如何用iGraph挖掘R中的图案 [英] How to mine for motifs in R with iGraph

问题描述

我试图在R中使用包 igraph 来挖掘3节点图案。我想从graph.motifs（）函数中获取图形中每个单独顶点的图案数目。

因此，对于示例图：

  testGraph = barabasi.game（10，
m = 5，
 power = 2， 
 out.pref = TRUE，
 zero.appeal = 0.5，
 directed = TRUE）
  

我可以使用 graph.motifs（）来计算整个图中每个3节点图案的总数：

  graph.motifs（testGraph，
 size = 3）
  

[1] 0 0 26 0 16 0 2 58 0 0 0 0 0 0 0 0

但我想知道单个顶点的参与。那么，顶点1参与了多少个主题（以及哪种类型）？有没有人知道一个简单的方法来做到这一点？

解决方案

这是一个快速的操作方法。

它对顶点 A 的三元组感兴趣，然后首先创建包含 A 的诱导子图和它的直接邻居。您可以通过 neighborhood（）和 induced.subgraph（）或简单地使用图来实现。舒炎泰（）。

然后找到这个子图中的图形，但是不能用 graph.motifs（），而是用 triad.census（），因为这会计算所有可能的三元组，即使是非连接的元素也是如此。 然后从这个子图中删除 A ，再次调用 triad.census（） 。两个计数向量的差别恰恰就是包含 的图案。

I'm trying to mine for 3-node motifs in R using the package igraph. I would like to retrieve the number of motifs for each individual vertex in the graph, which does not appear possible from the graph.motifs() function.

So, for the example graph:

testGraph = barabasi.game(10, 
m = 5,
power = 2, 
out.pref = TRUE,
zero.appeal = 0.5,
directed = TRUE)

I can use graph.motifs() to count the total number of each 3-node motif in the entire graph:

graph.motifs(testGraph, 
size = 3)

[1] 0 0 26 0 16 0 2 58 0 0 0 0 0 0 0 0

But I would like to know the individual vertex participation. So, how many motifs (and what type) does vertex 1 participate in? Does anybody know a simple way to do that?

解决方案

Here is a quick how-to.

It you are interested in the triads of vertex A, then first create the induced subgraph that contains A and its immediate neighbors. You can do this via neighborhood() and induced.subgraph() or simply with graph.neighborhood().

Then find the motifs in this subgraph, but not with graph.motifs(), but rather with triad.census(), because that counts all possible triples, even a non-connected ones.

Then remove A from this subgraph, and call triad.census() again. The difference of the two count vector will be exactly the motifs that include A.

这篇关于如何用iGraph挖掘R中的图案的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！