Rscript调用错误，但不是R IDE [英] Error with Rscript call, but not R IDE

问题描述

我将一些数据从SQLite数据库拉到R中的一个数据框架中。其中一个字段是一个日期字段，它在R中显示为一个字符域（使用sqldf包）：

  dat $ dt：chr2014-10-072014-10-072014-10-072014-10- 07... 
  

我需要将其转换为日期。 将此列转换为日期在Rstudio中正常工作，但在将该文件称为Rscript时不会。

日期转换调用：

  dat $ as_date<  -  as.Date（dat $ run_date）
  pre> 
 
 
外壳调用（Mac OSX）：
  Rscript my_file。 R'my_thing'
  
来自Rstudio的电话：
 系统（粘贴（Rscript my_file.R，'my_thing'））
  
错误消息（与Rstudio中的shell或Rscript调用相同）：
  as.Date.numeric中的错误（dat $ dt）：
'origin'必须提供
调用：as.Date  - > as.Date.numeric 
执行停止
  
我已经尝试提供原点和格式相同的结果：
  dat $ as_date<  -  as.Date（dat $ dt，format ='％Y-％m - ％d'）
 dat $ as_date<  -  as.Date（dat $ dt，origin =1970-01-01）
  
 为什么as.Date（）转换在IDE中工作，但不能作为Rscript调用，如何解决？ 
 
 
 
 编辑： 
 
 
 
感谢您的输入，下面是脚本的相关部分整个事情是〜1000行）。它从文件的顶部直到执行停止的失败与as.Date（）调用：
 
 
 
 my_file.R：
 ＃！/ usr / bin / R 
 suppressMessages（require（sqldf））
 suppressMessages（require（dplyr））
 （$（$）
 
 args<  -  commandArgs（TRUE）
 THING<  -  args [1] 
 sq < -  dbConnect（SQLite（），dbname =db2.sqlite3）
 
 dat<  -  dbGetQuery（conn = sq，sprintf（'select * from db_table where db_thing =％s'，paste（shQuote（THING），collapse = ）））
 
 dat<  -  filter（dat，！grepl（'exclude'，comment））
 
 dat $ the_date<  -  as.Date dt）
  
我还编辑了Rscript调用，就像我包含args一样。
 
 
 
这是数据结构;没有可以看到的因素。
 'data.frame'：128 obs。的2个变量：
 $ dt：chr2014-10-072014-10-072014-10-072014-10-07... 
 $评论： chr
  
日期字段的行为与R（例如使用SQL和python）。
解决方案
事实证明，我的一个Rscript调用有一个空格（例如 Rscript我的东西），使数据帧中没有数据，因此，$ code> as.Date（）错误
 
 
 
我可以按照以下方式模拟错误（对原来的Dirk支持）：
  Rscript -e'print（as.Date（0，format =％Y-％m-％d））'
 
 as.Date.numeric中的错误（0，format =％Y-％m-％d）：
'origin'必须提供
调用：print  - >日期 - > as.Date.numeric 
执行停止
  
对于系统调用，我添加了shQuote（）在Rscript调用中，解决了这个问题。
  my_thing ='有空格的东西
 
系统（粘贴（Rscript my_file.R，shQuote（my_thing）））
  
  TLDR：错误在Rscript的电话中，Dirk的建议将问题解决成最简单的形式是很好的建议。 
 
I'm pulling some data from an SQLite database into a data frame in R.  One of the fields is a date field, which appears as a character field once pulled in R (using sqldf package):
dat$dt    : chr  "2014-10-07" "2014-10-07" "2014-10-07" "2014-10-07" ...
I need to convert this back to a date.  Converting this column to a date works fine when in Rstudio, but not when I call the file as an Rscript.

Date conversion call:
dat$as_date <- as.Date(dat$run_date)
Shell call (Mac OSX):
Rscript my_file.R 'my_thing'
Call from Rstudio:
system(paste("Rscript my_file.R, 'my_thing'"))
Error message (same from shell or Rscript call in Rstudio):
Error in as.Date.numeric(dat$dt) : 
'origin' must be supplied
Calls: as.Date -> as.Date.numeric
Execution halted
I've tried supplying an origin and format with the same results:
dat$as_date <- as.Date(dat$dt, format = '%Y-%m-%d')
dat$as_date <- as.Date(dat$dt, origin="1970-01-01")
Why would the as.Date() conversion work within the IDE, but not as an Rscript call and how can this be fixed?

Edit:

Thanks for the input so far, below is the relevant part of script (the whole thing is ~1000 lines). It goes from the top of the file until the failure where execution stops with the as.Date() call:

my_file.R:
#!/usr/bin/R
suppressMessages(require(sqldf))
suppressMessages(require(dplyr))
suppressMessages(require(reshape2))

args <- commandArgs(TRUE)
THING <- args[1]
sq <- dbConnect(SQLite(), dbname="db2.sqlite3")

dat <- dbGetQuery(conn = sq, sprintf('select * from db_table where db_thing=%s', paste(shQuote(THING),collapse=",")))

dat <- filter(dat, !grepl('exclude', comment))

dat$the_date <- as.Date(dat$dt)
I've also edited the Rscript call, as I do include args.

Here is the data structure; no factors that I can see.
 'data.frame':  128 obs. of  2 variables:
 $ dt: chr  "2014-10-07" "2014-10-07" "2014-10-07" "2014-10-07" ...
 $ comment : chr  "" "" "" "" ...
The date field does behave as expected outside of R (e.g. with SQL and python).
解决方案
It turns out that one of my Rscript calls had a space in it (e.g.Rscript my thing), such that there was no data in the dataframe and thus, the as.Date() error.

I was able to simulate the error as follows (props to Dirk for the original):
Rscript -e 'print(as.Date(0, format="%Y-%m-%d"))'

Error in as.Date.numeric(0, format = "%Y-%m-%d") : 
'origin' must be supplied
Calls: print -> as.Date -> as.Date.numeric
Execution halted
For the system call, I added shQuote() within the Rscript call, which solved the problem.
my_thing = 'something with spaces'

system(paste("Rscript my_file.R, shQuote(my_thing)"))
TLDR: The error was in the Rscript call, Dirk's advice to break the problem down into it's most simple form was excellent advice.

                        
这篇关于Rscript调用错误，但不是R IDE的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！