如何将Conda环境与RStudio服务器一起使用？ [英] How can I use Conda environments with RStudio Server?

问题描述

对于我的数据科学项目，我使用conda跟踪所有已安装的包。

> conda create -n my_project R=3.4.1 r-tidyverse
> conda activate my_project
> which R 
/storage/apps/anaconda3/envs/my_project/bin/R
> R --version
R version 3.4.1 (2017-06-30) -- "Single Candle"

如何在rstudio-server内使用CONDA环境的R？ 我知道rsession-which-r配置选项，但这样我就不能在环境之间轻松切换。

RStudio

我创建了一个GitHub存储库，其中包含两个脚本，使您可以在推荐答案环境中以非守护模式启动RStudio服务器：rstudio-server-conda。

工作原理：

您可以在非守护模式(类似于jupyter notebook)中从 CONDA环境。

> conda activate my_project
> /usr/lib/rstudio-server/bin/rserver 
   --server-daemonize=0 
   --www-port 8787 
   --rsession-which-r=$(which R) 
   --rsession-ld-library-path=$CONDA_PREFIX/lib

为避免库路径出现其他问题，rsession还需要在conda环境中运行。这是通过将rsession包装到rsession.sh脚本中来实现的。包装的rsession可执行文件的路径可以作为命令行参数传递给rserver。

rserver # ...
    --rsession-path=rsession.sh

最后，当使用多个用户时，必须为每个用户生成唯一的secret-cookie-key。机密Cookie密钥的路径可以作为命令行参数传递给rserver。

uuid > /tmp/rstudio-server/${USER}_secure-cookie-key
rserver # ...
   --secure-cookie-key-file /tmp/rstudio-server/${USER}_secure-cookie-key

这篇关于如何将Conda环境与RStudio服务器一起使用？的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！