RCPPPARALLER RVECTOR PUSH_BACK或类似的东西？ [英] RcppParallel RVector push_back or something similar?

问题描述

我正在使用RcppParways来加速一些计算。然而，我在进程中耗尽了内存，因此我希望将超过某个相关性阈值结果保存在并行循环中。下面是一个玩具例子来说明我的观点：

#include <Rcpp.h>
#include <RcppParallel.h>
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::depends(RcppParallel)]]
// [[Rcpp::plugins(cpp11)]]
struct Example : public RcppParallel::Worker {
  RcppParallel::RVector<double> xvals, xvals_output, yvals;
  Example(const NumericVector & xvals, NumericVector & yvals, NumericVector & xvals_output) : 
    xvals(xvals), xvals_output(xvals_output), yvals(yvals) {}
  void operator()(std::size_t begin, size_t end) {
    for(std::size_t i=begin; i < end; i++) {
      double y = xvals[i] * (xvals[i] - 1);
      // if(y < 0) {
      //   xvals_output.push_back(xvals[i]);
      //   yvals.push_back(y);
      // }
      xvals_output[i] = xvals[i];
      yvals[i] = y;
    }
  }
};
// [[Rcpp::export]]
List find_values(NumericVector xvals) {
  NumericVector xvals_output(xvals.size());
  NumericVector yvals(xvals.size());
  Example ex(xvals, yvals, xvals_output);
  parallelFor(0, xvals.size(), ex);
  List L = List::create(xvals_output, yvals);
  return(L);
}

R代码为：

find_values(seq(-10,10, by=0.5))

注释掉的代码是我想要做的。

也就是说，我希望初始化一个空向量，并且只追加通过某个阈值的y值以及相关的x值。

在我的实际使用中，我正在计算一个MXN矩阵，因此内存是一个问题。

处理此问题的正确方法是什么？

推荐答案

如果任何人遇到类似的问题，这里有一个使用来自tbb的"并发向量"的解决方案(RcppParways在幕后使用它，并且可以作为头文件使用)。

#include <Rcpp.h>
#include <RcppParallel.h>
#include <tbb/concurrent_vector.h>
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::depends(RcppParallel)]]
// [[Rcpp::plugins(cpp11)]]
struct Example : public RcppParallel::Worker {
  RcppParallel::RVector<double> xvals;
  tbb::concurrent_vector< std::pair<double, double> > &output;
  Example(const NumericVector & xvals, tbb::concurrent_vector< std::pair<double, double> > &output) : 
    xvals(xvals), output(output) {}
  void operator()(std::size_t begin, size_t end) {
    for(std::size_t i=begin; i < end; i++) {
      double y = xvals[i] * (xvals[i] - 1);
      if(y < 0) {
        output.push_back( std::pair<double, double>(xvals[i], y) );
      }
    }
  }
};
// [[Rcpp::export]]
List find_values(NumericVector xvals) {
  tbb::concurrent_vector< std::pair<double, double> > output;
  Example ex(xvals,output);
  parallelFor(0, xvals.size(), ex);
  NumericVector xout(output.size());
  NumericVector yout(output.size());
  for(int i=0; i<output.size(); i++) {
    xout[i] = output[i].first;
    yout[i] = output[i].second;
  }
  List L = List::create(xout, yout);
  return(L);
}

输出：

> find_values(seq(-10,10, by=0.5))
[[1]]
[1] 0.5

[[2]]
[1] -0.25

这篇关于RCPPPARALLER RVECTOR PUSH_BACK或类似的东西？的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！