bioconductor相关内容

降级 R 版本和 R 包 Bioconductor

大家好，我目前正在使用 Bioconductor v2.13 在 debian 服务器上运行 R 3.0.2.我的问题很简单，虽然通过互联网搜索并没有为我提供明确的答案: 如何从 R 3.0.2 降级.到 R 2-15? 考虑到我保留 R 3.0.2，我如何将 Bioconductor 降级到 v2.12? 提前谢谢你， 解决方案 通常，Bioconductor 设计为与 ..
发布时间：2022-01-24 23:28:03 服务器开发

MacOS 上的 R 错误:向量内存已用尽(已达到限制?)

我正在尝试运行 R 脚本(特别是，我正在使用 Bioconductor 包中的“getLineages"函数，弹弓. 我想知道为什么会出现错误“向量内存耗尽(达到限制?)"?在我使用此函数时出现，因为与此包中的其他函数(使用我正在分析的数据)相比，它似乎不是最占用内存的函数. 我知道在 Stackoverflow 上还有其他类似的问题，但他们都建议切换到 64 位版本的 R.但是，我已 ..
发布时间：2021-12-06 20:33:03 其他开发

“非零退出状态" R 3.6.0 “Biobase"

我需要在 R 上安装不同的软件包.操作系统是 windows 的 ubuntu.当我尝试 "BiocManager::install("Biobase") 时，出现以下错误: ** R** 数据** 安装** 字节编译并为延迟加载准备包** 帮助*** 安装帮助索引** 构建包索引** 安装小插曲** 测试是否可以从临时位置加载已安装的包** 检查共享对象和动态库中的绝对路径mv: 无法将“/h ..
发布时间：2021-09-27 18:46:16 其他开发

我无法安装任何 Bioconductor 包:“readRDS(dest) 中的错误:从连接读取错误"

您好(这是我的第一条消息，所以如果有什么不对的地方，我很抱歉)， 我已经遇到这个问题几天了.我无法安装新软件包，我读过类似的 问题 但就我而言，问题仅在我尝试安装新的 Bioconductor 包时出现(或者当我删除旧的并尝试重新安装时).问题是我总是得到下一条消息的一些变化(在这个例子中我试图安装 ComplexHeatmap): BiocManager::install(“Comple ..
发布时间：2021-06-13 19:46:30 其他开发

为R安装data.table时出现问题

我正在尝试为R安装data.table库，但无法正常工作.我尝试同时使用CRAN和Bioconductor，但仍然收到错误消息，该软件包不适用于R 3.2.2: >biocLite('data.table')BioC_mirror:http://bioconductor.org使用Bioconductor版本3.1(BiocInstaller 1.18.4)，R版本3.2.2.安装包"data. ..
发布时间：2021-04-28 19:39:23 其他开发

查询区域内的基因

我想检索一系列区域中存在的基因.说，我有一个带有查询位置的床文件，例如: 1 2665697 4665777 MIR2011 10391435 12391516 MIR5001 15106831 17106911 MIR1221 23436535 25436616 MIR2341 23436575 25436656 MIR488 我想得到属于那些区域的基因. 我尝试使用 biomaR ..
发布时间：2021-04-15 19:47:12 其他开发

heatmap.2(gplots程序包)-如何删除某些单元格中的烦人线条?

我正在尝试生成一个简单的热图，其中包含每一行和每一列 用黑线隔开.但是，由于某种原因，这只会发生 第一种和最后一种颜色.我的colorpanel()中的中间颜色 命令中有一条我想要的附加水平线和垂直线 使用heatmap.2()绘制时摆脱.关于为什么我会看到这些行的任何建议? library(gplots) my.matrix ..
发布时间：2020-11-22 21:29:57 其他开发

是否可以在R中使用rhdf5更新hdf5文件中的数据集维度?

我正在尝试在hdf5文件中更新1组中的7个数据集，但是更新后的数据集的大小尺寸与原始大小不同(但维数相同，即1D，2D和3D).有没有一种方法可以更改维度属性以更新数据集?或者，我可以删除上一个组，然后在该位置创建一个新组吗?我宁愿不重建整个h5文件(创建文件，创建组，创建数据集)，因为它相当复杂. 我在R中使用Bioconductor rhdf5软件包. 示例数据: # loa ..
发布时间：2020-11-22 19:18:33 其他开发

如何在不删除R中存在NA的行的情况下执行聚类

我有一个数据，这些数据的元素中包含一些NA值。 我想做的是在不删除行的情况下执行群集 ，其中不存在NA。 我知道雏菊中的 gower 距离测量这样的情况。 但是为什么我下面的代码不起作用？ 除了“雏菊”以外，我还欢迎其他选择。 ＃绘制热图和树状图。 library（“ gplots”） library（“ cluster”） ＃任意分配NA给某些元素 mtc ..
发布时间：2020-10-03 02:01:10 其他开发

R中热图/聚类默认值的差异（热图与热图2）？

我正在比较两种在R中使用树状图创建热图的方法，一种是使用 made4 的 heatplot 创建热图的方法，另一种是一个具有 gplots 的 heatmap.2 的人。适当的结果取决于分析，但我试图理解默认值为何如此不同的原因，以及如何使两个函数给出相同的结果（或高度相似的结果），以便我理解所有的“黑盒”参数 这是示例数据和数据包： require（gplots） ＃made fr ..
发布时间：2020-10-03 01:59:39 其他开发

如何通过名称串联(合并)AAStringSet?

在生物信息学/微生物生态学文献中，一种相当普遍的做法是在构建系统树之前，将多个基因的多个序列比对连接起来.用R术语来说，可以说它们与来自的生物体“融合"起来更为清楚，但是我敢肯定例子是更好的. 说这是两个多重序列比对. library(Biostrings) set1 ..
发布时间：2020-09-21 03:29:27 其他开发

R，biocLite，安装DESeq2时出错

几天来我一直在尝试安装DESeq2进行一些分析. R和biocLite是最新的，尝试运行 时遇到权限错误 biocLite("DESeq2") 我收到的大部分都是好消息，但最后我得到了: 1: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) : installation of package ‘XML ..
发布时间：2020-09-21 03:26:06 其他开发

HGNC基因名称的基因座标

我想使用Bioconductor的GenomicFeatures和TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene R软件包从清单中获取人类基因的坐标(由hgnc基因id组成). library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene) txdb=(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene) my_genes = c( ..
发布时间：2020-09-21 03:26:00 其他开发

无法从R的sva库运行ComBat脚本

我试图在具有2个批处理的数据集上运行ComBat脚本，但是由于我是R新手，因此出现错误，并且我不知道如何检查代码. 我以这种方式运行ComBat方法: # Load sva library(sva) # Read expression values dat = read.table('dataset.xls', header=TRUE, sep='\t') # Read sample ..
发布时间：2020-09-21 03:24:37 其他开发