将lmer的预测值绘制为单个绘图 [英] Plotting predicted values from lmer as a single plot

问题描述

我正在绘制多级模型的预测值（使用lme4软件包）。我可以使用 Effect（）函数成功执行此操作。如下图所示：

  library（lme4）
库（效果）
 m1 = lmer（价格〜深度*切割+（1 |切割），钻石）
 plot（效果（c（cut，depth），m1））
  

但是，我想将这些数据作为一个传说的单一情节。使用ggplots，我可以做到这一点;但是，我失去了错误栏，如下所示：

  ggplot（data.frame（Effect（c（cut， 深度），m1）），
 aes（x = depth，y = fit，color = cut，group = cut））+ 
 geom_line（）
  

How我可以重新创建第一个绘图（带有误差线）作为单个绘图吗？

解决方案

（$）

$ $ $ $




$ b $ lmer（价格〜深度*切割+（1 |切割），钻石）

顺便说一下，请注意这个特定的模型没有意义（因素包括固定和随机项）！

  ee<  -  Effect（c（cut， depth），m1）
  

关键是使用 as.data。 frame（）将效果对象变成有用的东西...

$ p $ theme_set（theme_bw（） ）
ggplot（as.data.frame（ee），
aes（depth，fit，color = cut，fill = cut））+
geom_line（）+
##颜色= NA抑制色带的边缘
geom_ribbon（color = NA，alpha = 0.1，
aes（ymin = lower，ymax = upper））+
## data
geom_rug（data = ee $ data，aes（y = NULL），sides =b）


I am working on graphing the predicted values from a multilevel model (using the lme4 package). I am able to do this successfully using the Effect() function. As shown below:

library(lme4)
library(effects)
m1=lmer(price~depth*cut+(1|cut),diamonds)
plot(Effect(c("cut","depth"),m1))

But, I want to present these same data as a single plot with a legend. Using ggplots, I can do this; but, I lose the error bars, as shown below:

ggplot(data.frame(Effect(c("cut","depth"),m1)),
       aes(x=depth,y=fit,color=cut,group=cut))+
  geom_line()

How can I recreate the first plot (with error bars) as a single plot?

解决方案

How about:

library(effects)
library(lme4)
library(ggplot2)
m1 <- lmer(price~depth*cut+(1|cut),diamonds)

By the way, note that this particular model makes no sense (factor included both as fixed and random term)! I hope you're only using it as an illustration ...

ee <- Effect(c("cut","depth"),m1) 

The key is using as.data.frame() to turn the effects object into something useful ...

theme_set(theme_bw())
ggplot(as.data.frame(ee),
       aes(depth,fit,colour=cut,fill=cut))+
    geom_line()+
     ## colour=NA suppresses edges of the ribbon
    geom_ribbon(colour=NA,alpha=0.1,
                            aes(ymin=lower,ymax=upper))+
     ## add rug plot based on original data
        geom_rug(data=ee$data,aes(y=NULL),sides="b")

这篇关于将lmer的预测值绘制为单个绘图的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！