.1 PC1.2 PC2.2 
 1 Buhlen 1259.5649 -0.0387975838 -0.022889782 0.01355317 0.008705276 0.02441577 
 2 Buhlen 653.6607 -0.0009398704 -0.013076251 0.02898955 -0.001345149 0.03133990 
  

结果很好，但是当我尝试添加椭圆时（比方说这个网站叫做Buhlen） ：



 > plat1 + geom_point（aes（x = PC1.1，y = PC2.1））+ geom_path（data = subset（dflat，site =Buhlen），mapping = aes（x = ELLI（PC1.1，PC2.1 ）[，1]，y = ELLI（PC1.1，PC2.1）[，2]））
  

我收到一条错误消息：data.frame中的错误（x = c（0.0977338099339815,0.0844334944904515,0.0697467834016782，：
参数意味着行数不同：50,211 $ b

过去我设法解决了这个问题，但我不记得它是如何的。看起来geom_path依赖于相同的点而不是绘制新的如果您有任何帮助，我们将不胜感激。


解决方案

也许这可以帮助您：

  #bootstrap 
 set.seed（101）
n < -  1000 
x < -  rnorm（n，mean = 2）
y< -1.5 + 0.4 * x + rnorm（n）
 df<  -  data.frame（x = x，y = y，group =A）
x<  -  rnorm n，平均值= 2）
y <-1.5 * x + 0.4 + rnorm（n）
 df <-rbind（df，data.frame（x = x，y = y，group = B））
 
＃计算省略号
 libr ary（ellipse）
 df_ell<  -  data.frame（）
 for（g in levels（df $ group））{
 df_ell < -  rbind（df_ell，cbind（as.data .frame（with（df [df $ group == g，]，ellipse（cor（x，y），
 scale = c（sd（x），sd（y）），
 center = （平均（x），平均（y））））），组= g））
} 
＃drawing 
 library（ggplot2）
p < -  ggplot = df，aes（x = x，y = y，color = group））+ geom_point（size = 1.5，alpha = .6）+ 
 geom_path（data = df_ell，aes（x = x，y = y ，color = group），size = 1，linetype = 2）
  

输出如下所示： p>



这里是更复杂的例子。

I have an R function which produces 95% confidence ellipses for scatterplots. The output looks like this, having a default of 50 points for each ellipse (50 rows):

           [,1]         [,2]
 [1,]  0.097733810  0.044957994
 [2,]  0.084433494  0.050337990
 [3,]  0.069746783  0.054891438

I would like to superimpose a number of such ellipses for each level of a factor called 'site' on a ggplot2 scatterplot, produced from this command:

> plat1 <- ggplot(mapping=aes(shape=site, size=geom), shape=factor(site)); plat1 + geom_point(aes(x=PC1.1,y=PC2.1))

This is run on a dataset, called dflat which looks like this:

site      geom         PC1.1        PC2.1       PC3.1        PC1.2       PC2.2
1 Buhlen 1259.5649 -0.0387975838 -0.022889782  0.01355317  0.008705276  0.02441577
2 Buhlen  653.6607 -0.0009398704 -0.013076251  0.02898955 -0.001345149  0.03133990

The result is fine, but when I try to add the ellipse (let's say for this one site, called "Buhlen"):

> plat1 + geom_point(aes(x=PC1.1,y=PC2.1)) + geom_path(data=subset(dflat, site="Buhlen"),mapping=aes(x=ELLI(PC1.1,PC2.1)[,1],y=ELLI(PC1.1,PC2.1)[,2]))

I get an error message: "Error in data.frame(x = c(0.0977338099339815, 0.0844334944904515, 0.0697467834016782, : arguments imply differing number of rows: 50, 211

I've managed to fix this in the past, but I cannot remember how. It seems that geom_path is relying on the same points rather than plotting new ones. Any help would be appreciated.

解决方案

Maybe this could help you:

#bootstrap
set.seed(101)
n <- 1000
x <- rnorm(n, mean=2)
y <- 1.5 + 0.4*x + rnorm(n)
df <- data.frame(x=x, y=y, group="A")
x <- rnorm(n, mean=2)
y <- 1.5*x + 0.4 + rnorm(n)
df <- rbind(df, data.frame(x=x, y=y, group="B"))

#calculating ellipses
library(ellipse)
df_ell <- data.frame()
for(g in levels(df$group)){
df_ell <- rbind(df_ell, cbind(as.data.frame(with(df[df$group==g,], ellipse(cor(x, y), 
                                         scale=c(sd(x),sd(y)), 
                                         centre=c(mean(x),mean(y))))),group=g))
}
#drawing
library(ggplot2)
p <- ggplot(data=df, aes(x=x, y=y,colour=group)) + geom_point(size=1.5, alpha=.6) +
  geom_path(data=df_ell, aes(x=x, y=y,colour=group), size=1, linetype=2)

Output looks like this:

Here is more complex example.

这篇关于数据椭圆如何叠加在ggplot2散点图上？的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！