&#39；通配符&#39；对象没有属性&#39；输出&#39； [英] 'Wildcards' object has no attribute 'output'

问题描述

我收到一个相当简单的规则的错误。我必须为另一个程序写一个任务文件，期望是一个TSV文件。我从配置文件中读取一定数量的参数，并使用shell命令将它们写入文件。

编码：

rule create_tasks:
    output:
        temp("tasks_{sample}.tsv")
    params:
        ID="{sample}",
        file=lambda wc: samples["path"][wc.sample] ,
        bigwig=lambda wc: samples["bigwig"][wc.sample] ,
        ambig=lambda wc: samples["ambig"][wc.sample] 
    shell:
        
        'echo -e "{params.ID}	{params.file}" > {output}' 

当我执行工作流时，我收到以下错误：

Building DAG of jobs...
Using shell: /usr/bin/bash
Provided cluster nodes: 1
Job counts:
        count   jobs
        1       create_tasks
        1

[Mon Oct 12 14:48:15 2020]
rule create_tasks:
    output: tasks_sampleA.tsv
    jobid: 0
    wildcards: sample=sampleA

echo -e "sampleA    /Path/To/sampleA.bed               " > tasks_sampleA.tsv
WorkflowError in line 23 of /path/to/workflow.snakefile:
'Wildcards' object has no attribute 'output'
  File "/path/to/miniconda/envs/snakemake_submit/lib/python3.8/site-packages/snakemake/executors/__init__.py", line 111, in run_jobs
  File "/path/to/miniconda/envs/snakemake_submit/lib/python3.8/site-packages/snakemake/executors/__init__.py", line 1233, in run 

我需要指出的是，其中两个变量为空，并且我预期echo命令中会出现制表符/空格。

有没有人能解释一下，为什么snakemake试图在通配符中查找输出？我特别困惑，因为它打印的是正确的命令。

推荐答案

我也遇到过同样的问题。 问题可能出在您从命令行调用Snakemake的方式上。 例如，这是我的Snakefile规则：

rule sort:
    input:
        "{file}.bam",
    output:
        "{file}.sorted.bam",
        "{file}.sorted.bai",
    shell:
        "sambamba sort {input}"

我甚至没有显式地将params或wildcards放在其中的任何位置。 但是当我在我的Slurm HPC上运行它时，我得到相同的错误：

snakemake -j 10 -c "sbatch {cluster.params}" -u cluster.yaml

Wildcards(注意大写)和params对象不在规则中。 它们来自规则的群集执行，并且在尝试分析cluster.yaml文件时引发错误。

我的cluster.yaml文件中没有sort规则的集群参数规范，因此引发了错误。 我通过添加

修复了此问题

sort:
    params: "..."

到我的cluster.yaml文件。 在您的情况下，在create_tasks: ...列表下添加集群深渊翻滚选项。 默认情况下，您还可以添加__default__: ...列表作为任何作业的默认深渊翻滚参数，除非它与其他规则匹配。

这篇关于&#39；通配符&#39；对象没有属性&#39；输出&#39；的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！