图标作为R-ggplot2中的x轴标签 [英] Icons as x-axis labels in R - ggplot2

问题描述

（这是图标作为x轴标签的扩展它会寻找一个 ggplot 解决方案而不是 plot ，因为 ggplot 是基于 grid 和 plot 基于 graphics ，方法非常不同）

我想绘制像这样的（来自本文），其中图标（本例中为小图）用作刻度标签。

原始问题的答案是：

  library（igraph）
 npoints<  -  15 
y < -  rexp（npoints）
x  
＃在底部保证金（外部保证金）上保留一些额外空间
 par（oma = c（3,0,0,0））
 plot（y，xlab = NA，xaxt ='n'，pch = 15，cex = 2，col =red）
 lines（y，col ='red'，lwd = 2）
 
＃图形编号
x = 1：npoints 
 
＃将偏移量添加到第一个图形中心
x [1] = x [1] + 0.4 
 x1 = grconvertX（x = x-0.4，from ='user'，to ='ndc'）
 x2 = grconvertX（x = x + 0.4，from ='user'，to ='ndc'）$ b $ （i，x1 [i]，x2 [i]，sep ='; 
 $ b打印'））
 
＃删除igraph周围的绘图边距（3月），所以它们看起来更大，避免
＃`图形边距过大错误
 par（fig = c（ x1 [i]，x2 [i]，0,0.2），new = TRUE，mar = c（0,0,0,0））
 plot（graph.ring（i），vertex.label = NA ）
} 
  

我们如何使用 ggplot 来做类似的绘图？

>

这是我越接近：

  library（ggplot2）
图书馆（grImport）
图书馆（igraph）
 
 npoints<  -  5 
y<  -  rexp（npoints）
x< seq（npoints）
 
 pics<  -  vector（mode =list，length = npoints）
 for（i in 1：npoints）{
 fileps < -  paste0（motif，i ，。ps）
 filexml<  -  paste0（motif，i，。xml）
 
＃Postscript文件
 postscript（file = fileps，fonts = c（serif，Palatino））
 plot（graph.ring（i），vertex.label.family =serif，edge。 
 dev.off（）
 
＃转换为符号可访问的xml 
 PostScriptTrace（fileps，filexml）
 pics [i] <  -  readPicture（filexml）
} 
 xpos<  -  -0.20 + x / npoints 
 my_g<  -  do.call（grobTree，Map（symbolsGrob，pics，x = xpos，y = 0））
 qplot（x，y，geom = c（line，point））+ annotation_custom（my_g，xmin = -Inf，xmax = Inf，ymax = 0.4，ymin = 0.3）
  

解决方案

这是您尝试的构建方式。

（我在 rexp set.seed（1） $ c>函数并调整图形以增加边缘厚度： plot（graph.ring（i），vertex.label = NA，edge.width = 30））

从上面继续：

 ＃初始绘图
p <  -  qplot（x，y，geom = c（line，point））
 
＃使用图获得标签的x位置
g < - ggplotGrob（p）
 xpos < -  g $ grobs [[grep（axis-b，g $ layout $ name）]] $ children [[2]] $ grobs [[2]] $ x 
 
＃创建grob树
 my_g<  -  do.call（grobTree，Map（symbolsGrob，pics，x = xpos，y = 0.5））
 
 ＃制作第二张图
＃为图片添加额外空间
＃删除x轴细节
＃注意注释低于y轴下限
＃通过检查选择限制
 p2 < -  p + annotation_custom（my_g，xmin = -Inf，xmax = Inf，ymax = -0.1，ymin = -0.2）+ 
 theme（axis.text.x = element_blank（），
 plot.margin = unit（c（1,1,2,1），cm））
 
＃删除裁剪，使图像呈现
g<  -  ggplotGrob（p2）
g $ layout $ clip [g $ layout $ name ==panel]<  - off
 $ b $ grid.newpage（）
 grid.draw（g）
  

$ b

(This is an extension to the question Icons as x-axis labels in R. It looks for a ggplot solution instead of a plot one. Since ggplot is based on grid and plot is based on graphics, the approach is very different)

I would like to plot something like this (from this paper) where icons, in this case small graphs, are used as tick labels.

The accepted answer from the original question is:

library(igraph)    
npoints <- 15
y <- rexp(npoints)
x <- seq(npoints)

# reserve some extra space on bottom margin (outer margin)
par(oma=c(3,0,0,0))
plot(y, xlab=NA, xaxt='n',  pch=15, cex=2, col="red")
lines(y, col='red', lwd=2)

# graph numbers 
x = 1:npoints   

# add offset to first graph for centering
x[1] = x[1] + 0.4
x1 = grconvertX(x=x-0.4, from = 'user', to = 'ndc')
x2 = grconvertX(x=x+0.4, from = 'user', to = 'ndc')

for(i in x){  

  print(paste(i, x1[i], x2[i], sep='; '))

  # remove plot margins (mar) around igraphs, so they appear bigger and 
  # `figure margins too large' error is avoided
  par(fig=c(x1[i],x2[i],0,0.2), new=TRUE, mar=c(0,0,0,0))
  plot(graph.ring(i), vertex.label=NA)  
}

How can we make a similar plot using ggplot?

This is the closer I get:

library(ggplot2)
library(grImport)
library(igraph)

npoints <- 5
y <- rexp(npoints)
x <- seq(npoints)

pics  <- vector(mode="list", length=npoints)
for(i in 1:npoints){
  fileps <- paste0("motif",i,".ps")
  filexml <- paste0("motif",i,".xml")

  # Postscript file
  postscript(file = fileps, fonts=c("serif", "Palatino"))
  plot(graph.ring(i), vertex.label.family="serif", edge.label.family="Palatino")
  dev.off()

  # Convert to xml accessible for symbolsGrob
  PostScriptTrace(fileps, filexml)
  pics[i] <- readPicture(filexml)
}
xpos <- -0.20+x/npoints
my_g <- do.call("grobTree", Map(symbolsGrob, pics, x=xpos, y=0))
qplot(x, y, geom = c("line", "point")) + annotation_custom(my_g, xmin=-Inf, xmax=Inf, ymax=0.4, ymin=0.3)

解决方案

This builds of your attempt.

(I used set.seed(1) before the rexp function and also tweaked the graph to increase the edge thickness: plot(graph.ring(i), vertex.label=NA, edge.width=30))

Continuing from above:

# Initial plot
p <- qplot(x, y, geom = c("line", "point")) 

# Use the plot to get the x-positions of the labels
g <- ggplotGrob(p)    
xpos <- g$grobs[[grep("axis-b", g$layout$name)]]$children[[2]]$grobs[[2]]$x

# Create grob tree 
my_g <- do.call("grobTree", Map(symbolsGrob, pics, x=xpos, y=0.5))

# Make second plot
# Add extra space under the plot for the images 
# Remove x-axis details
# Note the annotation is below the lower y-axis limit
# The limits were selected by inspection
p2 <- p + annotation_custom(my_g, xmin=-Inf, xmax=Inf, ymax=-0.1, ymin=-0.2) + 
            theme(axis.text.x = element_blank(), 
                  plot.margin=unit(c(1,1,2,1), "cm"))

# remove clipping so the images render
g <- ggplotGrob(p2)
g$layout$clip[g$layout$name=="panel"] <- "off"

grid.newpage()
grid.draw(g)

There will be a way to do this properly / in line with the lovely previous solution, but anyways ...

这篇关于图标作为R-ggplot2中的x轴标签的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！