R将整个数据帧中的字母转换为数字 [英] R Converting letters to numbers in entire dataframe

问题描述

我无法在数据框的所有列上应用 chartr（）函数，以将字母转换为数字。

$ b $我管理在单列上进行管理，但我希望能够在整个数据框架上执行此操作。以下是我的数据示例：

  ID = c（1,2,3）
 POS1 = c 'AG'，'GC'，'TT'）
 POS2 = c（'GT'，'CC'，'TC'）
 POS3 = c（'GG'，'CT' '）
 DF = data.frame（ID，POS1，POS2，POS3）
 
 DF $ POS1X<  -  chartr（'ACGT'，'1234'，DF $ POS1）
 
 ID POS1 POS2 POS3 POS1X 
 1 1 AG GT GG 13 
 2 2 GC CC CT 32 
 3 3 TT TC AT 44 
  

从代码中可以看出，我要将A转换为1，将C转换为2，将G转换为3，将T转换为4.我有40 +列，因此重复与上述相同的命令40+次将是不切实际的（特别是如果我遇到相同的问题后来说几百列）

ykl

解决方案

为什么不使用 lapply ？

  DF2 < -  DF ##以不覆盖原始DF 
 DF2 [-1]<  -  lapply（DF2 [-1]，chartr，old =ACGT，new =1234）
 DF2 
＃ID POS1 POS2 POS3 
＃1 1 13 34 33 
＃2 2 32 22 24 
＃3 3 44 42 14 
  / pre> 
 
 
现在，您有两个具有等效列名称的数据帧，我发现比将旧列添加到旧数据更容易进行比较。特别是当有很多列时。
 
I am having trouble applying the chartr() function on all columns of my data frame for converting letters to numbers.

I managed doing it on single columns, yet I want to be able to do it on the entire data frame. Here is an example of my data:
ID = c(1,2,3)
POS1 = c('AG','GC','TT')
POS2 = c('GT','CC','TC')
POS3 = c('GG','CT','AT')
DF = data.frame(ID,POS1,POS2,POS3)

DF$POS1X <- chartr('ACGT','1234',DF$POS1)

  ID POS1 POS2 POS3 POS1X
1  1   AG   GT   GG    13
2  2   GC   CC   CT    32
3  3   TT   TC   AT    44
As seen from the code, I want to convert A to 1, C to 2, G to 3, and T to 4. I have 40+ columns and thus repeating the same command as above 40+ times would be impractical (especially if I run into the same problem later on with say hundreds of columns)

Sincerily,
ykl
解决方案
Why not use lapply?
DF2 <- DF ## to not overwrite the original DF
DF2[-1] <- lapply(DF2[-1], chartr, old = "ACGT", new = "1234")
DF2
#   ID POS1 POS2 POS3
# 1  1   13   34   33
# 2  2   32   22   24
# 3  3   44   42   14
Now you have two data frames with equivalent column names which I find easier to compare than appending new columns to the old data.  Especially when there are many many columns.

                        
这篇关于R将整个数据帧中的字母转换为数字的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！