仅打开图像的一部分(JPEG/TIFF等)在R中 [英] Open only part of an image (JPEG/TIFF etc.) in R

问题描述

我正在分析R中非常大的图像，大约是数万个像素的正方形。不幸的是，即使有64 GB的内存，这些图像有时也无法装入内存，而当它们装入内存时，我一次只能打开一个，这就排除了并行化的可能性。

我目前的策略是使用JPEG或TIFF包加载它们。例如：

image <- readJPEG('image.jpg')

但是，因为我只执行简单的数学运算(求和、阈值等)。这可以逐块执行，是否可以通过指定要加载的尺寸一次只能打开图像的一部分？如果是这样的话，我可以编写一个循环来打开1024x1024大小的瓷砖。JPEG和TIFF包不提供执行此操作的选项。

推荐答案

结果是，有一个R包--RBioFormats--允许您指定要打开的图像的一部分(尽管它在CRAN上不可用)。可以从Git安装它，如下所示：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("aoles/RBioFormats") # You might need to first run `install.packages("devtools")`
library(RBioFormats)

无需打开图像即可从元数据中读取图像的尺寸：

metadata <- read.metadata('image.tiff')
xdim <- metadata@.Data[[1]]$sizeX
ydim <- metadata@.Data[[1]]$sizeY

假设我们要加载左上角的512 x 512像素，我们使用subset函数：

image <- read.image('image.tiff', subset = list(X = 1:512, y = 1:512))

因此，编写循环来迭代处理整个大图像是微不足道的。RBioFormats是Java BioFormats库的R接口，将打开TIFF、PNG、JPEG以及许多专有的图像格式。

这篇关于仅打开图像的一部分(JPEG/TIFF等)在R中的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！