从的R脚本运行bash脚本 [英] Run a bash script from an R script

问题描述

所以，我有我想从CMD行中使用，一个文件转换为另一种这个程序samtools。它的工作原理是这样的：

 的bash-4.2 $ samtools查看filename.bam | AWK'{OFS =\\ t的;打印＆GT;$ 1\\ n$ 10}' - ＆GT; filename.fasta
 

因为我想自动执行此，我想通过使用的R脚本来自动完成它。我知道你可以使用system（）来运行操作系统命令，但我不能让它通过努力工作

 系统（samtools查看filename.bam | awk的'{OFS =\\ t的;打印＆GT;$ 1\\ n$ 10}' - ＆GT; filename.fasta）
 

这是否只是一种使用正则表达式来摆脱空间和东西，所以逗号次论证系统（命令）是可读的事？我该怎么做呢？

编辑：

  

系统（samtools查看filename.bam | awk的'{OFS =\\ t的;打印>$ 1\\ n$ 10}' - > first_batch_1.fasta）
  错误：意外输入系统（samtools查看filename.bam | awk的'{OFS =\\

EDIT2：

  

系统（samtools查看filename.bam | awk的'{OFS = \\\\ t \\打印\\> \\$ 1 \\\\ n \\$ 10}' - > filename.fasta）

  AWK：CMD。行：1：{OFS =;打印＆GT;$ 1
AWK：CMD。行：1：^未终止的字符串
AWK：CMD。行：1：{OFS =;打印＆GT;$ 1
AWK：CMD。行：1：^语法错误
＆GT;
 

EDIT3：
而获奖者是：

 系统（samtools查看filename.bam | awk的'{OFS = \\\\\\牛逼\\打印\\＆GT; \\$ 1 \\\\\\ñ\\$ 10个}' - ＆GT; filename.fasta）
 

解决方案

要调试这个问题的方法是使用猫来测试是否您的字符串已经正确转义。所以：

1. 创建一个对象 X 与字符串


2. 仔细逃避所有的特殊字符，在这种情况下引号和反斜杠


3. 使用猫（X）检查结果字符串。

例如：

  X＆LT;  - 'samtools查看filename.bam | awk的\\'{OFS =\\\\ T;打印＆GT;$ 1\\\\ N$ 10} \\' - ＆GT; filename.fasta猫（X）
samtools查看filename.bam | AWK'{OFS =\\ t的;打印＆GT;$ 1\\ n$ 10}' - ＆GT; filename.fasta
 

如果这给正确的字符串，那么你应该能够使用

 系（x）
 

So I have this programme samtools that I want to use from cmd line, converting one file to another. It works like this:

bash-4.2$ samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta

As I want to automate this, I would like to automate it by using an R script. I know you can use system() to run an OS command, but I cannot get it to work by trying

system(samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta)

Is it just a matter of using regexes to get rid of spaces and stuff so the comma nd argument system(command) is readable? How do I do this?

EDIT:

system("samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > first_batch_1.fasta") Error: unexpected input in "system("samtools view filename.bam | awk '{OFS="\"

EDIT2:

system("samtools view filename.bam | awk '{OFS=\"\t\"; print \">\"$1\"\n\"$10}' - > filename.fasta")

awk: cmd. line:1: {OFS="    "; print ">"$1"
awk: cmd. line:1:                         ^ unterminated string
awk: cmd. line:1: {OFS="    "; print ">"$1"
awk: cmd. line:1:                         ^ syntax error
> 

EDIT3: And the winner is:

system("samtools view filename.bam | awk '{OFS=\"\\t\"; print \">\"$1\"\\n\"$10}' -> filename.fasta")

解决方案

The way to debug this is to use cat to test whether your character string has been escaped correctly. So:

1. Create an object x with your string
2. Carefully escape all the special characters, in this case quotes and backslashes
3. Use cat(x) to inspect the resulting string.

For example:

x <- 'samtools view filename.bam | awk \'{OFS="\\t"; print ">"$1"\\n"$10}\' - > filename.fasta'

cat(x)
samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta

If this gives the correct string, then you should be able to use

system(x)

这篇关于从的R脚本运行bash脚本的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！