如何将颜色分配给变量子集ggplot2 [英] how to assign colour to subset of variables ggplot2

问题描述

我有一个379838行数据框和13个变量列（13个临床样本）：

 > str（df）
'data.frame'：379838 obs。 13个变量：
 $ V1：数字0.8146 0.7433 0.0174 0.177 0 ... 
 $ V2：数字0.7465 0.5833 0.0848 0.5899 0.0161 ... 
 $ V3：数字0.788 0.843 0.333 0.801 0.156。 .. 
 $ V4：num 0.601 0.958 0.319 0.807 0.429 ... 
 $ V5：num 0.792 0.49 0.341 0.865 1 ... 
 $ V6：0.676 0.801 0.229 0.822 0.282 ... 
 $ V7：0.783 0.732 0.223 0.653 0.507 ... 
 $ V8：0.69 0.773 0.108 0.69 0.16 ... 
 $ V9：0.4014 0.5959 0.0551 0.7578 0.2784 ... 
 $ V10：0.703 0.784 0.131 0.698 0.204 ... 
 $ V11：0.6731 0.8224 0.125 0.6021 0.0772 ... 
 $ V12：0.7889 0.7907 0.0881 0.7175 0.2392 ... 
 $ V13：num 0.6731 0.8221 0.0341 0.4059 0 ... 
  

我试着制作一个ggplot2盒子将变量分为三组：V1-V5，V6-V9和V10-V13，并为每组变量分配不同的颜色。

我正在尝试以下代码：

  df1 = as.vector （df [，c（V1，V2，V3，V4，V5）]）
 df2 = as.vector（df [，c（V6，V7 ，V8，V9）]）
 df3 = as.vector（df [，c（V10，V11，V12，V13）]）
 sample = （df，varnames =sample）
 
 str（meltData1）
'data.frame'：4937894 obs。 2个变量：
 $变量：具有13个级别的因子V1，V2，V3，..：1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... 
 $ value ：数字0.8146 0.7433 0.0174 0.177 0 ... 
 
p = ggplot（data = meltData1，aes（variable，value，fill = x $ sample））
 p + geom_boxplot（）
  

这给了我白色方块图。我如何将颜色分配给三组变量？提前谢谢了！ / code>至 V13 。

  df< -as .data.frame（matrix（rnorm（1300），ncol = 13））
  

从库 reshape2 中的c $ c> melt（）从宽转换为长格式。现在数据框有两列：变量和值。

  library（reshape2）
 dflong< -melt（df）
  

添加长格式新列 sample 。在这里，我重复命名 group1 ， group2 ， group3 根据

  dflong $ sample< -c（rep（ rep1（group2），nrow（df）* 5），rep（group2，nrow（df）* 4），rep（group3，nrow（df）* 4））
  

新栏目用于参数 fill = 根据分组设置颜色。

  library（ggplot2）
 ggplot（data = dflong，aes（variable，value，fill = sample））+ geom_boxplot（）
  

I have a data frame of 379838 rows and 13 variables in columns( 13 clinical samples) :

 >  str( df)
'data.frame':   379838 obs. of  13 variables:
  $ V1 : num  0.8146 0.7433 0.0174 0.177 0 ...
 $ V2 : num  0.7465 0.5833 0.0848 0.5899 0.0161 ...
 $ V3 : num  0.788 0.843 0.333 0.801 0.156 ...
 $ V4 : num  0.601 0.958 0.319 0.807 0.429 ...
 $ V5 : num  0.792 0.49 0.341 0.865 1 ...
 $ V6 : num  0.676 0.801 0.229 0.822 0.282 ...
 $ V7 : num  0.783 0.732 0.223 0.653 0.507 ...
 $ V8 : num  0.69 0.773 0.108 0.69 0.16 ...
 $ V9 : num  0.4014 0.5959 0.0551 0.7578 0.2784 ...
 $ V10: num  0.703 0.784 0.131 0.698 0.204 ...
 $ V11: num  0.6731 0.8224 0.125 0.6021 0.0772 ...
 $ V12: num  0.7889 0.7907 0.0881 0.7175 0.2392 ...
 $ V13: num  0.6731 0.8221 0.0341 0.4059 0 ...

and I am trying to make a ggplot2 box plot grouping variables into three groups: V1-V5 , V6-V9 and V10-V13 and assigning different color to variables of each group.

I am trying the following code:

    df1= as.vector(df[, c("V1", "V2", "V3","V4", "V5")])
    df2= as.vector(df[, c("V6","V7", "V8","V9")])
    df3=as.vector(df[, c( "V10","V11", "V12","V13")])
    sample= c(df1,df2,df3)

   library(reshape2)

  meltData1 <- melt(df, varnames="sample")

  str(meltData1)
 'data.frame':  4937894 obs. of  2 variables:
  $ variable: Factor w/ 13 levels "V1","V2","V3",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
  $ value   : num  0.8146 0.7433 0.0174 0.177 0 ...

   p=ggplot(data=meltData1,aes(variable,value, fill=x$sample))
   p+geom_boxplot()

That gives me white box plots. How can I assign a colour to three groups of variables? Many thanks in advance!

解决方案

As sample data were not provided, made new data frame containing 13 columns with names from V1 to V13.

df<-as.data.frame(matrix(rnorm(1300),ncol=13))

With function melt() from library reshape2 data are transformed from wide to long format. Now data frame has two columns: variable and value.

library(reshape2)
dflong<-melt(df)

To the long format new column sample is added. Here I repeated names group1, group2, group3 according to number of row in original data frame and number of original columns in each group.

dflong$sample<-c(rep("group1",nrow(df)*5),rep("group2",nrow(df)*4),rep("group3",nrow(df)*4))

New column is used with argument fill= to set colors according to grouping.

library(ggplot2)
ggplot(data=dflong,aes(variable,value, fill=sample))+geom_boxplot()

这篇关于如何将颜色分配给变量子集ggplot2的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！