从R中的LME4包捕获融合消息 [英] capturing convergence message from lme4 package in R

问题描述

我想知道是否有办法编写逻辑测试(TRUE/FALSE)来显示lme4包中的模型是否已收敛？

下面是一个示例，我想捕获是否有任何模型带有收敛警告(即Model failed to converge)消息？

library(lme4)

dat <- read.csv('https://raw.githubusercontent.com/rnorouzian/e/master/nc.csv')

m <- lmer(math ~ ses*sector + (ses | sch.id), data = dat)

Warning message:
In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv,  :
  Model failed to converge with max|grad| = 0.00279 (tol = 0.002, component 1)

推荐答案

我们可以使用tryCatch，使用withCallingHandlers从this帖子中获取灵感。

dat <- read.csv('https://raw.githubusercontent.com/rnorouzian/e/master/nc.csv')

m <- tryCatch({
          withCallingHandlers({
            error <- FALSE
            list(model = lmer(math ~ ses*sector + (ses | sch.id), data = dat),
                 error = error)
          },warning = function(w) {
              if(grepl('failed to converge', w$message)) error <<- TRUE
          }
          )})


m$model
#Linear mixed model fit by REML ['lmerMod']
#Formula: math ~ ses * sector + (ses | sch.id)
#   Data: dat
#REML criterion at convergence: 37509.07
#Random effects:
# Groups   Name        Std.Dev. Corr
# sch.id   (Intercept) 1.9053       
#          ses         0.8577   0.46
# Residual             3.1930       
#Number of obs: 7185, groups:  sch.id, 160
#Fixed Effects:
#(Intercept)          ses       sector   ses:sector  
#     11.902        2.399        1.677       -1.322  
#convergence code 0; 0 optimizer warnings; 1 lme4 warnings 

m$error
#[1] TRUE

输出m是一个包含model和error元素的列表。

---

如果我们需要在创建模型后测试警告，可以使用：

is_warning_generated <- function(m) {
  df <- summary(m)
  !is.null(df$optinfo$conv$lme4$messages) && 
           grepl('failed to converge', df$optinfo$conv$lme4$messages)
}

m <- lmer(math ~ ses*sector + (ses | sch.id), data = dat)
is_warning_generated(m)
#[1] TRUE

这篇关于从R中的LME4包捕获融合消息的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！