以有效的方式分层绘制选定的点？ [英] Layered plotting of selected points in an efficient way?
问题描述
用于绘图的数据生成为：
＃加载所需的库
库（ggplot2）
库（forcats）
库（tidyverse）
数据库（RColorBrewer）
＃数据生成过程
df < - data.frame（X = rnorm（10000,0,1），Y = rnorm（10000,0,1），
ID = paste（rep（ID，10000），1：10000，sep =_），
Type = rep（ID，10000），
Val = c （rep（c（'Type1'，'Type2'），3000），
rep（c（'Type3'，'Type4'），2000）））
dat1 < - data.frame（Type = rep（'CT'，80），
Val = paste（rep（CT，80），
sample（1：6,80，replace = T），sep =_））
dat1< - cbind（df [sample（1：100,80），1：3]，dat1）
dat2< - data.frame（ Type = rep（'D'，80），
Val = paste（rep（D，80），
sample（1：6,80，replace = T），sep =_））
dat2 < - cbind（df [sample（1：100,80），1：3]，dat2）
dat3< - data.frame（Type = rep（'OP'，80），
Val = paste（rep（OP，80），
sample（1： 6,80，replace = T），sep =_））
dat3 < - cbind（df [sample（1：100,80），1：3]，dat3）
$最终数据
df < - rbind（df，dat1，dat2，dat3）
将选定的值 valsToKeep 绘制为彩色，其余为空心圆。
valsToKeep <-c（D_1，D_4）
n < - length（valsToKeep）
getPaletteDark = brewer.pal（8，Dark2）
colSel< ; - sample（getPaletteDark，n）
ggplot（df％>％
mutate（Val = fct_other（Val，keep = valsToKeep））％>％
arrange（ Val）％>％
filter（！duplicated（。[，c（X，Y）]）），
aes（X，Y，col = Val，alpha = Val， shape = Val））+
geom_point（alpha = 1）+
scale_colour_manual（ values = c（colSel，grey70））+
scale_alpha_manual（values = c（rep（1，n），0.2））+
scale_shape_manual（values = c（rep（16，n）， 1））+
theme_bw（）
这里：
$ pre $ g $ p $ ggplot（df％>％
mutate（Val = fct_other（Val，keep = valsToKeep））％>％
arrange（Val）％>％
filter（！duplicated（。[，c（X，Y）]）），
aes （x，y，col = Val，alpha = Val，shape = Val，size = Val））+
geom_point（alpha = 1）+
scale_colour_manual（values = c（colSel，grey70）） ）+
scale_alpha_manual（values = c（rep（1，n），0.2））+
scale_shape_manual（values = c（rep（16，n），1））+
scale_size_manual values = c（rep（6，n），1））+
theme_bw（）
仍然所选的点被其他和难以识别的模式后。或者，试图在多个图层中绘制如下图：
dfPlot < - df％>％mutate（Val = fct_other（Val，keep = valsToKeep））％>％
arrange（Val）％>％filter（！duplicated（。[，c（X，Y）]））
p1 < - ggplot（dfPlot％>％filter（Val =='Other'），aes（X，Y））+
geom_point（alpha = 0.2，col =grey70，shape = 1）+ theme_bw（）
p1 + geom_point（data = dfPlot％>％filter（！Val =='Other'），aes（X，Y，col = Val））+
scale_colour_manual（values = colSel）
现在，情节看起来更好，并且易于识别选定点的模式。
现在的问题是：是否有其他有效的方法来绘制其他点（作为第一层）
更新：
在这里，我已经展示了如何绘制选定的点在第二层（使用 geom_point ）在已有的第一层（使用 ggplot（）+ geom_point ））之上。我正在寻找替代方法可以做到这一点？
为类似的问题在这种情况下是不同的。在这种情况下，订单或 alpha 的用法不起作用。所以，任何替代方案？
手动控制alpha和color值
< pre $ ＃您的数据
df < - rbind（df，dat1，dat2，dat3）
Lvls< - sort（unique（df $ Val））
Lngth < - 长度（Lvls）
valstokeep <-c（D_2，D_4）
＃颜色等级
色彩映射< ; - rep（gray，Lngth）
colormap [Lvls％in％valstokeep]< - c（red，blue）
＃alpha level
alphamap< - rep（0.01，Lngth）＃变为较低或较高的alpha水平
alphamap [％valstokeep中的水平％] <-c（1,1）
ggplot = df，aes（x = X，y = Y，alpha = Val，color = Val，fill = Val））+
geom_point（）+
scale_alpha_manual（values = alphamap）+
scale_color_manual（values = colormap）+
scale_fill_manual（values = colormap）+
theme_classic（）
Q: Is there any efficient way to plot selected points only after all the remaining points?
Data used for plotting is generated as:
# Loading required libraries
library(ggplot2)
library(forcats)
library(tidyverse)
library(RColorBrewer)
# Data generation process
df <- data.frame(X=rnorm(10000,0,1), Y=rnorm(10000,0,1),
ID=paste(rep("ID", 10000), 1:10000, sep="_"),
Type=rep("ID",10000),
Val=c(rep(c('Type1','Type2'),3000),
rep(c('Type3','Type4'),2000)))
dat1 <- data.frame(Type=rep('CT',80),
Val=paste(rep("CT", 80),
sample(1:6,80,replace=T), sep="_"))
dat1 <- cbind(df[sample(1:100,80),1:3],dat1)
dat2 <- data.frame(Type=rep('D',80),
Val=paste(rep("D", 80),
sample(1:6,80,replace=T), sep="_"))
dat2 <- cbind(df[sample(1:100,80),1:3],dat2)
dat3 <- data.frame(Type=rep('OP',80),
Val=paste(rep("OP", 80),
sample(1:6,80,replace=T), sep="_"))
dat3 <- cbind(df[sample(1:100,80),1:3],dat3)
# Final data
df <- rbind(df, dat1, dat2, dat3)
Plotting the selected values valsToKeep as colored and the rest as hollow circles.
valsToKeep <- c("D_1","D_4")
n <- length(valsToKeep)
getPaletteDark = brewer.pal(8,"Dark2")
colSel <- sample(getPaletteDark,n)
ggplot(df %>%
mutate(Val=fct_other(Val,keep=valsToKeep)) %>%
arrange(Val) %>%
filter(!duplicated(.[,c("X","Y")])),
aes(X,Y,col=Val,alpha=Val,shape=Val)) +
geom_point(alpha=1) +
scale_colour_manual(values=c(colSel,"grey70")) +
scale_alpha_manual(values = c(rep(1,n),0.2)) +
scale_shape_manual(values = c(rep(16,n),1)) +
theme_bw()
However, it is very difficult to find the selected values valsToKeep. They are masked by Other points. To find the selected values valsToKeep, the size of the points are increased as suggested here:
ggplot(df %>%
mutate(Val=fct_other(Val,keep=valsToKeep)) %>%
arrange(Val) %>%
filter(!duplicated(.[,c("X","Y")])),
aes(X,Y,col=Val,alpha=Val,shape=Val,size=Val)) +
geom_point(alpha=1) +
scale_colour_manual(values=c(colSel,"grey70")) +
scale_alpha_manual(values = c(rep(1,n),0.2)) +
scale_shape_manual(values = c(rep(16,n),1)) +
scale_size_manual(values = c(rep(6,n),1)) +
theme_bw()
Still the selected points are masked by Other and difficult to identify the patterns behind. Alternatively, tried to plot the plots in multiple layers as below:
dfPlot <- df %>% mutate(Val=fct_other(Val,keep=valsToKeep)) %>%
arrange(Val) %>% filter(!duplicated(.[,c("X","Y")]))
p1 <- ggplot(dfPlot %>% filter(Val=='Other'), aes(X,Y)) +
geom_point(alpha=0.2,col="grey70",shape=1) + theme_bw()
p1 + geom_point(data=dfPlot %>% filter(!Val=='Other'),aes(X,Y,col=Val)) +
scale_colour_manual(values=colSel)
Now, the plot looks better and easy to identify the patterns of the selected points.
The question is: Is there any other efficient way to plot the selected points (as a second layer) only after plotting the Other points (as a first layer)?
Update:
Here, I have already shown how to plot the selected points in the second layer(using geom_point) on top of already existing first layer (using ggplot() + geom_point). I am looking for alternate approaches available to do that?
The solutions proposed for a similar question are different in this case. Usage of order or alpha do not help in this scenario. So, any alternatives?
Control the alpha and color values manually
# Your data
df <- rbind(df, dat1, dat2, dat3)
Lvls <- sort(unique(df$Val))
Lngth <- length(Lvls)
valstokeep <- c("D_2", "D_4")
# color levels
colormap <- rep("grey", Lngth)
colormap[Lvls %in% valstokeep] <- c("red","blue")
# alpha levels
alphamap <- rep(0.01, Lngth) # change to lower or higher alpha levels
alphamap[Lvls %in% valstokeep] <- c(1,1)
ggplot(data=df, aes(x=X, y=Y, alpha=Val, color=Val, fill=Val)) +
geom_point() +
scale_alpha_manual(values=alphamap) +
scale_color_manual(values=colormap) +
scale_fill_manual(values=colormap) +
theme_classic()
这篇关于以有效的方式分层绘制选定的点？的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！
