关于树状图的一些问题-python（Scipy） [英] Some questions on dendrogram - python (Scipy)

问题描述

我是scipy的新手，但我设法获得了预期的树状图。我还有其他问题；

1. 在树状图中，某些点之间的距离为 0 ，但不是$ b由于图像边框，$ b可见。如何删除边框并使
   的y轴下限为 -1 ，以便清晰可见。
   例如这些点之间的距离是 0 （13,17），（2,10），（4,8,19）


2. 如何我可以在特定距离上修剪/截断吗？例如 0.4


3. 如何将这些簇（修剪后）写入文件

我的python代码：

  import scipy 
 import pylab 
 import scipy.cluster.hierarchy as sch 
 import numpy as np 
 
 D = np.genfromtxt（'LtoR.txt'，dtype = None）
 def llf（id ）：
返回str（id）
图= pylab.figure（figsize =（10,10））
 Y = sch.linkage（D，method ='single'）
 Z1 = sch.dendrogram（Y，leaf_label_func = llf，leaf_rotation = 90）
 fig.show（）
 fig.savefig（'dendrogram.png'）
  

树状图：

谢谢。

解决方案

1。 fig.gca（）。set_ylim（-0.4,1.2）此处 gca（）返回当前的 axes 对象，因此可以给它起一个名字

  ax = fig.gca（） 
 ax.set_ylim（-0.4，ax.get_ylim（）[1]）$ ​​b $ b  

I am new to scipy but I managed to get the expected dendrogram. I am some more questions;

1. In the dendrogram, distance between some points are 0 but its not visible due to image border. How can I remove the border and make the lower limit of y-axis to -1, so that it is clearly visible. e.g. distance between these points are 0 (13,17), (2,10), (4,8,19)
2. How can I prune/truncate on a particular distance. for e.g. prune at 0.4
3. How to write these clusters(after pruning) to a file

My python code:

import scipy
import pylab
import scipy.cluster.hierarchy as sch
import numpy as np

D = np.genfromtxt('LtoR.txt', dtype=None)
def llf(id):
    return str(id)
fig = pylab.figure(figsize=(10,10))
Y = sch.linkage(D, method='single')
Z1 = sch.dendrogram(Y,leaf_label_func=llf,leaf_rotation=90)
fig.show()
fig.savefig('dendrogram.png')

Dendrogram:

thank you.

解决方案

1.fig.gca().set_ylim(-0.4,1.2) Here gca() returns the current axes object, so you can give it a name

ax=fig.gca()
ax.set_ylim(-0.4,ax.get_ylim()[1])

这篇关于关于树状图的一些问题-python（Scipy）的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！