bioinformatics相关内容

exec()不返回进程ID

我正在使用PHP exec()函数执行问题是exec()即使进程成功运行也不返回任何PID. 过程是这样开始的: $gnuplot_path = '/usr/bin/gnuplot'; $command = 'nohup canu -d . -p E.coli gnuplot='.$gnuplot_path.' genomeSize=4.8m useGrid=false maxThr ..
发布时间：2020-11-02 00:57:59 PHP

Perl：在数组元素中搜索模式

我是Perl的新手，仍然遇到另一个需要一些帮助和投入的生物信息学问题。 问题简短： 我有一个文件，其中包含40,000多个 unique DNA序列。唯一是指唯一的序列ID。我会在文章结尾处附加一部分内容，以帮助您显示它的外观。 我需要将 3个部分。因此，如果特定序列的长度为999个字符，则3个部分中的每个部分都将具有333个字符。 我需要寻找以下模式通过3个单独的部分： ..
发布时间：2020-09-25 04:55:58 其他开发

如何在Perl中将字符串读入哈希

我有一个文件，其中包含一系列随机的A，G，C和T，如下所示: >Mary ACGTACGTACGTAC >Jane CCCGGCCCCTA >Arthur AAAAAAAAAAT 我拿了那些字母并将其缩写为ACGTACGTACGTACCCCGGCCCCTAAAAAAAAAAT.现在，我在关联的序列中有一系列我感兴趣的位置，并且我想找到与这些位置(坐标)匹配的关联名称.我正在使用Perl函 ..
发布时间：2020-09-21 03:33:55 其他开发

成对序列比对生物python中的核苷酸分离剂

我的RNA序列包含不同的修饰核苷酸和残基.其中一些例如N79, 8XU, SDG, I. 我想使用biopython的pairwise2.align.localms成对对齐它们.为了准确地说明这些修改后的基数，是否可以将输入不是字符串形式而是列表形式? 什么是正确的技术? 解决方案 Biopython的pairwise2模块适用于字母字符串，该字符串可以是任何东西-例如: ..
发布时间：2020-09-21 03:32:48 其他开发

如何找到可以通过FASTA而不是BLAST找到的查询，反之亦然?

我需要找到一个或多个序列，这些序列应该在Fasta中给出结果(匹配)，而在Blast中则不能，反之亦然. 我有点迷茫. 搜索此序列时应该寻找什么? 解决方案 当您说通过BLAST或FASTA查找序列时，我假设您的意思是在数据库中找到匹配项? 我认为FASTA可能比BLAST更好地发现异种序列之间的比对，但BLAST更好地比对相似序列. ..
发布时间：2020-09-21 03:31:44 其他开发

搜索具有退化位置的主题

我有一个15-mer核苷酸基序，该基序使用简并的​​核苷酸序列.例如:ATNTTRTCNGGHGCN. 我将搜索一组序列以查找该基序的出现.但是，我的其他序列是精确序列，即它们没有歧义. 我尝试在序列中执行for循环以进行搜索，但是我无法进行非精确搜索.我使用的代码是根据 Biopython食谱上的代码建模的. > for pos,seq in m.instances.search ..
发布时间：2020-09-21 03:30:42 Python

使用正则表达式搜索直到所需的模式

我正在使用以下正则表达式: orfre = '^(?:...)*?((ATG)(...){%d,}?(?=(TAG|TAA|TGA)))' % (aa) 我基本上想找到所有以ATG开头的序列，然后是三胞胎(例如TTA，TTC，GTC等)，直到找到框架中的终止密码子为止.但是，正如我写的正则表达式一样，如果aa很大，它实际上不会在终止密码子处停止.取而代之的是，它将继续搜索，直到找到一个满 ..
发布时间：2020-09-21 03:30:39 Python

在三个不同的框架下阅读

因此，我正在尝试创建一个类，该类在三个不同的帧中读取DNA字符串-一个从位置0(或第一个碱基)开始，另一个从位置1(第二个碱基)开始，另一个从位置1开始.从位置2(第三个底端)开始读取.到目前为止，这就是我一直在玩的东西: def codons(self, frame_one, frame_two, frame_three): start = frame_one ..
发布时间：2020-09-21 03:29:37 Python

解析具有多列的文本文件

我正在尝试提取以下文件中的11列中的每列: http://bioinfo.mc.vanderbilt.edu/TSGene/Human_716_TSGs.txt ...进入入门级大学生物信息学项目的标量列表.我的努力很有效，但并非十全十美，因为各列之间的空白量各不相同(请参见文件顶部以获取详细信息). use strict; use warnings; open FH, ' ..
发布时间：2020-09-21 03:29:34 其他开发

如何将值分组为数据集中的较小值集?

基本上，我有53个值的单列数据集.我要实现的目标是根据400点的差异将它们分为几组，范围从〜500到4500之间.如果需要，您可以含糊其词，并声明一个函数，其余的我可以解决 解决方案 一个dplyr选项 library(dplyr) df_test ..
发布时间：2020-09-21 03:29:30 其他开发

如何通过名称串联(合并)AAStringSet?

在生物信息学/微生物生态学文献中，一种相当普遍的做法是在构建系统树之前，将多个基因的多个序列比对连接起来.用R术语来说，可以说它们与来自的生物体“融合"起来更为清楚，但是我敢肯定例子是更好的. 说这是两个多重序列比对. library(Biostrings) set1 ..
发布时间：2020-09-21 03:29:27 其他开发

python bokeh图例超出了图的大小

我是python的新手，有人帮我编写了这段代码，但是我想更改一些参数: 首先从图例中找出图例的大小，有时图例变大(例如:D_0__细菌； D_1__Firmicutes； D_2__Clostridia； D_3__Clostridiales； D_4__Peptostreptococcaceae； D_5__Acetoanaerobium)，有时则很短(Acetoanaerobium)想要 ..
发布时间：2020-09-21 03:28:24 Python

在1kb的窗口中绘制覆盖深度?

我想绘制整个基因组的平均覆盖深度，并以递增的顺序排列染色体.我已经使用samtools计算了基因组每个位置的覆盖深度.我想生成一个图(使用1kb的窗口)，如图7所示:示例数据框: Chr locus depth chr1 1 20 chr1 2 24 chr1 3 26 chr2 1 53 chr2 2 71 chr2 ..
发布时间：2020-09-21 03:27:18 其他开发