根据文件名中的ID分配多个文件 [英] cat multiple files based on ID in filename

问题描述

我想先使用 cat 在下划线之前将具有类似ID的文件合并为一个文件。

想到了这样的事情：

I would like to combine files with similar ID before first underscore into one file using cat. How do I do this for multiple files like below?
Thought of something like this:

for f in *.R1.fastq.gz; do cat "$f" > "${f%}.fastq.gz"; done

in

9989_L004_R1.fastq.gz
9989_L005_R1.fastq.gz
9989_L009_R1.fastq.gz
9873_L008_R1.fastq.gz
9873_L005_R1.fastq.gz
9873_L001_R1.fastq.gz

out

9989.fastq.gz
9873.fastq.gz

推荐答案

for f in *_R1.fastq.gz; do cat "$f" >> "${f%%_*}.fastq.gz"; done

• >> 用于添加，


• $ {f %% _ *} 删除中最长的后缀$ f 匹配 _ * 。


• >> for appending,
• ${f%%_*} removes the longest suffix in $f matching _*.

这篇关于根据文件名中的ID分配多个文件的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！