如何使用所有点为每个组创建箱形图，点的颜色可以手动分配 [英] How to create box plots with all points where for each group, the color of the points can be assigned manually

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本文介绍了如何使用所有点为每个组创建箱形图，点的颜色可以手动分配的处理方法，对大家解决问题具有一定的参考价值，需要的朋友们下面随着小编来一起学习吧！

问题描述

我有一个数据框： 

 > （miR-15/16 FL，miR-15/16 FL，miR-15/16 FL，
miR- miR-15/16 FL，miR-15 / 16cKO，miR-15 / 16cKO，
miR-15 / 16cKO，miR-15 / 16cKO，miR-15 / 16cKO），
细胞/ SC / Live / CD8-，CD4 + / Foxp3-，中值，< BV421-A> ;, CD127'= c（1191L ，1325L，1089L，1154L，1147L，1735L，1441L，1455L，1560L，1623L）），
 .Names = c（基因型，Cells / SC / Live / CD8- ,, CD4 + / Foxp3-，中值，< BV421-A> ;, CD127），
 row.names = c（NA，-10L），class = c（tbl_df，tbl，data.frame））
 MFI = c（1191,1325,1089,1154,1147,1735,1441,1455,1560,1623））

，我想制作每个点绘制每个点的盒状图（miR-15/16 FL和miR-15/16 cKO），并且包含所有的

 'miR-15/16 FL'

点被关闭的黑圈和所有的

 'miR-15/16 cKO'

点打开红色圆圈。我希望能够手动调整各组的颜色和形状/大小。


$ b 

  library（ggplot2）
 ggplot（data = df2，aes（x = df2 $ Genotype，y = df2 [2]））+ 
 geom_boxplot（outlier.shape = NA）+ 
 geom_jitter（position = position_jitter（width = 0.2），shape = 1，size = 5）+ 
 ylim（0，max（df2 [2 ]）+ 10）

但我一直无法弄清楚如何调整颜色/
$ b 

 'miR-15/16 FL'

和

 'miR-15/16 cKO'$ b $ 
 
 
解决方案
  @Balter击败了我的拳头....唯一的区别是我设置了ggplot调用之外的颜色和形状参数，以便将来进行progamatic访问。
  library（ggplot2）
 
 df2 < -  data.frame（Genotype = c（'WT'，'WT'，'WT'，'WT'，'WT'，
'cKO'，'cKO'，'cKO'，'cKO'，'cKO'），
 MFI = c（1191,1325,1089,1154,1147,1735,1441,1455,1560,1623））
 
 color.groups <-c（WT =黑色，cKO = red）
 shape.groups <-c（WT = 20，cKO = 21）
 
 ggplot（data = df2，aes（x = df2 $ Genotype，y = df2 $ MFI））+ 
 geom_boxplot（outlier.shape = NA）+ 
 geom_point（position = position_jitter（width = 0.2），size = 5，
 aes（color = Genotype，shape = Genotype ））+ 
 ylim（0，max（df2 $ MFI）+10）+ 
 scale_color_manual（values = color.groups）+ 
 scale_shape_manual（values = shape.groups）
  
 
 $ h $> $ $ （基因型= c（'miR-15 / 16WT'，'miR-15 / 16WT'，'miR-15 / 16WT'，'miR-15 / 16WT'，'miR-15 / 16WT' 'miR-15 / 16WT'，'miR-15 / 16WT'，
'miR-15 / 16cKO'，'miR-15 / 16cKO'，'miR-15 / 16cKO ，'miR-15 / 16cKO'，'miR-15 / 16cKO'），
 MFI = c（1191,1325,1089,1154,1147,1735,1441,1455,1560,1623））
 $ b color.groups <-c（'miR-15/16 WT'=黑色，miR-15/16 cKO=红色）
 shape.groups< （a）（x =基因型，y = MFI））的结果显示，miR-15/16 WT'= 20，miR-15/16 cKO'= 21） + 
 geom_boxplot（outlier.shape = NA）+ 
 geom_point（position = position_jitter（width = .2），size = 5，
 aes（color = Genotype，shape = Genotype））+ 
 ylim（0，max（df2 $ MFI）+10）+ 
 scale_color_manual（values = color.groups）+ 
 scale_shape_manual（values = shape.groups）
  
   
 
 
 Update2 ：
 
 
 
  df2 < - 结构（列表（基因型= c（miR-15/16 FL，miR-15 / 16 FL，miR-15/16 FL，
 miR-15 / 16FL，miR-15 / 16FL，miR-15 / 16cKO，miR-15 / 16cKO，
miR-15 / 16cKO miR-15 / 16cKO，miR-15 / 16cKO），
细胞/ SC / Live / CD8-，CD4 + / Foxp3-，中值，，CD127' c（基因型，细胞/ SC /活/ CD8  -  ,, CD4 + / CD8 + Foxp3-，Median，< BV421-A> ;, CD127），
 row.names = c（NA，-10L），class = c（tbl_df，tbl，data.frame） ）
 colnames（df2）< -c（Genotype，MFI）
 
 color.groups <-c（black，red）
名称（color.groups）<  - 唯一（df2 $基因型）
 shape.groups <-c（20,21）
名称（shape.groups）<  - 唯一（df2 $基因型） 
 
 ggplot（data = df2，aes（x = Genotype，y = MFI））+ 
 geom_boxplot（outlier.shape = NA）+ 
 geom_point（position = position_jitter（width = 2），size = 5，
 aes（color = Genotype，shape = Genotype））+ 
 ylim（ 0，max（df2 $ MFI）+10）+ 
 scale_color_manual（values = color.groups）+ 
 scale_shape_manual（values = shape.groups）
  pre> 
 
 
  
 
I have a data frame:
> dput(df2)
structure(list(Genotype = c("miR-15/16 FL", "miR-15/16 FL", "miR-15/16 FL", 
"miR-15/16 FL", "miR-15/16 FL", "miR-15/16 cKO", "miR-15/16 cKO", 
"miR-15/16 cKO", "miR-15/16 cKO", "miR-15/16 cKO"),
`Cells/SC/Live/CD8—,, CD4+/Foxp3-,Median,<BV421-A>,CD127` = c(1191L, 1325L, 1089L, 1154L, 1147L, 1735L, 1441L, 1455L, 1560L, 1623L)),
.Names = c("Genotype", "Cells/SC/Live/CD8—,, CD4+/Foxp3-,Median,<BV421-A>,CD127"),
row.names = c(NA, -10L), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"))
MFI=c(1191,1325,1089,1154,1147,1735,1441,1455,1560,1623))

and I would like to make a boxplot with each point plotted for each group (miR-15/16 FL and miR-15/16 cKO) and have all the 
'miR-15/16 FL' 

points be closed black circles and all the
'miR-15/16 cKO' 

points be open red circles. I would like to be able to manually adjust the colors and shapes/sizes of the points for each group.



So far, I have tried:
library(ggplot2)
ggplot(data=df2, aes(x = df2$Genotype, y = df2[2])) +
geom_boxplot(outlier.shape = NA) +
geom_jitter(position = position_jitter(width = .2), shape=1, size=5) +
ylim(0,max(df2[2])+10)

But I haven't been able to figure out how to adjust the colors/shapes independently for
'miR-15/16 FL'

and 
'miR-15/16 cKO'

Thanks for any help with this!
 解决方案 
@Balter beat me to the punch.... The only difference is that I set the color and shape parameters outside the ggplot call for future progamatic access.
library(ggplot2)

df2 <- data.frame(Genotype = c('WT','WT','WT','WT','WT',
                               'cKO','cKO','cKO','cKO','cKO'),
                  MFI=c(1191,1325,1089,1154,1147,1735,1441,1455,1560,1623))

color.groups <- c(WT="black", cKO="red")
shape.groups <- c(WT=20, cKO=21)

ggplot(data=df2, aes(x = df2$Genotype, y = df2$MFI)) +
  geom_boxplot(outlier.shape = NA) +
  geom_point(position = position_jitter(width = .2), size=5, 
             aes(color=Genotype, shape = Genotype)) +
  ylim(0,max(df2$MFI)+10) + 
  scale_color_manual(values=color.groups) +
  scale_shape_manual(values=shape.groups)




Update:



library(ggplot2)

df2 <- data.frame(Genotype = c('miR-15/16 WT','miR-15/16 WT','miR-15/16 WT','miR-15/16 WT','miR-15/16 WT',
                               'miR-15/16 cKO','miR-15/16 cKO','miR-15/16 cKO','miR-15/16 cKO','miR-15/16 cKO'),
                  MFI=c(1191,1325,1089,1154,1147,1735,1441,1455,1560,1623))

color.groups <- c(`miR-15/16 WT`="black", `miR-15/16 cKO`="red")
shape.groups <- c(`miR-15/16 WT`=20, `miR-15/16 cKO`=21)

ggplot(data=df2, aes(x = Genotype, y = MFI)) +
  geom_boxplot(outlier.shape = NA) +
  geom_point(position = position_jitter(width = .2), size=5, 
             aes(color=Genotype, shape = Genotype)) +
  ylim(0,max(df2$MFI)+10) + 
  scale_color_manual(values=color.groups) +
  scale_shape_manual(values=shape.groups)




Update2:



df2 <- structure(list(Genotype = c("miR-15/16 FL", "miR-15/16 FL", "miR-15/16 FL", 
                                   "miR-15/16 FL", "miR-15/16 FL", "miR-15/16 cKO", "miR-15/16 cKO", 
                                   "miR-15/16 cKO", "miR-15/16 cKO", "miR-15/16 cKO"),
                      `Cells/SC/Live/CD8—,, CD4+/Foxp3-,Median,<BV421-A>,CD127` = c(1191L, 1325L, 1089L, 1154L, 1147L, 1735L, 1441L, 1455L, 1560L, 1623L)),
                 .Names = c("Genotype", "Cells/SC/Live/CD8—,, CD4+/Foxp3-,Median,<BV421-A>,CD127"),
                 row.names = c(NA, -10L), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"))
colnames(df2) <- c("Genotype", "MFI")

color.groups <- c("black","red")
names(color.groups) <- unique(df2$Genotype)
shape.groups <- c(20, 21)
names(shape.groups) <- unique(df2$Genotype)

ggplot(data=df2, aes(x = Genotype, y = MFI)) +
  geom_boxplot(outlier.shape = NA) +
  geom_point(position = position_jitter(width = .2), size=5, 
             aes(color=Genotype, shape = Genotype)) +
  ylim(0,max(df2$MFI)+10) + 
  scale_color_manual(values=color.groups) +
  scale_shape_manual(values=shape.groups)



                        
这篇关于如何使用所有点为每个组创建箱形图，点的颜色可以手动分配的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！
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