ggplot2在平淡的altman阴谋的每个方面添加几何线 [英] ggplot2 Add geom line for each facet in bland altman plot

问题描述

我有以下数据框架：

  structure（list（Lightbox = c（84L，67L，80L，63L，76L） ，66L，79L，
 81L，77L，82L，84L，67L，80L，63L，76L，66L，79L，81L，77L，82L，
 84L，67L，80L，63L，76L，66L ，79L，81L，77L，82L，84L，67L，80L，
 63L，76L，66L，79L，81L，77L，82L，84L，67L，80L，63L，76L，66L，
 79L （1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，1L，2L，2L，2L，2L，2L，2L， 2L，2L，2L，2L，3L，
 3L，3L，3L，3L，3L，3L，3L，3L，3L，4L，4L，4L，4L，4L，4L， 4L，4L，4L，5L，5L，5L，5L，5L，5L，5L，5L，5L，5L）。标签= c（S1，
S2，S3 （82L，65L，
 73L，50L，50L，50L，72L，56L，76L，78L，88L，66L，71L，60L， 54L，
 55L，63L，68L，73L，75L，73L，65L，76L，57L，51L，57L，75L，65L，
 69L，66L，77L，67L，79L，58L，55L， 56L，77L，66L，73L，80L，78L，
 62L，78L，52L，63L，59L，71L，64L，69L，89L），mean = c（83,66，
 76.5,56.5 ，63,58 ，75.5,68.5,76.5,80,86,66.5,75.5,61.5，
 65,60.5,71,74.5,75,78.5,78.5,66,78,60,63.5,61.5,77，
 73,73,74,80,5,67,79.5,60.5,65.5,61,78,73.5,75,81，
 81,64.5,79,57.5,69.5,62.5,75,72.5,73,85.5 ），diff = c（2L，
 2L，7L，13L，26L，16L，7L，25L，1L，4L，-4L，1L，9L，3L，22L，
 11L，16L，13L ，4L，7L，11L，2L，4L，6L，25L，9L，4L，16L，8L，
 16L，7L，0L，1L，5L，21L，10L，2L，15L，4L，2L，6L ，5L，2L，11L，
 13L，7L，8L，17L，8L，-7L）），.Names = c（Lightbox，variable，
value，mean ，diff），row.names = c（NA，-50L），class =data.frame）
  

我希望绘制一个平淡无味的altman图表，对于5个方面组S1-> S5的平均值的差异很容易

p <-ggplot（df_melt，aes（mean，diff））+ geom_point（na.rm = TRUE）+ facet_wrap（〜variable）

<但是，我还想在每个方面添加一些geom_hline，以显示每个组和展位的平均值偏差。如果我只有一个团队，我会做以下工作：

  yintercepts_mean < -  c（mean（df_melt $ diff，na。 rm = TRUE））
 yintercepts_mean_r < -  round（yintercepts_mean，3）
 yintercepts_sd_p <-c（mean（df_melt $ diff，na.rm = TRUE）+ c（2）* sd（df_melt （df_melt $ diff，na.rm = TRUE）+ c（-2）* sd（df_melt $ diff，na.rm = TRUE） ））
 yintercepts_sd_p_r < -  round（yintercepts_sd_p，3）
 yintercepts_sd_n_r < -  round（yintercepts_sd_n，3）
 
 #ylabels <-c（ -  2SD， + 2SD，Mean）
 ylabels <-c（mean）
 ylabels2 <-c（+ 2SD）
 ylabels3 <-c（ - 2SD）
 
p + geom_hline（yintercept = yintercepts_mean_r，linetype = 1，color ='blue'）+ 
 geom_hline（yintercept = yintercepts_sd_p_r，linetype = 2，color ='blue'）+ 
 geom_hline（yintercept = yintercepts_sd_n_r，linetype = 2，color ='blue'）
  

我可以在分面时加入上述内容我的数据？

解决方案

  library（plyr）
 
 df2 <  -  ddply（df_melt，。（variable），summarize，mean = mean（diff，na.rm = TRUE），
 sd = sd（diff，na.rm = TRUE））
 
 library（ggplot2）
p < -  ggplot（df_melt，aes（mean，diff））+ 
 geom_point（na.rm = TRUE）+ 
 geom_hline（data = df2，aes yintercept = c（round（mean，3），
 round（mean + 2 * sd，3），
 round（mean-2 * sd，3））），
 linetype = c （1,2,2），color ='blue'）+ 
 facet_wrap（〜variable）
 
 print（p）
  

I have the following data frame

structure(list(Lightbox = c(84L, 67L, 80L, 63L, 76L, 66L, 79L, 
81L, 77L, 82L, 84L, 67L, 80L, 63L, 76L, 66L, 79L, 81L, 77L, 82L, 
84L, 67L, 80L, 63L, 76L, 66L, 79L, 81L, 77L, 82L, 84L, 67L, 80L, 
63L, 76L, 66L, 79L, 81L, 77L, 82L, 84L, 67L, 80L, 63L, 76L, 66L, 
79L, 81L, 77L, 82L), variable = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 
4L, 4L, 4L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L), .Label = c("S1", 
"S2", "S3", "S4", "S5"), class = "factor"), value = c(82L, 65L, 
73L, 50L, 50L, 50L, 72L, 56L, 76L, 78L, 88L, 66L, 71L, 60L, 54L, 
55L, 63L, 68L, 73L, 75L, 73L, 65L, 76L, 57L, 51L, 57L, 75L, 65L, 
69L, 66L, 77L, 67L, 79L, 58L, 55L, 56L, 77L, 66L, 73L, 80L, 78L, 
62L, 78L, 52L, 63L, 59L, 71L, 64L, 69L, 89L), mean = c(83, 66, 
76.5, 56.5, 63, 58, 75.5, 68.5, 76.5, 80, 86, 66.5, 75.5, 61.5, 
65, 60.5, 71, 74.5, 75, 78.5, 78.5, 66, 78, 60, 63.5, 61.5, 77, 
73, 73, 74, 80.5, 67, 79.5, 60.5, 65.5, 61, 78, 73.5, 75, 81, 
81, 64.5, 79, 57.5, 69.5, 62.5, 75, 72.5, 73, 85.5), diff = c(2L, 
2L, 7L, 13L, 26L, 16L, 7L, 25L, 1L, 4L, -4L, 1L, 9L, 3L, 22L, 
11L, 16L, 13L, 4L, 7L, 11L, 2L, 4L, 6L, 25L, 9L, 4L, 16L, 8L, 
16L, 7L, 0L, 1L, 5L, 21L, 10L, 2L, 15L, 4L, 2L, 6L, 5L, 2L, 11L, 
13L, 7L, 8L, 17L, 8L, -7L)), .Names = c("Lightbox", "variable", 
"value", "mean", "diff"), row.names = c(NA, -50L), class = "data.frame")

I wish to plot a bland altman graph, difference against mean for 5 facet groups S1->S5 which is easy enough

p <- ggplot(df_melt, aes(mean, diff))+ geom_point(na.rm=TRUE)+ facet_wrap(~variable)

However, I would also like to add some geom_hline to each facet showing the mean for each group and the standard deviations. If I had only one group I would do the following:

yintercepts_mean <- c(mean(df_melt$diff, na.rm = TRUE))
yintercepts_mean_r <- round(yintercepts_mean,3)
yintercepts_sd_p <- c(mean(df_melt$diff, na.rm = TRUE) + c(2) * sd(df_melt$diff, na.rm = TRUE))
yintercepts_sd_n <- c(mean(df_melt$diff, na.rm = TRUE) + c(-2) * sd(df_melt$diff, na.rm = TRUE))
yintercepts_sd_p_r <- round(yintercepts_sd_p,3)
yintercepts_sd_n_r <- round(yintercepts_sd_n,3)

#ylabels <- c("- 2SD", "+ 2SD", "Mean") 
ylabels <- c("mean") 
ylabels2 <- c("+ 2SD")
ylabels3 <- c("- 2SD")

p + geom_hline(yintercept = yintercepts_mean_r, linetype=1, color='blue') + 
   geom_hline(yintercept = yintercepts_sd_p_r, linetype=2, color='blue') +
   geom_hline(yintercept = yintercepts_sd_n_r, linetype=2, color='blue') 

How can I incorporate the above when facetting my data?

解决方案

library(plyr)

df2 <- ddply(df_melt,.(variable),summarise,mean=mean(diff, na.rm = TRUE),
                                             sd=sd(diff, na.rm = TRUE))

library(ggplot2)
p <- ggplot(df_melt, aes(mean, diff)) + 
  geom_point(na.rm=TRUE) + 
  geom_hline(data=df2,aes(yintercept=c(round(mean,3),
                                       round(mean+2*sd,3),
                                       round(mean-2*sd,3))),
                      linetype=c(1,2,2), color='blue') +
  facet_wrap(~variable)

print(p)

这篇关于ggplot2在平淡的altman阴谋的每个方面添加几何线的文章就介绍到这了，希望我们推荐的答案对大家有所帮助，也希望大家多多支持IT屋！