如何从github存储库安装开发版R包时指定lib目录 [英] How to specify lib directory when installing development version R Packages from github repository

问题描述

在Ubuntu中，我通过指定 lib / usr / lib / R / site-library 来安装所有R软件包。 / code>选项在 install.packages（）中。 但是，当我尝试使用 install_github（）安装R包的开发版本时，它总是安装在系统用户的本地存储库中。

.libPaths（）有4个目录，包括本地存储库。所以，我有两个问题，如果我从本地存储库中删除本地存储库，它是否会安装在其他3个存储库中的任何一个存储库中？




1. code> .libPaths（）？




2. 是否有任何方法指定 install_github（）？

我使用 Ubuntu 12.04 64bit 和 R 3.0.1

--------- ------------- UPDATE --------------------------------

1. 无法从 .libPaths（）




2. 如果我尝试在 RStudio 中使用 install_github（）进行安装，它将安装在 local repository ，因为没有指定 lib 。 >如果我尝试使用 install_github（）作为非root用户进行安装，它将安装在本地存储库因为没有指定 lib 。




3. 如果我尝试安装使用 install_github（）作为 root用户，它将安装在 / usr / local / lib / R / site-library ，因为未指定 lib 。




有没有指定安装库？

解决方案

在 devtools 中添加指定的库路径，我们需要使用 with_libpaths（）

with_libpaths（）的参数是， with_libpaths（new，code）

以下是使用 with_libpaths（），

  library（devtools）
 with_libpaths（new =/ usr / lib / R / site-library /，install_github（'rCharts'，'ramnathv'））
  

礼貌：Hadley， here ：）

除 with_libpaths（）外，还有更多选项可用于 devtools :: with_something（）

  in_dir：工作目录
 with_collat​​e：整理顺序
 with_envvar：环境变量
 with_libpaths：库路径，替换当前libpaths 
 with_lib：库路径，预先加入当前libpaths 
 with_locale：任何语言环境设置
 with_options：options 
 with_path：PATH环境变量
 with_par：图形参数
  

更多解释这里

In Ubuntu, I am installing all the R packages in the directory, /usr/lib/R/site-library by specifying lib option in install.packages().

But when I try to install the development version of the R packages using, install_github(), it always installs in a local repository of the system user.

.libPaths() has 4 directories including the local repository. So, I have 2 questions,

1. Will it install in any of the other 3 repositories if i remove the local repository from .libPaths()?

2. Is there any way to specify installation library path in install_github()?

I am using Ubuntu 12.04 64bit and R 3.0.1

----------------------UPDATE--------------------------------

1. Unable to remove the local repository from .libPaths()

2. If I try to install using install_github() in RStudio, it installs in the local repository since lib is not specified.

3. If I try to install using install_github() as non-root user, it installs in the local repository since lib is not specified.

4. If I try to install using install_github() as root user, it installs in the /usr/local/lib/R/site-library since lib is not specified.

Is there any to specify installation lib?

解决方案

To add specified library paths in devtools, we need to use with_libpaths()

Arguments for with_libpaths() are, with_libpaths(new, code)

Following is an example for using with_libpaths(),

library(devtools)
with_libpaths(new = "/usr/lib/R/site-library/", install_github('rCharts', 'ramnathv'))

Courtesy: Hadley, here :)

And other than with_libpaths(), there are more options for in devtools::with_something()

in_dir: working directory
with_collate: collation order
with_envvar: environmental variables
with_libpaths: library paths, replacing current libpaths
with_lib: library paths, prepending to current libpaths
with_locale: any locale setting
with_options: options
with_path: PATH environment variable
with_par: graphics parameters

More explanations here

这篇关于如何从github存储库安装开发版R包时指定lib目录的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！