使用`prComp`输出摘要的`累计比例`部分生成累计对总方差贡献的屏幕图 [英] Generating a scree plot of the cumulative contribution to total variance by using the `Cumulative Proportion` part of the `prcomp` output summary
本文介绍了使用`prComp`输出摘要的`累计比例`部分生成累计对总方差贡献的屏幕图的处理方法,对大家解决问题具有一定的参考价值,需要的朋友们下面随着小编来一起学习吧!
问题描述
我目前正在学习主成分分析和Rprcomp
函数。我的代码如下:
library(dplyr)
iris1 = mutate( iris,
Species = factor( Species),
logSepalLength = log10( Sepal.Length ),
logSepalWidth = log10( Sepal.Width ),
logPetalLength = log10( Petal.Length ),
logPetalWidth = log10( Petal.Width ),
) %>%
dplyr::select(Species, starts_with("log") )
iris1.PCA = prcomp( ~ logSepalLength +
logSepalLength +
logSepalWidth +
logPetalLength +
logPetalWidth,
data = iris1, scale. = FALSE )
summary(iris1.PCA)
summary(iris1.PCA)
的输出如下:
Importance of components:
PC1 PC2 PC3 PC4
Standard deviation 0.4979 0.06009 0.05874 0.02337
Proportion of Variance 0.9702 0.01413 0.01350 0.00214
Cumulative Proportion 0.9702 0.98436 0.99786 1.00000
我想使用gglot生成一个很好的Scree图,显示每个主成分对总方差的累积贡献。我可以手动计算,从协方差矩阵开始,使用类似cumsum(eigenvals)/iris1.cov.trace
的内容。但是,根据summary(iris1.PCA)
,prcomp
产量已经为我们计算了累计比例!那么,我们如何利用对象和部分来生成漂亮的屏幕图呢?我知道我们可以手动复制输出值,但我正在寻找一种更自动化的解决方案(因为硬复制值不是好的软件工程实践)。
ifound使用ggplot
的Scree图的示例(尽管它不使用累计对总方差的贡献):
var_explained_df %>%
ggplot(aes(x=PC,y=var_explained, group=1))+
geom_point(size=4)+
geom_line()+
labs(title="Scree plot: PCA on scaled data")
推荐答案
以下是使用PCA输出的示例。摘要中的sdev
元素是所解释的标准偏差。解释的方差是标准差的平方(即,方差)除以所有标准差的平方和。
s <- summary(iris1.PCA)
dat <- data.frame(
component = factor(1:length(s$sdev), labels=paste0("PC", 1:length(s$sdev))),
var_explained = s$sdev^2/sum(s$sdev^2)
)
library(scales)
ggplot(dat, aes(y=var_explained)) +
geom_line(aes(x=component, group=1)) +
geom_point(aes(x=component)) +
labs(x="Component", y="% Variance Explained") +
scale_y_continuous(labels=percent) +
theme_bw() +
ggtitle("Scree plot: PCA on Scaled Data")
这篇关于使用`prComp`输出摘要的`累计比例`部分生成累计对总方差贡献的屏幕图的文章就介绍到这了,希望我们推荐的答案对大家有所帮助,也希望大家多多支持IT屋!
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