Conda环境中意外的Python路径 [英] Unexpected python paths in conda environment
问题描述
在Conda环境中(这里base)，我对python路径中目录的顺序感到惊讶：
python -c "import sys; print(sys.path)"
['',
'/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/lib/python37.zip',
'/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/lib/python3.7',
'/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/lib/python3.7/lib-dynload',
'/export/home/db291g/.local/lib/python3.7/site-packages',
'/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/lib/python3.7/site-packages']
如您所见，我的本地非Conda路径：
/export/home/db291g/.local/lib/python3.7/site-packages
位于Conda对应项之前：
/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/lib/python3.7/site-packages
这意味着在miniconda3/lib/python3.7/site-packages中安装的包如果在.local/lib/python3.7/site-packages中找到，将被忽略。事实上，在.local/lib/python3.7/site-packages中，我使用的是NumPy 1.20，但在Conda环境中，我需要1.19，它已正确安装，但已被1.20取代。这似乎违背了使用Conda的意义。
是我的配置有问题，还是我遗漏了什么？
部分信息：
which python
/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/bin/python
python -V
Python 3.7.12
which conda
/export/projects/III-data/wcmp_bioinformatics/db291g/miniconda3/bin/conda
conda --version
conda 4.11.0
推荐答案
这是预期行为(请参阅PEP 370)，也是Anaconda recommended against user-level package installations的部分原因。
The site module负责在初始化时设置sys.path。The code in site.py在附加前缀站点之前专门附加用户站点，这就是导致此优先顺序的原因。根据PEP 370的动机，用户将在系统级别安装一个Python，但希望在用户级别确定他们安装的包的优先级，因此用户站点应该在前缀站点之前加载。
选项
有几种方法可以避免加载用户级网站包。
1：环境变量
环境变量PYTHONNOUSERSITE将切换用户级site-packages的加载。即
PYTHONNOUSERSITE=1 python -c "import sys; print(sys.path)"
2：Python-s标志
或者，Python二进制文件有一个-s参数，专门用于禁用用户级站点包。
python -s -c "import sys; print(sys.path)"
3：删除(并避免将来)用户级安装
The Conda recommendation是完全避免pip install --user，这将被解释为应该从系统中删除~/.local/lib/python*文件夹。
4：自动CONDA环境变量
Conda Forge包
The Conda Forge package conda-ecosystem-user-package-isolation将在环境激活期间自动设置PYTHONNOUSERSITE=1。
如果希望默认情况下所有环境都具有此类隔离，请考虑将以下内容添加到create_default_packages配置列表：
conda config --add create_default_packages conda-ecosystem-user-package-isolation
请注意，此程序包还设置R_LIBS_USER="-"，将所有R环境与用户级别程序包隔离。
替代包
如果您需要更精细的选项，我还创建了仅设置PYTHONNOUSERSITE=1和PYTHONPATH=""环境变量的单独程序包，可以使用：
## set PYTHONNOUSERSITE=1
conda install merv::envvar-pythonnousersite-true
## clear PYTHONPATH
conda install merv::envvar-pythonpath-null
这篇关于Conda环境中意外的Python路径的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！
