从常规的前pression选择数字 [英] selecting digits from regular expression

问题描述

我有数据设置如下：

 引用：
HBOND摘要
输出到文件HB_lowLyo_D_lipid_A_water_001_064.tbl，
数据排序，内残留的相互作用不包括在内，
距离截止是4.00埃，角度截止是120.00度
对于倾倒入住率和GT氢键的信息; 0.00DONOR ACCEPTORH ACCEPTOR
原子＃@水库原子一个原子＃@ RES原子一个原子＃@ RES原子％占据角距离
| 4645 58 @ O12 | 23489 1174 // @ H1 23488 1174 // @Ô| 22.79 2.945（0.28）26.79（14.41）
| 4645 58 @ O12 | 23490 1174 // @ H2 23488 1174 // @Ô| 22.49 2.965（0.31）28.01（14.47）
| 2701 34 @ O12 | 23333 1122 // @ H1 23332 1122 // @Ô| 20.60 2.965（0.23）30.07（14.18）
| 2701 34 @ O12 | 23334 1122 // @ H2 23332 1122 // @Ô| 19.74 2.963（0.23）31.43（13.88）
| 271 4 @ O12 | 23334 1122 // @ H2 23332 1122 // @Ô| 19.70 2.825（0.19）21.92（12.15）
| 271 4 @ O12 | 23333 1122 // @ H1 23332 1122 // @Ô| 19.55 2.826（0.19）22.22（12.71）
| 4655 58 @ O16 | 21156 396 @ H2 21154 396 @Ô| 19.43 2.933（0.22）31.95（15.18）
| 4658 58 @ O15 | 21156 396 @ H2 21154 396 @Ô| 18.96 3.163（0.27）37.03（14.63）
| 4310 54 @ O26 | 23202 1078 // @ H2 23200 1078 // @Ô| 18.73 2.821（0.24）25.87（13.92）
| 4655 58 @ O16 | 21155 396 @ H1 21154 396 @Ô| 18.63 2.917（0.22）31.91（15​​.​​00）
| 1820 23 @ O16 | 21167 400 @ H1 21166 400 @Ô| 18.14 2.910（0.22）27.20（13.87）
| 1820 23 @ O16 | 21168 400 @ H2 21166 400 @Ô| 17.96 2.907（0.21）26.69（13.86）
| 3845 48 @ O16 | 23454 1162 // @ H2 23452 1162 // @Ô| 17.68 2.991（0.31）28.45（14.88）
| 4658 58 @ O15 | 21155 396 @ H1 21154 396 @Ô| 17.31 3.177（0.27）38.82（14.69）
| 3845 48 @ O16 | 23453 1162 // @ H1 23452 1162 // @Ô| 17.29 3.016（0.32）28.84（14.57）
| 1489 @ 19 O13 | 23201 1078 // @ H1 23200 1078 // @Ô| 16.66 2.884（0.23）31.39（15.56）
| 3824 48 @ O26 | 21099 377 @ H2 21097 377 @Ô| 15.44 2.992（0.30）30.78（15.01）
| 4253 53 @ O15 | 23454 1162 // @ H2 23452 1162 // @Ô| 14.98 2.961（0.27）33.71（15.​​09）
| 1459 @ 19 O22 | 23201 1078 // @ H1 23200 1078 // @Ô| 14.84 3.012（0.33）35.08（16.12）
| 1081 14 @ O12 | 21173 402 @ H1 21172 402 @Ô| 14.76 2.937（0.24）27.54（14.26）
| 4253 53 @ O15 | 23453 1162 // @ H1 23452 1162 // @Ô| 14.63 2.955（0.25）33.68（15.11）
| 1081 14 @ O12 | 21174 402 @ H2 21172 402 @Ô| 14.41 2.944（0.25）28.34（14.35）
| 3824 48 @ O26 | 21098 377 @ H1 21097 377 @Ô| 13.70 3.002（0.30）31.00（15.21）
| 3845 48 @ O16 | 21156 396 @ H2 21154 396 @Ô| 13.06 2.934（0.26）27.71（14.05）
。
。
。
 

有总共约40,000线。

我想选择的条件第3，并在1-64之间的范围内第6场秋季数字的@符号之前。

线

我曾尝试与AWK像这样code

 的awk'$ 3〜/ ^ [0-9] /＆放大器;＆安培; $ 6〜/ ^ [0-9] / {}打印hhHB_LL1000_D_lipid_A_water_001_064.tbl |头
 

解决方案

如果我正确跨preT您的输入，这些都是应落在区间[1-64]中的字段：

  | 4645 58 @ O12 | 23489 1174 // @ H1 23488 1174 // @Ô| 22.79 2.945（0.28）26.79（14.41）
       ^^
_______ | ______ |
 

据我所知，没有什么你，你已经张贴输入有这种行为...

使用以下awk脚本：

  / ^ | / {
    拆分（$ 3，@）
    拆分（$ 6，B，@）
    如果（一个[1]≥= 1和;＆放大器;一个[1] = 64＆放大器;和b [1]≥= 1和;和b [1] = 64）打印
}
 

如果我加一条线，你输入：

  | 3845 48 @ O16 | 21156 39 @ H2 21154 396 @Ô| 13.06 2.934（0.26）27.71（14.05）
       ^^
_______ | ______ |
 

本脚本输出：

  $ AWK -f digits.awk digits.txt
| 3845 48 @ O16 | 21156 39 @ H2 21154 396 @Ô| 13.06 2.934（0.26）27.71（14.05）
 

I have data set as below:

Quote:
HBOND SUMMARY 
output to file HB_lowLyo_D_lipid_A_water_001_064.tbl, 
data was sorted, intra-residue interactions are NOT included, 
Distance cutoff is 4.00 angstroms, angle cutoff is 120.00 degrees 
Hydrogen bond information dumped for occupancies > 0.00 

DONOR ACCEPTORH ACCEPTOR 
atom# res@atom atom# res@atom atom# res@atom %occupied distance angle 
| 4645 58@O12 | 23489 1174@H1 23488 1174@O | 22.79 2.945 ( 0.28) 26.79 (14.41) 
| 4645 58@O12 | 23490 1174@H2 23488 1174@O | 22.49 2.965 ( 0.31) 28.01 (14.47) 
| 2701 34@O12 | 23333 1122@H1 23332 1122@O | 20.60 2.965 ( 0.23) 30.07 (14.18) 
| 2701 34@O12 | 23334 1122@H2 23332 1122@O | 19.74 2.963 ( 0.23) 31.43 (13.88) 
| 271 4@O12 | 23334 1122@H2 23332 1122@O | 19.70 2.825 ( 0.19) 21.92 (12.15) 
| 271 4@O12 | 23333 1122@H1 23332 1122@O | 19.55 2.826 ( 0.19) 22.22 (12.71) 
| 4655 58@O16 | 21156 396@H2 21154 396@O | 19.43 2.933 ( 0.22) 31.95 (15.18) 
| 4658 58@O15 | 21156 396@H2 21154 396@O | 18.96 3.163 ( 0.27) 37.03 (14.63) 
| 4310 54@O26 | 23202 1078@H2 23200 1078@O | 18.73 2.821 ( 0.24) 25.87 (13.92) 
| 4655 58@O16 | 21155 396@H1 21154 396@O | 18.63 2.917 ( 0.22) 31.91 (15.00) 
| 1820 23@O16 | 21167 400@H1 21166 400@O | 18.14 2.910 ( 0.22) 27.20 (13.87) 
| 1820 23@O16 | 21168 400@H2 21166 400@O | 17.96 2.907 ( 0.21) 26.69 (13.86) 
| 3845 48@O16 | 23454 1162@H2 23452 1162@O | 17.68 2.991 ( 0.31) 28.45 (14.88) 
| 4658 58@O15 | 21155 396@H1 21154 396@O | 17.31 3.177 ( 0.27) 38.82 (14.69) 
| 3845 48@O16 | 23453 1162@H1 23452 1162@O | 17.29 3.016 ( 0.32) 28.84 (14.57) 
| 1489 19@O13 | 23201 1078@H1 23200 1078@O | 16.66 2.884 ( 0.23) 31.39 (15.56) 
| 3824 48@O26 | 21099 377@H2 21097 377@O | 15.44 2.992 ( 0.30) 30.78 (15.01) 
| 4253 53@O15 | 23454 1162@H2 23452 1162@O | 14.98 2.961 ( 0.27) 33.71 (15.09) 
| 1459 19@O22 | 23201 1078@H1 23200 1078@O | 14.84 3.012 ( 0.33) 35.08 (16.12) 
| 1081 14@O12 | 21173 402@H1 21172 402@O | 14.76 2.937 ( 0.24) 27.54 (14.26) 
| 4253 53@O15 | 23453 1162@H1 23452 1162@O | 14.63 2.955 ( 0.25) 33.68 (15.11) 
| 1081 14@O12 | 21174 402@H2 21172 402@O | 14.41 2.944 ( 0.25) 28.34 (14.35) 
| 3824 48@O26 | 21098 377@H1 21097 377@O | 13.70 3.002 ( 0.30) 31.00 (15.21) 
| 3845 48@O16 | 21156 396@H2 21154 396@O | 13.06 2.934 ( 0.26) 27.71 (14.05)    
. 
.
.

There are total of about 40,000 lines.

I want to choose lines with the condition the digits in 3rd and 6th field fall in the range between 1-64 before the "@" symbol.

I have tried with the awk something like this code

awk '$3 ~ /^[0-9]/ && $6 ~ /^[0-9]/  {print}'  hhHB_LL1000_D_lipid_A_water_001_064.tbl | head

解决方案

If I interpret your input correctly, these are the fields that should fall within the range [1-64]:

| 4645 58@O12 | 23489 1174@H1 23488 1174@O | 22.79 2.945 ( 0.28) 26.79 (14.41)
       ^              ^
_______|        ______|

As far as I can tell, nothing in you're input that you have posted has this behavior...

Use this awk-script:

/^|/{
    split($3, a, "@")
    split($6, b, "@")
    if(a[1] >= 1 && a[1] <= 64 && b[1] >=1 && b[1] <= 64) print
}

If I add a a line to you're input:

| 3845 48@O16 | 21156 39@H2 21154 396@O | 13.06 2.934 ( 0.26) 27.71 (14.05)
       ^              ^
_______|        ______|

This script outputs:

$ awk -f digits.awk digits.txt 
| 3845 48@O16 | 21156 39@H2 21154 396@O | 13.06 2.934 ( 0.26) 27.71 (14.05)

这篇关于从常规的前pression选择数字的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！