将purrr：：map2()与dbplyr配合使用 [英] Using purrr::map2() with dbplyr

问题描述

我正在尝试从一个表("positons")中选择行，其中某个特定列("position")的值在另一个("my_range")表中定义的范围内，然后从"my_range"表中添加分组标记。

我可以使用tibble和几个purrr::map2调用来实现这一点，但同样的方法不适用于dbplyr database-tibble。这是预期的行为吗？如果是，是否应该采取不同的方法来使用dbplyr执行此类任务？

下面是我的示例：

library("tidyverse")
set.seed(42)

my_ranges <-
  tibble(
    group_id = c("a", "b", "c", "d"),
    start = c(1, 7, 2, 25),
    end = c(5, 23, 7, 29)
    )

positions <-
  tibble(
    position = as.integer(runif(n = 100, min = 0, max = 30)),
    annotation = stringi::stri_rand_strings(n = 100, length = 10)
  )

# note: this works as I expect and returns a tibble with 106 obs of 3 variables:
result <- map2(.x = my_ranges$start, .y = my_ranges$end,
             .f = function(x, y) {between(positions$position, x, y)}) %>%
  map2(.y = my_ranges$group_id,
              .f = function(x, y){
                positions %>%
                  filter(x) %>%
                  mutate(group_id = y)}
) %>% bind_rows()

# next, make an in-memory db for testing:
con <- DBI::dbConnect(RSQLite::SQLite(), path = ":memory:")

# copy data to db
copy_to(con, my_ranges, "my_ranges", temporary = FALSE)
copy_to(con, positions, "positions", temporary = FALSE)

# get db-backed tibbles:
my_ranges_db <- tbl(con, "my_ranges")
positions_db <- tbl(con, "positions")

# note: this does not work as I expect, and instead returns a tibble with 0 obsevations of 0 variables:
# database range-based query:
db_result <- map2(.x = my_ranges_db$start, .y = my_ranges_db$end,
                  .f = function(x, y) {
                    between(positions_db$position, x, y)
                    }) %>%
  map2(.y = my_ranges_db$group_id,
       .f = function(x, y){
         positions_db %>%
           filter(x) %>%
           mutate(group_id = y)}
  ) %>% bind_rows()

推荐答案

dbplyr将R转换为SQL。SQL中不存在列表。map创建列表。因此，无法将map转换为SQL。

主要是dplyr函数和一些base函数是翻译的，据我了解，他们也在tidyr函数上工作。使用dbplyr时，请尝试在您的方法中使用SQL逻辑，否则它很容易中断。

这篇关于将purrr：：map2()与dbplyr配合使用的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！