R / Sweave参数 [英] R / Sweave arguments

问题描述

我使用R和Sweave以生成报告。

I'm using R and Sweave to generate a report.

研究CMD Sweave MyReport.Rnw

R CMD Sweave MyReport.Rnw

我希望能够发送参数给R code，因为该报告，当然，动态。所以，我希望能够做这样的事

I want to be able to send arguments to the R code because the report is , of course, "Dynamic".So, I would like to be able to do something like this:

研究CMD SWeave MyReport.Rnw PatientId = 5

R CMD SWeave MyReport.Rnw PatientId=5

...并有R $ C $℃的变读 PatientId 值...

...and have the R code read the PatientId value in a variable...

我如何做到这一点？使用环境变量有人提到但是这似乎是一个不完美的解决方案。

How do I do this? Somebody mentioned using environment variables but that's seems like a non-elegant solution.

推荐答案

要获得从研发从命令行传递的参数，你可以使用函数 commandArgs（），只可惜研究CMD Sweave 不支持额外的命令行选项。但是，你仍然可以调用Sweave通过研究-e ，例如

To get arguments passed from R command line, you can use the function commandArgs(), but unfortunately R CMD Sweave does not support extra command line options. However, you can still call Sweave by R -e, e.g.

R -e "Sweave('MyReport.Rnw')" --args PatientId=1

在 MyReport.Rnw ，你做一些文字处理上 commandArgs（TRUE），它给你的性格字符串 PatientId = 1 在这种情况下。

In MyReport.Rnw, you do some text processing on commandArgs(TRUE), which gives you a character string PatientId=1 in this case.

但我相信一个更好的做法是使用功能 Sweave（）在R脚本的直接的;例如在这种情况下，您可以编写过程中如

But I believe a better practice is to use the function Sweave() in an R script directly; e.g. in this case you can write the process in a script like

PatientId <- 1
Sweave("MyReport.Rnw")

和 MyReport.Rnw 使用全局变量 PatientId 直接。如果你想生成一个系列报道，你甚至可以用一个循环 PatientId 。

and in MyReport.Rnw you use the global variable PatientId directly. If you want to generate a series of reports, you can even use a loop for PatientId.

这篇关于R / Sweave参数的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！