使用ggplot2与错误条堆叠的barplot [英] Stacked barplot with errorbars using ggplot2

问题描述

我试图用ggplot2创建一个带有错误条*的堆积条形图，类似于下图：

我使用了下面的代码：

<$ p （基底= gl（6,2,12，标签=字母[1：6]），
depth = gl（2,1,12 ，标签= c（surf，deep）），
mean = 10 * runif（12），
err = runif（12））
p < - ggplot（df， aes（x = depth，y = mean，fill = substrate））+ geom_bar（stat =identity）+ coord_flip（）
p + geom_errorbar（aes（x = depth，ymin = mean-err，ymax = mean + err））

这给了我：

它看起来像位于均值位置的误差线的中心而不是平均值+先前底物的手段。也就是说，错误栏a的中心应该是a的平均值，错误栏b的中心应该位于平均值a +平均值b等处。

有谁知道如何在ggplot2中实现这一点？

*我意识到有理想的理由不以这种方式显示数据 - 但我们并不总是自己决定如何来展示我们的数据！

解决方案

我想你可以用 geom_segment ，但你的例子只有一个方向的酒吧，这似乎更聪明。所以我用 geom_segment 来破解一些东西：

  df < - 数据（底部= gl（6,2,12，标签=字母[1：6]），
 depth = gl（2,1,12，labels = c（surf，deep）） ，
 mean = 10 * runif（12），
 err = runif（12））
 df <-ddply（df，。（depth），transform，ystart = cumsum（mean） ，yend = cumsum（mean）+ err）
p <-ggplot（df，aes（x = depth，y = mean，fill = substrate））+ 
 geom_bar（stat =identity）
p + geom_segment（aes（xend = depth，y = ystart，yend = yend））+ 
 geom_point（aes（x = depth，y = yend），shape =|，show_guide = FALSE）+ 
 coord_flip（）
  

I'm trying to create a stacked bar graph with errorbars* using ggplot2, similar to the plot below:

I've used the following code:

df <- data.frame(substrate = gl(6, 2, 12, labels=letters[1:6]),
                 depth = gl(2, 1, 12, labels=c("surf", "deep")),
                 mean = 10 * runif(12),
                 err = runif(12))
p <- ggplot(df, aes(x=depth, y=mean, fill=substrate)) + geom_bar(stat="identity") + coord_flip()
p + geom_errorbar(aes(x=depth, ymin=mean-err, ymax=mean+err))

Which gives me this:

It looks like the center of the errorbars at the position of mean instead of mean + the means of the "previous" substrates. That is, the center of errorbar a should be at the mean of a, the center of errorbar b should be at mean a + mean b, etc.

Does anyone know how to make this happen in ggplot2?

*I realize there are excellent theoretical reasons not to display data this way - but we don't always get to decide for ourselves how to present our data!

解决方案

I suppose you could do this with geom_segment, but your example only has the bars going in one direction, which seems smarter. So I hacked something together with geom_segment:

df <- data.frame(substrate = gl(6, 2, 12, labels=letters[1:6]),
                 depth = gl(2, 1, 12, labels=c("surf", "deep")),
                 mean = 10 * runif(12),
                 err = runif(12))
df <- ddply(df,.(depth),transform,ystart = cumsum(mean),yend = cumsum(mean) + err)
p <- ggplot(df, aes(x=depth, y=mean, fill=substrate)) + 
        geom_bar(stat="identity")
p + geom_segment(aes(xend = depth,y = ystart,yend = yend)) + 
        geom_point(aes(x = depth,y = yend),shape = "|",show_guide = FALSE) +
        coord_flip()

这篇关于使用ggplot2与错误条堆叠的barplot的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！