在ggplot2中进行stat_summary_hex图之间的操作 [英] operation between stat_summary_hex plots made in ggplot2

问题描述

我有两个A和B空间分布的字符Z，我希望能够使一个六进制数减去每个六进制数中字符的比例。在这里，我有两个理论人口的代码A和B

  library（hexbin）
 library（ggplot2）
 
 set.seed（2）
 xA < -  rnorm（1000）
 set.seed（3）
 yA < -  rnorm（1000）
 set.seed（4）
 zA < -  sample（c（1,0），20，replace = TRUE，prob = c（0.2,0.8））
 hbinA < -  hexbin（xA， yA，xbins = 40，ID = TRUE）
 
 A < -  data.frame（x = xA，y = yA，z = zA）
 
 set.seed 5）
 xB < -  rnorm（1000）
 set.seed（6）
 yB < -  rnorm（1000）
 set.seed（7）
 zB < - 样本（c（1,0），20，替换= TRUE，prob = c（0.4,0.6））
 hbinB < -  hexbin（xB，yB，xbins = 40，ID = TRUE） 
 
 B < -  data.frame（x = xB，y = yB，z = zB）
 
 
 ggplot（A，aes（x，y， z = z））+ stat_summary_hex（fun = function（z）sum（z）/ length（z），alpha = 0.8）+ 
 scale_fill_gradientn（colors = c（blue，red））+ 
 guides（alpha = FALSE，size = FALSE）
 
 ggplot（B，aes（x，y，z = z））+ stat_summary_hex（fun = function（z）sum（z）/乐ngth（z），alpha = 0.8）+ 
 scale_fill_gradientn（colors = c（blue，red））+ 
 guides（alpha = FALSE，size = FALSE）
  

这里是两个结果图



< img src =https://i.stack.imgur.com/gAf9M.pngalt =人口B图>

我的目标是使用hexbins创建第三个图表，其中hexbins的值在相同的坐标上，但我甚至不知道如何开始这样做，我在光栅Package中做了类似的事情，但我需要它作为hexbins

非常感谢

解决方案

您需要确保两个地块使用完全相同的分箱。为了实现这一点，我认为最好事先进行分箱，然后用stat_identity / geom_hex绘制结果。使用代码示例中的变量，您可以执行以下操作：

  ##找到完整数据的边界
 xbnds< ;  - 范围（c（A $ x，B $ x））
 ybnds < - 范围（c（A $ y，B $ y））
 nbins < -  30 
 
＃函数为geom_hex创建一个可以和stat_identity一起使用的data.frame 
 makeHexData<  -  function（df）{
h<  -  hexbin（df $ x，df $ y，nbins ，xbnds = xbnds，ybnds = ybnds，IDs = TRUE）
 data.frame（hcell2xy（h），
z = tapply（df $ z，h @ cID，FUN = function（z）sum（z ）/长度（z）），
 cid = h @ cell）
} 
 
 Ahex<  -  makeHexData（A）
 Bhex<  -  makeHexData（B ）
 
 ##并非所有单元格都存在于每个分箱中，我们需要通过cellID 
 byCell合并（Ahex，Bhex，by =cid，all = T） 
 
 ##在计算差异空单元格时应计为0 
 byCell $ zx [is.na（byCell $ zx）] < -  0 
 byCell $ zy [is .na（byCell $ zy）] < -  0 
 
 ##创建一个差异data.frame 
 Diff <  -  data.frame（x = ifelse（is.na（byCell $ xx），byCell $ xy，byCell $ xx），
y = ifelse（is.na（byCell $ yx），byCell $ yy，byCell $ yx），
z = byCell $ zx  -  byCell $ zy）
 
 ##绘制结果
 
 ggplot（Ahex）+ 
 geom_hex（aes （x = x，y = y，fill = z），
 stat =identity，alpha = 0.8）+ 
 scale_fill_gradientn（colors = c（blue，red））+ 
 guides（alpha = FALSE，size = FALSE）
 
 ggplot（Bhex）+ 
 geom_hex（aes（x = x，y = y，fill = z），$ b $ （alpha = FALSE，size = FALSE）b $ stat =identity，alpha = 0.8）+ 
 scale_fill_gradientn（colors = c（blue，red）） 
 ggplot（Diff）+ 
 geom_hex（aes（x = x，y = y，fill = z），
 stat =identity，alpha = 0.8）+ 
 scale_fill_gradientn （color = c（blue，red））+ 
 guides（alpha = FALSE，size = FALSE）
  

I have two populations A and B distributed spatially with one character Z, I want to be able to make an hexbin substracting the proportion of the character in each hexbin. Here I have the code for two theoretical populations A and B

library(hexbin)
library(ggplot2)

set.seed(2)
xA <- rnorm(1000)
set.seed(3)
yA <- rnorm(1000)
set.seed(4)
zA <- sample(c(1, 0), 20, replace = TRUE, prob = c(0.2, 0.8))
hbinA <- hexbin(xA, yA, xbins = 40, IDs = TRUE)

A <- data.frame(x = xA, y = yA, z = zA)

set.seed(5)
xB <- rnorm(1000)
set.seed(6)
yB <- rnorm(1000)
set.seed(7)
zB <- sample(c(1, 0), 20, replace = TRUE, prob = c(0.4, 0.6))
hbinB <- hexbin(xB, yB, xbins = 40, IDs = TRUE)

B <- data.frame(x = xB, y = yB, z = zB)


ggplot(A, aes(x, y, z = z)) + stat_summary_hex(fun = function(z) sum(z)/length(z), alpha = 0.8) +
scale_fill_gradientn(colours = c("blue","red")) +
guides(alpha = FALSE, size = FALSE)

ggplot(B, aes(x, y, z = z)) + stat_summary_hex(fun = function(z) sum(z)/length(z), alpha = 0.8) +
scale_fill_gradientn (colours = c("blue","red")) +
guides(alpha = FALSE, size = FALSE)

here is the two resulting graphs

My goal is to make a third graph with hexbins with the values of the difference between hexbins at the same coordinates but I don't even know how to start to do it, I have done something similar in the raster Package, but I need it as hexbins

Thanks a lot

解决方案

You need to make sure that both plots use the exact same binning. In order to achieve this, I think it is best to do the binning beforehand and then plot the results with stat_identity / geom_hex. With the variables from your code sample you ca do:

## find the bounds for the complete data 
xbnds <- range(c(A$x, B$x))
ybnds <- range(c(A$y, B$y))
nbins <- 30

#  function to make a data.frame for geom_hex that can be used with stat_identity
makeHexData <- function(df) {
 h <- hexbin(df$x, df$y, nbins, xbnds = xbnds, ybnds = ybnds, IDs = TRUE)
 data.frame(hcell2xy(h),
            z = tapply(df$z, h@cID, FUN = function(z) sum(z)/length(z)),
            cid = h@cell)
}

Ahex <- makeHexData(A)
Bhex <- makeHexData(B)

##  not all cells are present in each binning, we need to merge by cellID
byCell <- merge(Ahex, Bhex, by = "cid", all = T)

##  when calculating the difference empty cells should count as 0
byCell$z.x[is.na(byCell$z.x)] <- 0
byCell$z.y[is.na(byCell$z.y)] <- 0

##  make a "difference" data.frame
Diff <- data.frame(x = ifelse(is.na(byCell$x.x), byCell$x.y, byCell$x.x),
                   y = ifelse(is.na(byCell$y.x), byCell$y.y, byCell$y.x),
                   z = byCell$z.x - byCell$z.y)

##  plot the results

ggplot(Ahex) +
    geom_hex(aes(x = x, y = y, fill = z),
             stat = "identity", alpha = 0.8) +
    scale_fill_gradientn (colours = c("blue","red")) +
    guides(alpha = FALSE, size = FALSE)

ggplot(Bhex) +
    geom_hex(aes(x = x, y = y, fill = z),
             stat = "identity", alpha = 0.8) +
    scale_fill_gradientn (colours = c("blue","red")) +
    guides(alpha = FALSE, size = FALSE)

ggplot(Diff) +
    geom_hex(aes(x = x, y = y, fill = z),
             stat = "identity", alpha = 0.8) +
    scale_fill_gradientn (colours = c("blue","red")) +
    guides(alpha = FALSE, size = FALSE)

这篇关于在ggplot2中进行stat_summary_hex图之间的操作的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！