当在函数或S4中使用时，ggplot2会产生错误 [英] ggplot2 produces error when used in function or S4

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本文介绍了当在函数或S4中使用时，ggplot2会产生错误的处理方法，对大家解决问题具有一定的参考价值，需要的朋友们下面随着小编来一起学习吧！

问题描述

在函数或S4中使用ggplot2时，我遇到了困难时期。这里是我的代码没有函数：

$ pre $ $ $ c $ rm（list = ls（all = TRUE））
library（nlme）
数据（燕麦）
数据< - 燕麦

数据$ Env< - 因子（数据$块）
数据$ Gen< - 因子$ Variety）

数据$ Gen < - 因子（数据$ Gen）
数据$ Env < - 因子（数据$ Env）
Gen.No < - 长度（水平（数据$ Gen））
Env.No < - 长度（水平（数据$ Env））
Min.GE < - min（Gen.No，Env.No）

GGE.ANOVA< - AOV（收率〜包膜+ ENV：根，数据=数据）
GGE.Effs< - model.tables（GGE.ANOVA，类型= 效果，cterms =Env：Gen）$ tables $Env：Gen
SVD <-svd（GGE.Effs）
D < - diag（SVD $ d [1：Min.GE]） （1）至（b）中的每一个，其中，每一个元素都包含一个或多个元素。 GE）
Ecolnames< - 糊（ PC，Ecolnumb，九月= ）
dimnames（E）< - 列表（水平（数据$ ENV），Ecolnames）
dimnames （G）< - 列表（等级（数据$ Gen），Ecolnames）
SVD.Values <-SVD $ d
PC.No <-c（1：长度（SVD.Values） ）
PC.SS&l t; - SVD.Values ^ 2
PC.Percent.SS< - PC.SS / sum（PC.SS）* 100

library（grDevices）
con。 hull.pos< - chull（G）
con.hull< - rbind（G [con.hull.pos，]，G [con.hull.pos [1]，]）

getPerpPoints< - 函数（mat）{
x < - mat [，1]
y < - mat [，2]
out < - matrix（0，nrow = 2，ncol = 2）
if（diff（x）== 0）{
xnew < - x [1]
}
else {
xnew < ; - （diff（y）/ diff（x））* x [1] -y [1]
xnew <-xnew /（diff（y）/ diff（x）+ diff（x）/ diff （y））
}
y new < - - （diff（x）/ diff（y））* xnew
out [2，] < - c（xnew，ynew）$ （1）（nrow（con.hull）-1），
函数（i）getPerpPoints（con（b））返回（out = out）
}
tmp< .hull [i：（i + 1），]）[2，]））
tmp< - as.data.frame（tmp）


library（ggplot2 ）
r < - 0.08
p < - ggplot（data = as.data.frame（G），aes（PC1，PC2））+ geom_point（）+ theme_bw（）
p< - p + geom_text（aes（label = row.names（G）），size = 3，vjust = 1.25，colou （数据= as.data.frame（con.hull），aes（PC1，PC2））
p <-p + geom_segment（data = as.data.frame（E），aes（xend = PC1，yend = PC2），x = 0，y = 0，
color =black，arrow =箭头（angle = 25，length = unit （data = as.data.frame（E），aes（label = row.names（E）），
size = 3， （x = sprintf（PC1（％.1f %%）），PC.Percent.SS [1]），$ b（颜色=黑色）
p < - p + labs $ by = sprintf（PC2（％.1f %%），PC.Percent.SS [2]）））
p < - p + opts（axis.title.x = theme_text（size = 10， ），$ b $ p

p <-p + xlim（范围（c（E [，1]，G [，1]））+范围（c（E [，1]，G [，1]））* r）
p < - p + ylim （范围（c（E [，2]，G [，2]））+范围（c（E [，2]，G [，2]））* r）
p <-p + geom_segment data = as.data.frame（tmp），aes（xend = tmp $ V1，yend = tmp $ V2），x = 0，y = 0）
print（p）

，输出是

但是当我在下面的函数中使用相同的代码时，我得到错误

  rm（list = ls（all = TRUE））
 PlotGGE < -  function（Response，Env ，Gen，Data）{
 
 Data $ Env < - 因子（数据$ Env）
数据$ Gen < - 因子（数据$ Gen）
 Gen.No < ;  - 长度（等级（数据$ Env））
 Min.GE < -  min（Gen.No，Env.No） - 长度（等级（数据$ Gen））
 Env.No < - 长度
 
 GGE.ANOVA< -aov（yield_Env + Env：Gen，data = Data）
 GGE.Effs<  -  model.tables（GGE.ANOVA，type =effects ，cterms =Env：Gen）$ tables $Env：Gen
 SVD <-svd（GGE.Effs）
 D < -  diag（SVD $ d [1： GE]）
 E <-SVD $ u％*％sqrt（D）
 G <-SVD $ v％*％sqrt（D）
 Ecolnumb <-c（1 ：Min.GE）
 Ecolnames<  -  paste（PC，Ecolnumb，sep =）
 dimnames（E）< -  list（levels（Data $ Env），Ecolnames）
 dimnames（G）< - 列表（等级（数据$ Gen），Ecolnames）
 SVD.Values <-SVD $ d 
 PC.No <-c（1：长度（SVD.Values））
 PC.SS<  -  SVD.Values ^ 2 
 PC.Percent.SS<  -  PC.SS / sum（PC.SS）* 100 
 
 library（grDevices）
 con.hull.pos < -  chull（G）
 con.hull <-rbind（G [con.hull.pos，]，G [con.hull.pos [1]，]）
 
 getPerpPoints<  -  function（mat）{
x<  -  mat [，1] 
y<  -  mat [，2] 
 out<  - 矩阵（0 ，nrow = 2，ncol = 2）
 if（diff（x）== 0）{
 xnew < -  x [1] 
} 
 else {
 xnew < - （diff（y）/ diff（x））* x [1] -y [1] 
 xnew <-xnew /（diff（y）/ diff（x）+ diff（x ）/ diff（y））
} 
 y new < -   - （diff（x）/ diff（y））* xnew 
 out [2，] < （1）（nrow（con.hull）-1），
函数（i）（b） getPerpPoints（con.hull [i：（i + 1），]）[2，]））
 tmp<  -  as.data.frame（tmp）
 
 
库（ggplot2）
r < -  0.08 
p < -  ggplot（data = as.data.frame（G），aes（PC1， PC2））+ geom_point（）+ theme_bw（）
p <-p + geom_text（aes（label = row.names（G）），size = 3，vjust = 1.25，color =black）$ b （数据= as.data.frame（con.hull），aes（PC1，PC2））
p <-p + geom_segment（data = as.data.frame（E） ，aes（xend = PC1，yend = PC2），x = 0，y = 0，
 color =black，arrow =箭头（angle = 25，length = unit（0.25，cm））） 
p < -  p + geom_text（data = as.data.frame（E），aes（label = row.names（E）），
 size = 3，vjust = 1.35，color =black ）
p < -  p + labs（list（x = sprintf（PC1（％.1f %%），PC.Percent.SS [1]），
y = sprintf（PC2 ％1f %%），PC.Percent.SS [2]）））
p <-p + opts（axis.title.x = theme_text（size = 10，hjust = 0.54，vjust = 0） ）
p < -  p + xlim（range.title.y = theme_text（size = 10，angle = 90，vjust = 0.25））
p <-p + （c [E [，1]，G [，1]））+范围（c（E [，1]，G [，1]））* r）
p <-p + 2]，G [，2]））+范围（c（E [，2]，G [ ，2）]）* r）
p <-p + geom_segment（data = as.data.frame（tmp），aes（xend = tmp $ V1，yend = tmp $ V2），x = 0，y = 0）
 print（p）
} 
 
 library（nlme）
 data（燕麦）
$ b

编辑 

  Oats $ Env <  - 因子（Oats $ Block）
 Oats $ Gen-因子（Oats $ Variety）
 PlotGGE（Response = yield，Env = Env，Gen = Gen，Data = Oats）

错误是 

 在row.names中出错（G）：找不到对象'G'

任何帮助和/或评论将高度赞赏。

帧。
此外，请注意，您不应该在$ aes 中有一个$。



这应该工作： / b> 

  G1 < -  data.frame（G，label = rownames（G））
 E1 < -  data。帧（E，label = rownames（E））
 
 library（ggplot2）
r < -  0.08 
p < -  ggplot（data = G1，aes（PC1，PC2） ）+ geom_point（）+ theme_bw（）
p <-p + geom_text（aes（label = label），size = 3，vjust = 1.25，color =black）
p <-p + geom_path（数据= as.data.frame（con.hull），AES（PC1，PC2））$ b $碱基<  -  p + geom_segment（数据= as.data.frame（E），AES（xend的= PC1， 
x = 0，y = 0，color =black，
 arrow =箭头（angle = 25，length = unit（0.25，cm）））
p <  -  p + geom_text（data = E1，aes（label = label），
 size = 3，vjust = 1.35，color =black）
p < -  p + labs = sprintf（PC1（％.1f %%），PC.Percent.SS [1]），
y = sprintf（PC2（％.1f %%），PC.Percent.SS [2] ）））
p < -  p + opts（axis.title.x = theme _text（size = 10，hjust = 0.54，vjust = 0））
p <-p + opts（axis.title.y = theme_text（size = 10，angle = 90，vjust = 0.25））
p <-p + xlim（范围（c（E [，1]，G [，1]））+范围（c（E [，1]，G [，1]））* r）
p < -p + ylim（范围（c（E [，2]，G [，2]））+范围（c（E [，2]，G [，2]））* r）
p< ;  -  p + geom_segment（data = tmp，aes（xend = V1，yend = V2），x = 0，y = 0）
 print（p）
  pre> 
I've tough time with ggplot2 when used in function or S4. Here is my code without function:
rm(list=ls(all=TRUE))
library(nlme)
data(Oats)
Data <- Oats

Data$Env <- factor(Data$Block)
Data$Gen  <- factor(Data$Variety)

Data$Gen <- factor(Data$Gen)
Data$Env <- factor(Data$Env)
Gen.No <- length(levels(Data$Gen))
Env.No <- length(levels(Data$Env))
Min.G.E <- min(Gen.No, Env.No)

GGE.ANOVA <- aov(yield ~ Env + Env:Gen, data = Data)
GGE.Effs <- model.tables(GGE.ANOVA, type = "effects", cterms = "Env:Gen")$tables$"Env:Gen"
SVD <- svd(GGE.Effs)
D <- diag(SVD$d[1:Min.G.E])
E <- SVD$u%*%sqrt(D)
G <- SVD$v%*%sqrt(D)
Ecolnumb <- c(1:Min.G.E)
Ecolnames <- paste("PC", Ecolnumb, sep="")
dimnames(E) <- list(levels(Data$Env), Ecolnames)
dimnames(G) <- list(levels(Data$Gen), Ecolnames)
SVD.Values <- SVD$d
PC.No <- c(1:length(SVD.Values))
PC.SS <- SVD.Values^2
PC.Percent.SS <- PC.SS/sum(PC.SS)*100

library(grDevices)
con.hull.pos <- chull(G)
con.hull <- rbind(G[con.hull.pos, ], G[con.hull.pos[1], ])

getPerpPoints <- function(mat) {
x <- mat[,1]
y <- mat[,2]
out <- matrix(0, nrow = 2, ncol = 2)
if(diff(x) == 0) {
xnew <- x[1]
  }
  else {
xnew <- (diff(y) / diff(x)) * x[1] - y[1]
xnew <- xnew / (diff(y) / diff(x) + diff(x) / diff(y))
  }
  ynew <- -(diff(x) / diff(y)) * xnew
  out[2,] <- c(xnew, ynew)
  return(out = out)
    }
tmp <- t(sapply(1:(nrow(con.hull)-1),
     function(i) getPerpPoints(con.hull[i:(i+1),])[2, ]))
tmp <- as.data.frame(tmp)


library(ggplot2)
r <- 0.08
p <- ggplot(data = as.data.frame(G), aes(PC1, PC2)) + geom_point() + theme_bw()
p <- p + geom_text(aes(label = row.names(G)), size = 3, vjust = 1.25, colour = "black")
p <- p + geom_path(data = as.data.frame(con.hull), aes(PC1, PC2))
p <- p + geom_segment(data = as.data.frame(E), aes(xend = PC1, yend = PC2), x = 0, y = 0,
                  colour = "black", arrow = arrow(angle = 25, length = unit(0.25, "cm")))
p <- p + geom_text(data = as.data.frame(E), aes(label = row.names(E)),
               size = 3, vjust = 1.35, colour = "black")
p <- p + labs(list(x = sprintf("PC1 (%.1f%%)", PC.Percent.SS[1]),
               y = sprintf("PC2 (%.1f%%)", PC.Percent.SS[2])))
p <- p  + opts(axis.title.x = theme_text(size = 10, hjust = 0.54, vjust = 0))
p <- p  + opts(axis.title.y = theme_text(size = 10, angle = 90,  vjust = 0.25))
p <- p + xlim(range(c(E[ ,1], G[ ,1])) + range(c(E[ ,1], G[ ,1]))*r)
p <- p + ylim(range(c(E[ ,2], G[ ,2])) + range(c(E[ ,2], G[ ,2]))*r)
p <- p + geom_segment(data = as.data.frame(tmp), aes(xend = tmp$V1, yend = tmp$V2), x = 0, y = 0)
print(p)

and the output is 




But when I use the same code in the following function, I got error
rm(list=ls(all=TRUE))
PlotGGE <- function(Response, Env, Gen, Data) {

Data$Env <- factor(Data$Env)
Data$Gen  <- factor(Data$Gen)
Gen.No <- length(levels(Data$Gen))
Env.No <- length(levels(Data$Env))
Min.G.E <- min(Gen.No, Env.No)

GGE.ANOVA <- aov(yield ~ Env + Env:Gen, data = Data)
GGE.Effs <- model.tables(GGE.ANOVA, type = "effects", cterms = "Env:Gen")$tables$"Env:Gen"
SVD <- svd(GGE.Effs)
D <- diag(SVD$d[1:Min.G.E])
E <- SVD$u%*%sqrt(D)
G <- SVD$v%*%sqrt(D)
Ecolnumb <- c(1:Min.G.E)
Ecolnames <- paste("PC", Ecolnumb, sep="")
dimnames(E) <- list(levels(Data$Env), Ecolnames)
dimnames(G) <- list(levels(Data$Gen), Ecolnames)
SVD.Values <- SVD$d
PC.No <- c(1:length(SVD.Values))
PC.SS <- SVD.Values^2
PC.Percent.SS <- PC.SS/sum(PC.SS)*100

library(grDevices)
con.hull.pos <- chull(G)
con.hull <- rbind(G[con.hull.pos, ], G[con.hull.pos[1], ])

getPerpPoints <- function(mat) {
x <- mat[,1]
y <- mat[,2]
out <- matrix(0, nrow = 2, ncol = 2)
if(diff(x) == 0) {
xnew <- x[1]
  }
  else {
xnew <- (diff(y) / diff(x)) * x[1] - y[1]
xnew <- xnew / (diff(y) / diff(x) + diff(x) / diff(y))
  }
  ynew <- -(diff(x) / diff(y)) * xnew
  out[2,] <- c(xnew, ynew)
  return(out = out)
    }
tmp <- t(sapply(1:(nrow(con.hull)-1),
     function(i) getPerpPoints(con.hull[i:(i+1),])[2, ]))
tmp <- as.data.frame(tmp)


library(ggplot2)
r <- 0.08
p <- ggplot(data = as.data.frame(G), aes(PC1, PC2)) + geom_point() + theme_bw()
p <- p + geom_text(aes(label = row.names(G)), size = 3, vjust = 1.25, colour = "black")
p <- p + geom_path(data = as.data.frame(con.hull), aes(PC1, PC2))
p <- p + geom_segment(data = as.data.frame(E), aes(xend = PC1, yend = PC2), x = 0, y = 0,
                  colour = "black", arrow = arrow(angle = 25, length = unit(0.25, "cm")))
p <- p + geom_text(data = as.data.frame(E), aes(label = row.names(E)),
               size = 3, vjust = 1.35, colour = "black")
p <- p + labs(list(x = sprintf("PC1 (%.1f%%)", PC.Percent.SS[1]),
               y = sprintf("PC2 (%.1f%%)", PC.Percent.SS[2])))
p <- p  + opts(axis.title.x = theme_text(size = 10, hjust = 0.54, vjust = 0))
p <- p  + opts(axis.title.y = theme_text(size = 10, angle = 90,  vjust = 0.25))
p <- p + xlim(range(c(E[ ,1], G[ ,1])) + range(c(E[ ,1], G[ ,1]))*r)
p <- p + ylim(range(c(E[ ,2], G[ ,2])) + range(c(E[ ,2], G[ ,2]))*r)
p <- p + geom_segment(data = as.data.frame(tmp), aes(xend = tmp$V1, yend = tmp$V2), x = 0, y = 0)
print(p)
}

library(nlme)
data(Oats)

EDIT
Oats$Env <- factor(Oats$Block)
Oats$Gen <- factor(Oats$Variety)
PlotGGE(Response = yield, Env = Env, Gen = Gen, Data = Oats)

The error is 
Error in row.names(G) : object 'G' not found

Any help and/or comments will be highly appreciated. Thanks in advance.
 解决方案 
Just add a label columns to the data frames. 
Also, note that you should never have a $ inside aes.



This should work:
G1 <- data.frame(G, label=rownames(G))
E1 <- data.frame(E, label=rownames(E))

library(ggplot2)
r <- 0.08
p <- ggplot(data=G1, aes(PC1, PC2)) + geom_point() + theme_bw()
p <- p + geom_text(aes(label=label), size=3, vjust=1.25, colour="black")
p <- p + geom_path(data=as.data.frame(con.hull), aes(PC1, PC2))
p <- p + geom_segment(data=as.data.frame(E), aes(xend = PC1, yend=PC2),
                      x=0, y=0, colour="black",
                      arrow=arrow(angle=25, length=unit(0.25, "cm")))
p <- p + geom_text(data=E1, aes(label=label),
                   size=3, vjust=1.35, colour="black")
p <- p + labs(list(x=sprintf("PC1 (%.1f%%)", PC.Percent.SS[1]),
                   y=sprintf("PC2 (%.1f%%)", PC.Percent.SS[2])))
p <- p  + opts(axis.title.x=theme_text(size=10, hjust=0.54, vjust=0))
p <- p  + opts(axis.title.y=theme_text(size=10, angle=90, vjust=0.25))
p <- p + xlim(range(c(E[ ,1], G[ ,1])) + range(c(E[ ,1], G[ ,1]))*r)
p <- p + ylim(range(c(E[ ,2], G[ ,2])) + range(c(E[ ,2], G[ ,2]))*r)
p <- p + geom_segment(data=tmp, aes(xend=V1, yend=V2), x=0, y=0)
print(p)



                        
这篇关于当在函数或S4中使用时，ggplot2会产生错误的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！
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