使用“|”来擦除。替代运营商 [英] grepping using the "|" alternative operator

问题描述

以下是一个名为AT5G60410.gff的大文件的示例：

  Chr5 TAIR10基因24294890 24301147。 +。 ID = AT5G60410;注意= protein_coding_gene;名称= AT5G60410 
 Chr5 TAIR10 mRNA 24294890 24301147。 +。 ID = AT5G60410.1;亲本= AT5G60410;名称= AT5G60410.1;索引= 1 
 Chr5 TAIR10蛋白24295226 24300671。 +。 ID = AT5G60410.1-蛋白质;名称= AT5G60410.1; Derives_from = AT5G60410.1 
 Chr5 TAIR10外显子24294890 24295035。 +。父母= AT5G60410.1 
 Chr5 TAIR10 five_prime_UTR 24294890 24295035。 +。父母= AT5G60410.1 
 Chr5 TAIR10外显子24295134 24295249。 +。 Parent = AT5G60410.1 
 Chr5 TAIR10 five_prime_UTR 24295134 24295225。 +。 Parent = AT5G60410.1 
 Chr5 TAIR10 CDS 24295226 24295249。 + 0亲本= AT5G60410.1，AT5G60410.1-蛋白质; 
 Chr5 TAIR10外显子24295518 24295598。 +。 Parent = AT5G60410.1 
  

我在使用grep从这个文件中抽取特定行时遇到了一些麻烦。我想提取所有第三列中指定的基因类型或外显子类型的行。我感到惊讶，当这不起作用：

  grep'gene | exon'AT5G60410.gff 
  

没有结果返回。我在哪里出了问题？

解决方案

您需要转义 | 。

  grepgene\ | exonAT5G60410.gff 
  

The following is a sample of a large file named AT5G60410.gff:

Chr5    TAIR10  gene    24294890    24301147    .   +   .   ID=AT5G60410;Note=protein_coding_gene;Name=AT5G60410
Chr5    TAIR10  mRNA    24294890    24301147    .   +   .   ID=AT5G60410.1;Parent=AT5G60410;Name=AT5G60410.1;Index=1
Chr5    TAIR10  protein 24295226    24300671    .   +   .   ID=AT5G60410.1-Protein;Name=AT5G60410.1;Derives_from=AT5G60410.1
Chr5    TAIR10  exon    24294890    24295035    .   +   .   Parent=AT5G60410.1
Chr5    TAIR10  five_prime_UTR  24294890    24295035    .   +   .   Parent=AT5G60410.1
Chr5    TAIR10  exon    24295134    24295249    .   +   .   Parent=AT5G60410.1
Chr5    TAIR10  five_prime_UTR  24295134    24295225    .   +   .   Parent=AT5G60410.1
Chr5    TAIR10  CDS 24295226    24295249    .   +   0   Parent=AT5G60410.1,AT5G60410.1-Protein;
Chr5    TAIR10  exon    24295518    24295598    .   +   .   Parent=AT5G60410.1

I am having some trouble extracting specific lines from this using grep. I wanted to extract all lines that are of type "gene" or type "exon", specified in the third column. I was suprised when this did not work:

grep 'gene|exon' AT5G60410.gff

No results are returned. Where have I gone wrong?

解决方案

You need to escape the |. The following should do the job.

grep "gene\|exon" AT5G60410.gff

这篇关于使用“|”来擦除。替代运营商的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！