在ggplot中使用多个尺寸比例 [英] using multiple size scales in a ggplot

问题描述

我试图构建一个显示从一个类到另一个类的转换的情节。我希望每个类都有一个圆圈，它们根据类属性大小以及从一个类到另一个类的箭头大小，根据从一个类到另一个类的转换次数来确定。

例如：

  library（ggplot2）
 points < -  data.frame（x = runif（10 ）（y = runif（10），class = 1：10，size = runif（10，min = 1000，max = 100000））
 trans < -  data.frame（from = rep（1:10，时间= 10），= rep（1：10，每个= 10），amount = runif（100）^ 3）
 trans < -  merge（trans，points，by.x =from，by .y =class）
 trans < -  merge（trans，points，by.x =to，by.y =class，suffixes = c（。to，。from ））
 ggplot（points，aes（x = x，y = y））+ geom_point（aes（size = size），color =red）+ 
 scale_size_continuous（range = c（4， 20））+ 
 geom_segment（data = trans，aes（x = x.from，y = y.from，xend = x.to，yend = y.to，size = amount），lineend =round ，arrow = arrow（），alpha = 0.5）
  

我希望能够将不同比例的箭头缩放到圆圈。理想情况下，我想要一个有两个比例的传说，但我明白这可能是不可能的（在一个ggplot上使用两个比例颜色渐变）

是否有更好的方法可以做到这一点，而不是对底层应用任意缩放数据？

解决方案

一个不错的选择是将您的课程周长生成一系列点，调整比例（直径）根据你的数据。然后，您将圆圈绘制为路径或多边形。

遵循一些示例代码。 circleFun 由@joran在中共享上一篇文章。这是否工作？我认为您应该根据您的实际数据调整圈子比例。

重要说明：

另外，从使用 arrow 而不附加 grid ，我假设你没有更新 GGPLOT2 。我更改了该代码以使用我的设置，并且尝试不包含任何可能导致向后兼容性问题的 ggplot2 代码。

 ＃加载软件包
 library（package = ggplot2）＃您应该更新ggplot2 
 library（package = plyr）＃To分别处理每个类
 
 
＃您的数据生成代码
 points < -  data.frame（x = runif（10），y = runif（10），class = 1 ：10，
 size = runif（10，min = 1000，max = 100000））
 trans < -  data.frame（from = rep（1：10，times = 10） （1：10，each = 10），
 amount = runif（100）^ 3）
 trans < -  merge（trans，points，by.x =from，by.y = class））
 trans < -  merge（trans，points，by.x =to，by.y =class，suffixes = c（。to，。from））
 
 
＃在周围生成一组点
＃最初由@joran发布在
＃中https://stackoverflow.com/questions/6862742/draw-a -cgcle-with-ggplot2 
 circleFun<  - 函数（分er = c（0,0），直径= 1，npoints = 100）{
r =直径/ 2 
 tt < -  seq（0,2 * pi，length.out = npoints）
 xx < -  center [1] + r * cos（tt）
 yy < -  center [2] + r * sin（tt）
 return（data.frame（x = xx， y = yy））
} 
 
 
＃获取最大和最小尺寸以及最小距离来估计圆尺度
 min_size < -  min（points $ size，na （r = TRUE）
 max_size < -  max（points $ size，na.rm = TRUE）
 xs < -  apply（X = combn（x = points $ x，m = 2）， MARGIN = 2，diff，na.rm = TRUE）
 ys < -  apply（X = combn（x = points $ y，m = 2），MARGIN = 2，diff，na.rm = TRUE）
 min_dist < -  min（abs（c（xs，ys）））＃似乎太小
 mean_dist<  -  mean（abs（c（xs，ys）））
 
＃调整大小
 points $ fit_size<  -  points $ size *（mean_dist / max_size）
 
 
＃根据分数生成圆圈
 circles< -  ddply（.data = points，.variables ='class'，
 .fun = function（class）{
 with（class，
 circleFun（center = c（x，y），diameter = fit_size））
}）
 circles < -  merge（circles，points [，c（'class'，'size'，'fit_size' ）]）
 
 
＃地块
 ggplot（aes（group = factor） （class），fill = size））+ 
 geom_segment（data = trans，
 aes（x = x.from，y = y.from，xend = x.to，yend = y.to， size = amount），
 alpha = 0.6，lineend =round，arrow = grid :: arrow（））+ 
 coord_equal（）
  

I'm trying to construct a plot which shows transitions from one class to another. I want to have circles representing each class sized according to a class attribute, and arrows from one class to another, sized according to the number of transitions from one class to another.

As an example:

library(ggplot2)
points <- data.frame( x=runif(10), y=runif(10),class=1:10, size=runif(10,min=1000,max=100000) )
trans <- data.frame( from=rep(1:10,times=10), to=rep(1:10,each=10), amount=runif(100)^3 )
trans <- merge( trans, points, by.x="from", by.y="class" )
trans <- merge( trans, points, by.x="to", by.y="class", suffixes=c(".to",".from") )
ggplot( points, aes( x=x, y=y ) ) + geom_point(aes(size=size),color="red") + 
    scale_size_continuous(range=c(4,20)) + 
    geom_segment( data=trans, aes( x=x.from, y=y.from, xend=x.to, yend=y.to, size=amount ),lineend="round",arrow=arrow(),alpha=0.5)

I'd like to be able to scale the arrows on a different scale to the circles. Ideally, I'd like a legend with both scales on, but I understand this may not be possible (using two scale colour gradients on one ggplot)

Is there a more elegant way to do this than applying arbitrary scaling to the underlying data?

解决方案

A nice option is to generate the circumference of your classes as a series of points, adjusting the scale (diameter) according to your data. Then you draw the circles either as paths or polygons.

Follows some example code. The circleFun was shared by @joran in a previous post. Does this work? I think you should tweak the circle scales acording to your real data.

Important note:
Also, from your use of arrow without attaching grid, I assume you have not updated ggplot2. I changed that code to work with my setup, and tried not to include any ggplot2 code that might cause backward compatibility issues.

# Load packages
library(package=ggplot2)  # You should update ggplot2
library(package=plyr)     # To proccess each class separately


# Your data generating code
points <- data.frame(x=runif(10), y=runif(10),class=1:10,
                     size=runif(10,min=1000,max=100000) )
trans <- data.frame(from=rep(1:10,times=10), to=rep(1:10,each=10),
                    amount=runif(100)^3 )
trans <- merge(trans, points, by.x="from", by.y="class" )
trans <- merge(trans, points, by.x="to", by.y="class", suffixes=c(".to",".from") )


# Generate a set of points in a circumference
# Originally posted by @joran in
# https://stackoverflow.com/questions/6862742/draw-a-circle-with-ggplot2
circleFun <- function(center = c(0,0), diameter = 1, npoints = 100){
    r = diameter / 2
    tt <- seq(0,2*pi,length.out = npoints)
    xx <- center[1] + r * cos(tt)
    yy <- center[2] + r * sin(tt)
    return(data.frame(x = xx, y = yy))
}


# Get max and min sizes and min distances to estimate circle scales
min_size <- min(points$size, na.rm=TRUE)
max_size <- max(points$size, na.rm=TRUE)
xs <- apply(X=combn(x=points$x, m=2), MARGIN=2, diff, na.rm=TRUE)
ys <- apply(X=combn(x=points$y, m=2), MARGIN=2, diff, na.rm=TRUE)
min_dist <- min(abs(c(xs, ys)))  # Seems too small
mean_dist <- mean(abs(c(xs, ys)))

# Adjust sizes
points$fit_size <- points$size * (mean_dist/max_size)


# Generate the circles based on the points
circles <- ddply(.data=points, .variables='class',
                 .fun=function(class){
                    with(class,
                    circleFun(center = c(x, y), diameter=fit_size))
                 })
circles <- merge(circles, points[, c('class', 'size', 'fit_size')])


# Plot
ggplot(data=circles, aes(x=x, y=y)) +
    geom_polygon(aes(group=factor(class), fill=size)) + 
    geom_segment(data=trans,
                 aes(x=x.from, y=y.from, xend=x.to, yend=y.to, size=amount),
                 alpha=0.6, lineend="round", arrow=grid::arrow()) +
    coord_equal()

这篇关于在ggplot中使用多个尺寸比例的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！