了解ggplot2中的带宽平滑 [英] Understanding bandwidth smoothing in ggplot2

问题描述

realdata = https://www.dropbox.com/s/pc5tp2lfhafgaiy/realdata .txt

simulation = https://www.dropbox.com/s/5ep95808xg7bon3/simulation.txt

使用带宽= 1.5的数据的密度图给出我有以下情节：

  prealdata = scan（realdata.txt）
 simulation = scan（simulation。 （密度（log10（模拟），bw = 1.5），lty = 2）
图（密度（log10（realdata），bw = 1.5））
行c $ c> 

但是使用ggplot2绘制相同的数据，带宽参数（adjust）似乎工作方式不同。为什么？

  vec1 = data.frame（x = log10（realdata））
 vec2 = data.frame（x = log10（模拟））
 require（ggplot2）
 ggplot（）+ 
 geom_density（aes（x = x，linetype =real data），data = vec1，adjust = 1.5） + 
 geom_density（aes（x = x，linetype =simulation），data = vec2，adjust = 1.5）+ 
 scale_linetype_manual（name =data，values = c（real data= solid，simulation=dashed））
  

关于如何更好地平滑这些数据的建议也是非常欢迎！

解决方案

adjust = 不是与 bw = 相同。 （密度（log10（realdata），bw = 1.5））
lines（density（log10） （模拟），bw = 1.5），lty = 2）

c $ c> ggplot

出于任何原因， ggplot 不允许您指定 bw = 参数。默认情况下， density 使用 bw.nrd0（），所以当您使用基本图形更改此图时，使用 ggplot 更改此值。但是使用的是 adjust * bw 。因此，由于我们知道如何计算默认 bw ，我们可以重新计算 adjust = 以使用相同的值。 / b>

  #helper函数
 bw <-function（b，x）{b / bw.nrd0（x）} 
 
 require（ggplot2）
 ggplot（）+ 
 geom_density（aes（x = x，linetype =real data），data = vec1，adjust = bw（1.5，vec1 $ x））+ 
 geom_density（aes（x = x，linetype =simulation），data = vec2，adjust = bw（1.5，vec2 $ x））+ 
 scale_linetype_manual（name =data ，
 values = c（real data=solid，simulation=dashed））
  

结果是

这与基本图形绘图相同。

realdata = https://www.dropbox.com/s/pc5tp2lfhafgaiy/realdata.txt

simulation = https://www.dropbox.com/s/5ep95808xg7bon3/simulation.txt

A density plot of this data using bandwidth=1.5 gives me the following plot:

prealdata = scan("realdata.txt")
simulation = scan("simulation.txt")
plot(density(log10(realdata), bw=1.5))
lines(density(log10(simulation), bw=1.5), lty=2)

But using ggplot2 to plot the same data, bandwidth argument (adjust) seems to be working differently. Why?

vec1 = data.frame(x=log10(realdata))
vec2 = data.frame(x=log10(simulation))
require(ggplot2)
ggplot() +
geom_density(aes(x=x, linetype="real data"), data=vec1, adjust=1.5) +
geom_density(aes(x=x, linetype="simulation"), data=vec2, adjust=1.5) +
scale_linetype_manual(name="data", values=c("real data"="solid", "simulation"="dashed"))

Suggestions on how to better smooth this data are also very welcome!

解决方案

adjust= is not the same as bw=. When you plot

plot(density(log10(realdata), bw=1.5))
lines(density(log10(simulation), bw=1.5), lty=2)

you get the same thing as ggplot

For whatever reason, ggplot does not allow you to specify a bw= parameter. By default, density uses bw.nrd0() so while you changed this for the plot using base graphics, you cannot change this value using ggplot. But what get's used is adjust*bw. So since we know how to calculate the default bw, we can recalculate adjust= to give use the same value.

#helper function
bw<-function(b, x) { b/bw.nrd0(x) }

require(ggplot2)
ggplot() +
geom_density(aes(x=x, linetype="real data"), data=vec1, adjust=bw(1.5, vec1$x)) +
geom_density(aes(x=x, linetype="simulation"), data=vec2, adjust=bw(1.5, vec2$x)) +
scale_linetype_manual(name="data", 
    values=c("real data"="solid", "simulation"="dashed"))

And that results in

which is the same as the base graphics plot.

这篇关于了解ggplot2中的带宽平滑的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！