使用NetworkX将图形导出到带有节点位置的graphml [英] Export graph to graphml with node positions using NetworkX

问题描述

我有一个图表，我需要组织位置，然后导出为graphml格式。

我试过这个问题中的代码。它不起作用，这是我的例子

  import networkx as nx 
 import matplotlib.pyplot as plt 
 
 G = nx.read_graphml（colored.graphml）
 
 pos = nx.spring_layout（G）＃快速定位示例
 nx.set_node_attributes（G，' pos'）pos）
 
 nx.write_graphml（G，g.graphml）
 
 nx.draw_networkx（G，pos）
 plt.savefig（ g.pdf）
  

下面是我得到的错误，问题在于如何保存位置（graphml

  C：\Aaconda\python.exe C：/ Users / sturaroa / Documents / PycharmProjects /node_labeling_test.py 
 Traceback（最近一次调用最后一次）：
在< module>文件中，第11行的文件C：/Users/sturaroa/Documents/PycharmProjects/node_labeling_test.py 
 nx.write_graphml（g，g.graphml）
文件< string>，第2行，位于write_graphml 
文件C：\Anconda\lib\site -packages\\\
etworkx\utils\decorators.py，第220行，在_open_file 
 result = func（* new_args，** kwargs）
文件C：\Anconda\lib\\ \\ site-packages\\\
etworkx\readwrite\graphml.py，第82行，在write_graphml 
 writer.add_graph_element（G）
文件C：\Anconda\lib\site- packages_\
etworkx\readwrite\graphml.py，第350行，在add_graph_element 
 self.add_nodes（G，graph_element）
文件C：\Anconda\lib\site-packages \\\
etworkx\readwrite\graphml.py，第307行，在add_nodes中
 self.add_attributes（node，node_element，data，default）
文件C：\Anconda\lib \site-packages\\\
etworkx\readwrite\graphml.py，第300行，在add_attributes 
 scope = scope，default = default_value）
文件C ：\Anconda\lib\site-packages\\\
etworkx\readwrite\graphml.py，第288行，将add_data 
'％s作为数据值。'％element_type）
 networkx .exception.NetworkXError：GraphML编写器不支持< type'numpy.ndarray'>作为数据值。 
  

我的印象是，将位置定义为2个单独的节点属性会更好，x和y，并将它们分开保存，以graphml格式定义每个关键字，像这样。

然而，我对Python并不熟悉，并且希望您在我进行混乱迭代之前先看到您的意见。

谢谢。

解决方案

你说得对，GraphML想要更简单的属性（没有numpy数组或列表）。

您可以将节点的x和y位置设置为这样的属性

  G = nx.path_graph（4）
 pos = nx.spring_layout（G）
 
表示节点，（x，y）表示pos .items（）：
 G.node [node] ['x'] = float（x）
 G.node [node] ['y'] = float（y）
 
 nx.write_graphml（G，g.graphml）
  

I'm using NetworkX 1.9.1.

I have a graph that I need to organize with positions and I then export to graphml format.

I've tried code in this question. It does not work, here is my example

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt

G = nx.read_graphml("colored.graphml")

pos=nx.spring_layout(G) # an example of quick positioning
nx.set_node_attributes(G, 'pos', pos)

nx.write_graphml(G, "g.graphml")

nx.draw_networkx(G, pos)
plt.savefig("g.pdf")

Here are the errors I get, the problem is how positions are saved (graphml does not accept arrays).

C:\Anaconda\python.exe C:/Users/sturaroa/Documents/PycharmProjects/node_labeling_test.py
Traceback (most recent call last):
  File "C:/Users/sturaroa/Documents/PycharmProjects/node_labeling_test.py", line 11, in <module>
    nx.write_graphml(G, "g.graphml")
  File "<string>", line 2, in write_graphml
  File "C:\Anaconda\lib\site-packages\networkx\utils\decorators.py", line 220, in _open_file
    result = func(*new_args, **kwargs)
  File "C:\Anaconda\lib\site-packages\networkx\readwrite\graphml.py", line 82, in write_graphml
    writer.add_graph_element(G)
  File "C:\Anaconda\lib\site-packages\networkx\readwrite\graphml.py", line 350, in add_graph_element
    self.add_nodes(G,graph_element)
  File "C:\Anaconda\lib\site-packages\networkx\readwrite\graphml.py", line 307, in add_nodes
    self.add_attributes("node", node_element, data, default)
  File "C:\Anaconda\lib\site-packages\networkx\readwrite\graphml.py", line 300, in add_attributes
    scope=scope, default=default_value)
  File "C:\Anaconda\lib\site-packages\networkx\readwrite\graphml.py", line 288, in add_data
    '%s as data values.'%element_type)
networkx.exception.NetworkXError: GraphML writer does not support <type 'numpy.ndarray'> as data values.

I'm under the impression that I would be better off defining positions as 2 separate node attributes, x and y, and save them separately, defining a key for each of them in the graphml format, like this.

However, I'm not that familiar with Python, and would like your opinion before I make a mess iterating back and forth.

Thanks.

解决方案

You are right, GraphML want's simpler attributes (no numpy arrays or lists).

You can set the x and y positions of the nodes as attributes like this

G = nx.path_graph(4)
pos = nx.spring_layout(G)

for node,(x,y) in pos.items():
    G.node[node]['x'] = float(x)
    G.node[node]['y'] = float(y)

nx.write_graphml(G, "g.graphml")

这篇关于使用NetworkX将图形导出到带有节点位置的graphml的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！