从ggplot2生成分割颜色的矩形geom_raster（） [英] Generating split-color rectangles from ggplot2 geom_raster()

问题描述

  library（reshape2）使用ggplots / reshape2生成2D矩形图）
 library（ggplot2）
m < - 矩阵（c（'SNV'，'SNV'，NA，NA，'INDEL'，'SNV'，'INDEL'，'SNV'，'SNV / INDEL'），3，3）
 ggplot（melt（m），aes（Var1，Var2，fill = value））+ geom_raster（）+ xlab（'Patient'）+ ylab（'Gene'）
  

请注意，如果具有SNV / INDEL的图块将其蓝色作为单独的类别进行着色， 。我只是想知道是否有办法让它实际上有一块分色瓷砖，这样瓷砖的颜色就变成了栗色/绿色（如一半的瓷砖是褐红色，另一半是绿色的）？

感谢，

解决方案

'喜欢，但它推广到一个单元格内的两个以上的值。这也使用 data.table ，仅仅是因为它使熔化数据框中的X / Y / Z格式的值变得非常容易：

$ （数据表）
dt < - data.table（melt（m））
dt < - dt [，strsplit（as.character（value），/），by = list（Var1，Var2）]＃将X / Y / Z扩展为三行
dt [，shift：=（ 1（.N））/ .N-1 /（2 * .N） - 1/2，by = list（Var1，Var2）]
dt [，height：= 1 / .N，by = list（Var1，Var2）]
ggplot（dt，aes（Var1，y = Var2 + shift，fill = V1，height = height））+
geom_tile（color =yellow，size = 1 ）+ xlab（'Patient'）+ ylab（'Gene'）

注意我让你的数据集更有趣一点添加一个包含三个值的盒子（还有 geom_tile ，而不是光栅，希望这不是一个交易断路器）。

  m < - 结构（c（SNV，S NV，NA，NA，INDEL / POS / NEG，SNV，INDEL，
SNV，SNV / INDEL），.Dim = c（3L，3L））
  

I've been trying to generate a 2D rectangular plots using ggplots/reshape2 with code like this:

library(reshape2)
library(ggplot2)
m <- matrix( c('SNV', 'SNV', NA, NA, 'INDEL', 'SNV', 'INDEL', 'SNV', 'SNV/INDEL'), 3, 3 )
ggplot(melt(m), aes(Var1,Var2, fill=value)) + geom_raster() + xlab('Patient') + ylab('Gene')

Notice how for the tile that has a SNV/INDEL it colors it blue as a separate category as it should. I was just wondering if there was a way to make it actually have a split-color tile such that the tile color is maroon/green (like half of the tile is maroon and the other half is green)?

Thanks,

解决方案

This is a little more manual than I'd like, but it generalizes to more than two values within a cell. This also uses data.table, just because it makes the transformation of values in "X/Y/Z" format within a melted data frame blissfully easy:

library(data.table)
dt <- data.table(melt(m))
dt <- dt[, strsplit(as.character(value), "/"), by=list(Var1, Var2)]  # this expands "X/Y/Z" into three rows
dt[, shift:=(1:(.N))/.N - 1/(2 * .N) - 1/2, by=list(Var1, Var2)]
dt[, height:=1/.N, by=list(Var1, Var2)]
ggplot(dt, aes(Var1,y=Var2 + shift, fill=V1, height=height)) + 
  geom_tile(color="yellow", size=1) + xlab('Patient') + ylab('Gene')

Note I made your data set a little more interesting by adding one box with three values (and also that this is with geom_tile, not raster, which hopefully isn't a deal breaker).

m <- structure(c("SNV", "SNV", NA, NA, "INDEL/POS/NEG", "SNV", "INDEL", 
            "SNV", "SNV/INDEL"), .Dim = c(3L, 3L))

这篇关于从ggplot2生成分割颜色的矩形geom_raster（）的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！