将数据帧导出到R中的文本文件时出错 [英] Error when exporting dataframe to text file in R
问题描述
我错过了一个文本文件，在if（inherits（X [[j]]，data.frame）& ncol（xj）> 1L）
X [[j]]< - as.matrix（X [ j]]）：
缺少值，其中TRUE / FALSE需要
我使用了以下命令对于导出：
write.table（df，file ='dfname.txt'，sep ='\t'）
我不知道问题可能源于什么。至于缺少需要TRUE / FALSE的数据，我只有一列包含TRUE / FALSE值，并且这些值都不丢失。
数据框的内容：
> str（df）
'data.frame'：776 obs。 15个变量：
$年龄：因子w / 4级别，A，J，SA：2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ...
$性别：因素w / 2级别F，M：1 1 1 1 2 2 2 2 2 ...
$代表：因素w / 11级别L，NR，NRF ，...：1 1 4 4 2 2 2 2 2 2 ...
$ FA：num 61.5 62.5 60.5 61 59.5 59.5 59.1 59.2 59.8 59.9 ...
$质量：数字20 19 16.5 17.5 NA 14 NA 23 19 18.5 ...
$ Vir1：num 999 999 999 999 999 999 999 999 999 999 999 ...
$ Vir2：num 999 999 999 999 999 999 999 999 999 999 ..
$ Vir3：num 40 999 999 999 999 999 999 999 999 999 ...
$位置：因素w / 4级Loc1，..：4 4 4 4 4 4 2 2 2 2 ...
$网站：因子w / 6级别A，B，C，...：5 5 5 5 5 5 3 3 3 3 ...
$日期：日期格式：2010-08-302010-08-30...
$记录：int 35 34 39 49 69 38 145 112 125 140 ...
$ SampleID：因子w / 776水平AT1-A-F1，AT1-A-F10，..：525 524 527 528
529 526 111 78
88 110 ...
$ Vir1Inc：logi FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE ...
$月：'data.frame'：776 obs。的2个变量：
.. $日期：日期格式：2010-08-302010-08-30...
.. $月：因素w / 19级四月-2011，2010年8月，...：2 2 2 2
2 2 18 18 18 18 ...
我希望我给了足够的/正确的信息...
非常感谢，
Heather
agstudy的解决方案提供了一个很好的快速修复，但是有一个简单的替代/一般解决方案不必在数据框架中指定元素（嵌套）：
以下位只是从 agstudy的解决方案获取嵌套的数据框架 dd ：
Month = data.frame（Dates = as.Date（2003-02-01）+ 1:15，
Month = gl ，2,15））
dd< - data.frame（Age = 1：15）
dd $月< - Mont你可以使用 akhilsbehl的 LinearizeNestedList（）函数（其中mrdwab提供 here ）来平铺（或线性化）嵌套级别： library（devtools）
source_gist（4205477）#loads函数
ddf< - LinearizeNestedList（dd，LinearizeDataFrames = TRUE）
＃ddf现在是一个包含两个元素（年龄和月份）的列表
ddf< - LinearizeNestedList（ddf，LinearizeDataFrames = TRUE）
＃ddf现在是一个包含3个元素（年龄，`月/日期和月/月）的列表
ddf< - as.data.frame.list（ddf）
＃将扁平化/线性化列表转换为data.frame
ddf 现在是一个没有嵌套的数据框。但是，列名仍然反映了嵌套结构：
name（ddf）
[1]Age月份日期Month.Month
如果你想改变这个（在这种情况下似乎在日期之前编写的 Month。可以使用 gsub code>和我从Sacha Epskamp复制的一些正则表达式，以删除列名之前的所有文本， code> 。
names（ddf）< - gsub（。* \\。，，names（ddf） ）
名称（ddf）
[1]年龄日期月
现在唯一的事情是像往常一样导出数据框架：
write.table（ddf，file = test.txt）
I am trying to write a dataframe in R to a text file, however it is returning to following error:
Error in if (inherits(X[[j]], "data.frame") && ncol(xj) > 1L)
X[[j]] <- as.matrix(X[[j]]) :
missing value where TRUE/FALSE needed
I used the following command for the export:
write.table(df, file ='dfname.txt', sep='\t' )
I have no idea what the problem could stem from. As far as "missing data where TRUE/FALSE is needed", I have only one column which contains TRUE/FALSE values, and none of these values are missing.
Contents of the dataframe:
> str(df)
'data.frame': 776 obs. of 15 variables:
$ Age : Factor w/ 4 levels "","A","J","SA": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ...
$ Sex : Factor w/ 2 levels "F","M": 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 ...
$ Rep : Factor w/ 11 levels "L","NR","NRF",..: 1 1 4 4 2 2 2 2 2 2 ...
$ FA : num 61.5 62.5 60.5 61 59.5 59.5 59.1 59.2 59.8 59.9 ...
$ Mass : num 20 19 16.5 17.5 NA 14 NA 23 19 18.5 ...
$ Vir1 : num 999 999 999 999 999 999 999 999 999 999 ...
$ Vir2 : num 999 999 999 999 999 999 999 999 999 999 ...
$ Vir3 : num 40 999 999 999 999 999 999 999 999 999 ...
$ Location : Factor w/ 4 levels "Loc1",..: 4 4 4 4 4 4 2 2 2 2 ...
$ Site : Factor w/ 6 levels "A","B","C",..: 5 5 5 5 5 5 3 3 3 3 ...
$ Date : Date, format: "2010-08-30" "2010-08-30" ...
$ Record : int 35 34 39 49 69 38 145 112 125 140 ...
$ SampleID : Factor w/ 776 levels "AT1-A-F1","AT1-A-F10",..: 525 524 527 528
529 526 111 78
88 110 ...
$ Vir1Inc : logi FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE ...
$ Month :'data.frame': 776 obs. of 2 variables:
..$ Dates: Date, format: "2010-08-30" "2010-08-30" ...
..$ Month: Factor w/ 19 levels "Apr-2011","Aug-2010",..: 2 2 2 2
2 2 18 18 18 18 ...
I hope I've given enough/the right information ...
Many thanks,
Heather
解决方案 The solution by agstudy provides a great quick fix, but there is a simple alternative/general solution for which you do not have to specify the element(s) in your data.frame that was(were) nested:
The following bit is just copied from agstudy's solution to obtain the nested data.frame dd:
Month=data.frame(Dates= as.Date("2003-02-01") + 1:15,
Month=gl(12,2,15))
dd <- data.frame(Age=1:15)
dd$Month <- Month
You can use akhilsbehl's LinearizeNestedList() function (which mrdwab made available here) to flatten (or linearize) the nested levels:
library(devtools)
source_gist(4205477) #loads the function
ddf <- LinearizeNestedList(dd, LinearizeDataFrames = TRUE)
# ddf is now a list with two elements (Age and Month)
ddf <- LinearizeNestedList(ddf, LinearizeDataFrames = TRUE)
# ddf is now a list with 3 elements (Age, `Month/Dates` and `Month/Month`)
ddf <- as.data.frame.list(ddf)
# transforms the flattened/linearized list into a data.frame
ddf is now a data.frame without nesting. However, it's column names still reflect the nested structure:
names(ddf)
[1] "Age" "Month.Dates" "Month.Month"
If you want to change this (in this case it seems redundant to have Month. written before Dates, for example) you can use gsub and some regular expression that I copied from Sacha Epskamp to remove all text in the column names before the ..
names(ddf) <- gsub(".*\\.","",names(ddf))
names(ddf)
[1] "Age" "Dates" "Month"
The only thing left now is exporting the data.frame as usual:
write.table(ddf, file="test.txt")
这篇关于将数据帧导出到R中的文本文件时出错的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！
