如何使用ggplot绘制T-SNE聚类 [英] How to use ggplot to plot T-SNE clustering

问题描述

这是使用IRIS数据的t-SNE代码：

Here is the t-SNE code using IRIS data:

library(Rtsne)
iris_unique <- unique(iris) # Remove duplicates
iris_matrix <- as.matrix(iris_unique[,1:4])
set.seed(42) # Set a seed if you want reproducible results
tsne_out <- Rtsne(iris_matrix) # Run TSNE


# Show the objects in the 2D tsne representation
plot(tsne_out$Y,col=iris_unique$Species)

产生以下情节的地方：

我如何使用GGPLOT来绘制图形？

How can I use GGPLOT to make that figure?

推荐答案

我认为最简单/最干净的 ggplot 方式是将所需的所有信息存储在 data.frame中然后将其绘制。从上面粘贴的代码开始，这应该可以工作：

I think the easiest/cleanest ggplot way would be to store all the info you need in a data.frame and then plot it. From your code pasted above, this should work:

library(ggplot2)
tsne_plot <- data.frame(x = tsne_out$Y[,1], y = tsne_out$Y[,2], col = iris_unique$Species)
ggplot(tsne_plot) + geom_point(aes(x=x, y=y, color=col))

我使用常规 plot 函数绘制的图是：

My plot using the regular plot function is:

plot(tsne_out$Y,col=iris_unique$Species)

这篇关于如何使用ggplot绘制T-SNE聚类的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！