尝试打开现有文件时发生IOError [英] IOError when trying to open existing files

问题描述

我写了一个python程序的小问题，是为了从一个特殊的文本文件中提取一些信息。我想要做的是
合并到500列表，然后使用生成的合并列表。循环（下面的代码）需要执行我的功能
extract_zcoords（）超过500个文件（1个文件给出一个列表），以便我可以建立一个数据集。

-----代码

 ＃！/ usr / local / bin 
 import sys，string $ b $ from sys import version 
 
＃******** 
 def extract_zcoord（filename）：
'''收集带电荷氨基酸原子的z坐标'''
f = open（filename，'r'）
 pdbfile = f.readlines（）
 
＃ ##代码，处理文件和构建z_coords1列表
 ### .... 
 
在范围内（len（charged_groups））：
 z_coords1.append（float（ charge_groups [i] [48:54]））
 
 print z_coords1 #diagnostic 
 return z_coords1 
＃******** 
 
 
 ### LOOP OVER DIRECTORY 
 location ='/ Users / spyros / Desktop / 3NY8MODELSHUMAN / HomologyModels'
 zdata = [] 
 for os.listdir（location）： 
 try：
 zdata.extend（extract_zcoord（filename））
除了NameError：
 printNo such文件！ 
，除了SyntaxError：
 print检查你的语法！ 
除IOError：
打印PDB文件未找到！ 
 
 
 print'Z-VALUES FOR ALL CHARGED RESIDUES'
 print zdata #diagnostic 
 
 import pickle 
 
 f1 = open（z_coords1.dat，wb）
 pickle.dump（zdata，f1）
 f1.close（）
 
 f2 = open（z_coords1.dat ，rb）
 zdata1 = pickle.load（f2）
 f2.close（）
 
 assert zdata == zdata1，pickle / unpickle round trip中的错误！ 
  

---

错误：
IOException是发生的那个，所以出于某种原因
python不能访问文件。我已经检查了目录路径名（位置）和
文件的权限，它们是正确的（读取+写入）。任何想法，为什么一个IOError将
报告，当文件存在和路径名是正确的？我试过os.pathisfile（位置），它回来了FALSE 。我不太清楚
该做什么，因为当我尝试在os.listdir中为文件名添加（b

 位置）：
打印文件名
  

我得到所有打印在屏幕上的文件名！任何想法可能是错的？

解决方案

您需要将dirname和filename加入到一个完整路径中：

 位置='/ Users / spyros / Desktop / 3NY8MODELSHUMAN / HomologyModels'
用于os.listdir（位置）中的文件名：
 filename = os.path。连接（位置，文件名）
  

I have a small issue with a python program that I wrote to extract some information from a special text file. What I'm trying to do is merge together ~500 lists and then use the resulting merged list. The loop (code below) needs to execute my function extract_zcoords() over 500 files (1 file gives one list) so that I can build a dataset.

-----THE CODE

#!/usr/local/bin
 import os,string
 from sys import version 

  # ********
  def extract_zcoord(filename): 
       ''' collect z-coordinates of atoms from charged amino acids ''' 
       f = open(filename, 'r')      
       pdbfile = f.readlines() 

    ### Code that processes file and builds z_coords1 list 
    ### .... 

      for i in range(len(charged_groups)):
        z_coords1.append(float(charged_groups[i][48:54])) 

     print z_coords1 #diagnostic 
     return z_coords1 
     # ********


      ### LOOP OVER DIRECTORY 
      location = '/Users/spyros/Desktop/3NY8MODELSHUMAN/HomologyModels' 
      zdata = []
      for filename in os.listdir(location):
       try:
          zdata.extend(extract_zcoord(filename))
       except NameError:
          print "No such file!"  
       except SyntaxError: 
          print "Check Your Syntax!" 
       except IOError:
           print "PDB file NOT FOUND!"  


    print 'Z-VALUES FOR ALL CHARGED RESIDUES'
    print zdata #diagnostic 

    import pickle

    f1 = open("z_coords1.dat", "wb")
    pickle.dump(zdata, f1)
    f1.close()

    f2 = open("z_coords1.dat", "rb")
    zdata1 = pickle.load(f2)
    f2.close() 

    assert zdata == zdata1, "error in pickle/unpickle round trip!"

---

THE ERROR: The IOException is the one that occurs, so for some reason python is not accessing the files. I have checked directory pathname (location) and file permissions, and they are correct (read+write). Any ideas why an IOError would be reported when the files do exist and pathname is correct?

I tried os.pathisfile(location) and it comes back FALSE. I am not quite sure what to make of that, since when I try

 for filename in os.listdir(location):
    print filename 

I get all files names printed on screen! Any ideas what might be wrong?

解决方案

You need to join the dirname and filename into one complete path:

location = '/Users/spyros/Desktop/3NY8MODELSHUMAN/HomologyModels' 
for filename in os.listdir(location):
    filename = os.path.join(location, filename)

这篇关于尝试打开现有文件时发生IOError的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！