将星星放在ggplot barlotots和boxplots上 - 指出重要程度（p值） [英] Put stars on ggplot barplots and boxplots - to indicate the level of significance (p-value)

问题描述

通常情况下，将星星放在条形图或箱形图上以显示一个或两个组之间的显着性水平（p值），下面是几个例子：

星号的数量由p值定义，例如，可以为p值设置3个星等< 0.001，两颗星用于p值< 0.01，等等（尽管这从一篇文章变为另一篇文章）。

我的问题：如何生成类似的图表？根据重要程度自动放置星星的方法非常值得欢迎。

解决方案

请在下面找到我的尝试。

$ b $

  windows（4， 4）
 
 dat < -  data.frame（Group = c（S1，S1，S2，S2），
 Sub = c（A ，B，A，B），
 Value = c（3,5,7,8））
 
 ##定义底图
p < -  
 ggplot（dat，aes（Group，Value））+ 
 theme_bw（）+ theme（panel.grid = element_blank（））+ 
 coord_cartesian（ylim = c（0，15） ）+ 
 scale_fill_manual（values = c（grey80，grey20））+ 
 geom_bar（aes（fill = Sub），stat =identity，position =dodge，width =。 5）
  

在列上添加星号非常简单，正如baptiste已经提到的那样。只需使用坐标创建一个 data.frame 。

  label.df <  -  data.frame（Group = c（S1，S2），
 Value = c（6,9））
 
p + geom_text（data = label.df，标签=***）
  

要添加指示子组比较的弧线，我计算了参数半圆的坐标并添加它们与 geom_line 连接。

  label.df<  -  data.frame（Group = c（1,1,1 ，2,2,2），
 Value = c（6.5,6.8,7.1,9.5,9.8,10.1））
 
＃定义圆弧坐标
r < -  0.15 $ （t）= b * bt <-seq（0,180，by = 1）* pi / 180 
x -r * cos（t）
y <-r * 5 * sin（t）
 
 arc.df<  -  data.frame（Group = x，Value = y）
 
 p2 < -  
p + geom_text（data = label.df，label =*）+ 
 geom_line（data = arc.df，aes（Group + 1，Value + 5.5），lty = 2）+ 
 geom_line（data = arc.df，aes（Group + 2，Value + 8.5），lty = 2）
  

最后，一个更大的圆圈，并将其放平。

  r < -  .5 
x < -  r * cos （t）
y <-r * 4 * sin（t）
y [20：162] < -  y [20]＃展平圆弧
 
 arc.df< ; data.frame（Group = x，Value = y）
 
 p2 + geom_line（data = arc.df，aes（Group + 1.5，Value + 11），lty = 2）+ 
 geom_text（x = 1.5，y = 12，label =***）
  

It's common to put stars on barplots or boxplots to show the level of significance (p-value) of one or between two groups, below are several examples:

The number of stars are defined by p-value, for example one can put 3 stars for p-value < 0.001, two stars for p-value < 0.01, and so on (although this changes from one article to the other).

And my questions: How to generate similar charts? The methods that automatically put stars based on significance level are more than welcome.

解决方案

Please find my attempt below.

First, I created some dummy data and a barplot which can be modified as we wish.

windows(4,4)

dat <- data.frame(Group = c("S1", "S1", "S2", "S2"),
                  Sub   = c("A", "B", "A", "B"),
                  Value = c(3,5,7,8))  

## Define base plot
p <-
ggplot(dat, aes(Group, Value)) +
    theme_bw() + theme(panel.grid = element_blank()) +
    coord_cartesian(ylim = c(0, 15)) +
    scale_fill_manual(values = c("grey80", "grey20")) +
    geom_bar(aes(fill = Sub), stat="identity", position="dodge", width=.5)

Adding asterisks above a column is easy, as baptiste already mentioned. Just create a data.frame with the coordinates.

label.df <- data.frame(Group = c("S1", "S2"),
                       Value = c(6, 9))

p + geom_text(data = label.df, label = "***")

To add the arcs that indicate a subgroup comparison, I computed parametric coordinates of a half circle and added them connected with geom_line. Asterisks need new coordinates, too.

label.df <- data.frame(Group = c(1,1,1, 2,2,2),
                       Value = c(6.5,6.8,7.1, 9.5,9.8,10.1))

# Define arc coordinates
r <- 0.15
t <- seq(0, 180, by = 1) * pi / 180
x <- r * cos(t)
y <- r*5 * sin(t)

arc.df <- data.frame(Group = x, Value = y)

p2 <-
p + geom_text(data = label.df, label = "*") +
    geom_line(data = arc.df, aes(Group+1, Value+5.5), lty = 2) +
    geom_line(data = arc.df, aes(Group+2, Value+8.5), lty = 2)

Lastly, to indicate comparison between groups, I built a larger circle and flattened it at the top.

r <- .5
x <- r * cos(t)
y <- r*4 * sin(t)
y[20:162] <- y[20] # Flattens the arc

arc.df <- data.frame(Group = x, Value = y)

p2 + geom_line(data = arc.df, aes(Group+1.5, Value+11), lty = 2) +
     geom_text(x = 1.5, y = 12, label = "***")

这篇关于将星星放在ggplot barlotots和boxplots上 - 指出重要程度（p值）的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！