R可视化ggplot中的cca图， [英] R visualize cca plot in ggplot,

问题描述

我在ggplot中看到一个cca图的问题。
我有一个包含4个物种（PF，IF，MM，IM）和3个环境变量的数据集，这些变量在8个月期间沿着4个站点获得，
我想查看哪些物种以及哪些月份/站点？哪些环境变量是重要的，
我想在ggplot的一个很好的cca图中看到它。我一直在寻找一些R代码，但它看起来很新，以可视化
这个。

这是我的数据：

我想有这样的图表：

解决方案

这相对容易（ ^ 首先，您需要安装 devtools ，然后使用它来安装 ggvegan 包。

来自github的软件包：

  install.packages（devtools）
 devtools :: install_github（gavinsimpson / ggvegan）
  

接下来，做一个CCA，在这里我使用<$ c $图书馆（素食）
图书馆（ggvegan ）
data（varespec，varechem）
vare.cca< - cca（vare spec，varechem）

然后，要生成一个ggplot版本的CCA triplot，请使用：

  autoplot（vare.cca）
  

这给出：

如果你只是想要数据以ggplot所需的形式返回，使用 fortify（）方法：

  fdat < -  fortify（vare.cca）
头（fdat）
 
>头（fdat）
 Dim1 Dim2得分标签
 1 0.07534683 -0.93580864种Callvulg 
 2 -0.18133963 0.07610159种Empenigr 
 3 -1.05354930 -0.06026078种Rhodtome 
 4 -1.27742838 0.30758571种类Vaccmyrt 
 5 -0.15256316 0.12053851种类Vaccviti 
 6 0.24295573 0.26432438物种Pinusylv 
  

由 autoplot（）返回的对象是一个ggplot对象，因此您可以使用该系统添加到图中：

 plt < -  autoplot（vare.cca）
 class（plt）
 str（plt，max = 2）
 
> class（plt）
 [1]ggggplot
> str（plt，max = 2）
 9 
 $ data：list（）
 ..- attr（*，class）= chr豁免的列表
 $ layers：3 
列表$：类'proto'，'environment'< environment：0xa1847d8> 
 .. $：类'proto'，'environment'< environment：0x98ef158> 
 .. $：类'proto'，'environment'< environment：0xa0d1cf8> 
 $ scales：引用类'Scales'[包'ggplot2']，带有1个字段
 ..和21个方法，其中9个可能相关：
 .. add，clone，find， get_scales，has_scale，initialize，input，n，
 .. non_position_scales 
 $ mapping：list（）
 $ theme：list（）
 $ coordinates：2 
 .. $ limits：2 
 ... $ ratio：num 1 
 ..- attr（*，class）= chr [1：3]fixedcartesiancoord 
 $ facet：1 
列表$ shrink：logi TRUE 
 ..- attr（*，class）= chr [1：2]nullfacet 
 $ plot_env：< environment：R_GlobalEnv> 
 $ labels：7 
列表$ y：chrCCA2
 .. $ x：chrCCA1
 .. $ shape：chrScore
 .. $ color：chrScore
 .. $ xend：chrDim1
 .. $ yend：chrDim2
 .. $ label：chrLabel 
  -  attr（*，class）= chr [1：2]ggggplot
  

^：取决于您需要多少定制...

I've a problem with visualising a cca plot in ggplot. I've a dataset with 4 species(PF,IF,MM,IM) and 3 environmental variables taken during 8 months along 4 stations, I want to see for which species and which months/stations? which environmental variable(s) is/are important and I want to visualize this in a nice cca plot in ggplot. I've been searching for some R code but it seems quite new to visualize this..

This is my data:

I would like to have a graph like this:

解决方案

This is relatively easy (^) with the ggvegan package.

First you need to install devtools and then use that to install the ggvegan package from github:

install.packages("devtools")
devtools::install_github("gavinsimpson/ggvegan")

Next, do a CCA, here I'm using the example from ?cca

library("vegan")
library("ggvegan")
data(varespec, varechem)
vare.cca <- cca(varespec, varechem)

Then, to generate a ggplot version of the CCA triplot, use:

autoplot(vare.cca)

This gives:

If you just want the data back in a ggplot-required form, use the fortify() method:

fdat <- fortify(vare.cca)
head(fdat)

> head(fdat)
         Dim1        Dim2   Score    Label
1  0.07534683 -0.93580864 species Callvulg
2 -0.18133963  0.07610159 species Empenigr
3 -1.05354930 -0.06026078 species Rhodtome
4 -1.27742838  0.30758571 species Vaccmyrt
5 -0.15256316  0.12053851 species Vaccviti
6  0.24295573  0.26432438 species Pinusylv

The object returned by autoplot() is a ggplot object so you can add to the plot using that system:

plt <- autoplot(vare.cca)
class(plt)
str(plt, max = 2)

> class(plt)
[1] "gg"     "ggplot"
> str(plt, max = 2)
List of 9
 $ data       : list()
  ..- attr(*, "class")= chr "waiver"
 $ layers     :List of 3
  ..$ :Classes 'proto', 'environment' <environment: 0xa1847d8> 
  ..$ :Classes 'proto', 'environment' <environment: 0x98ef158> 
  ..$ :Classes 'proto', 'environment' <environment: 0xa0d1cf8> 
 $ scales     :Reference class 'Scales' [package "ggplot2"] with 1 fields
  ..and 21 methods, of which 9 are possibly relevant:
  ..  add, clone, find, get_scales, has_scale, initialize, input, n,
  ..  non_position_scales
 $ mapping    : list()
 $ theme      : list()
 $ coordinates:List of 2
  ..$ limits:List of 2
  ..$ ratio : num 1
  ..- attr(*, "class")= chr [1:3] "fixed" "cartesian" "coord"
 $ facet      :List of 1
  ..$ shrink: logi TRUE
  ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "null" "facet"
 $ plot_env   :<environment: R_GlobalEnv> 
 $ labels     :List of 7
  ..$ y     : chr "CCA2"
  ..$ x     : chr "CCA1"
  ..$ shape : chr "Score"
  ..$ colour: chr "Score"
  ..$ xend  : chr "Dim1"
  ..$ yend  : chr "Dim2"
  ..$ label : chr "Label"
 - attr(*, "class")= chr [1:2] "gg" "ggplot"

^: Depending on how much customisation you want...

这篇关于R可视化ggplot中的cca图，的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！